More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0107 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  70.71 
 
 		 561 aa  821    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  90.97 
 
 		 566 aa  1038    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  90.61 
 
 		 566 aa  1035    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  91.16 
 
 		 566 aa  1036    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  90.61 
 
 		 566 aa  1035    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  98.42 
 
 		 569 aa  1158    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  71.74 
 
 		 567 aa  795    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  100 
 
 		 569 aa  1174    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  61.84 
 
 		 564 aa  693    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  90.79 
 
 		 566 aa  1035    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  90.79 
 
 		 566 aa  1035    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  99.12 
 
 		 569 aa  1162    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  86.12 
 
 		 569 aa  1002    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  98.95 
 
 		 569 aa  1160    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  70.61 
 
 		 566 aa  817    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  91.16 
 
 		 566 aa  1039    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  90.97 
 
 		 566 aa  1038    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  70.14 
 
 		 561 aa  781    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  71.74 
 
 		 567 aa  797    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  71.84 
 
 		 561 aa  821    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  70.66 
 
 		 563 aa  804    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  98.77 
 
 		 569 aa  1159    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  90.97 
 
 		 566 aa  1038    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  71.56 
 
 		 567 aa  796    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  51.45 
 
 		 554 aa  585  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  53.17 
 
 		 544 aa  582  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  50.73 
 
 		 547 aa  560  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  52.21 
 
 		 555 aa  557  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  50.92 
 
 		 557 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  50.92 
 
 		 557 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  50.18 
 
 		 557 aa  546  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  50 
 
 		 557 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  50.19 
 
 		 557 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  48.34 
 
 		 557 aa  536  1e-151  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  47.73 
 
 		 563 aa  523  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  42.34 
 
 		 570 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  41.92 
 
 		 562 aa  402  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  42.12 
 
 		 553 aa  389  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  34.12 
 
 		 562 aa  297  3e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  34.36 
 
 		 564 aa  293  6e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  32.36 
 
 		 556 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  35.4 
 
 		 554 aa  283  7.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  34.37 
 
 		 564 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  34.55 
 
 		 577 aa  262  1e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  33.45 
 
 		 585 aa  258  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  32.67 
 
 		 579 aa  254  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  33.64 
 
 		 529 aa  254  3e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  35.05 
 
 		 572 aa  248  2e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  34.31 
 
 		 556 aa  248  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  28.94 
 
 		 546 aa  239  6.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  28.94 
 
 		 546 aa  239  6.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  34.27 
 
 		 517 aa  236  7e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  33.58 
 
 		 567 aa  234  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  33.76 
 
 		 551 aa  233  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  33.64 
 
 		 556 aa  231  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  28.39 
 
 		 536 aa  228  2e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  33.88 
 
 		 598 aa  227  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  33.7 
 
 		 564 aa  220  7e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  27.62 
 
 		 543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  28.8 
 
 		 528 aa  123  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  24.86 
 
 		 501 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  27.11 
 
 		 545 aa  115  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  26 
 
 		 547 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  26.18 
 
 		 497 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  26.71 
 
 		 526 aa  111  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  26.71 
 
 		 542 aa  111  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  26.35 
 
 		 544 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  25.14 
 
 		 502 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  25.79 
 
 		 544 aa  107  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  25.97 
 
 		 545 aa  106  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  26.19 
 
 		 543 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  26.24 
 
 		 547 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  24.28 
 
 		 524 aa  101  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  24.95 
 
 		 545 aa  101  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  24.95 
 
 		 545 aa  100  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  24.95 
 
 		 545 aa  101  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  24.32 
 
 		 482 aa  96.3  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  25.69 
 
 		 527 aa  95.9  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  27.16 
 
 		 526 aa  95.9  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  24.69 
 
 		 534 aa  95.5  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  24.82 
 
 		 534 aa  94.7  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  26.73 
 
 		 528 aa  94.7  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  24.84 
 
 		 529 aa  93.2  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  25.95 
 
 		 527 aa  90.5  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  25.86 
 
 		 525 aa  89.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  24.51 
 
 		 544 aa  89  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  23.33 
 
 		 438 aa  88.2  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  21.92 
 
 		 500 aa  86.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  25 
 
 		 523 aa  85.9  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  26.28 
 
 		 480 aa  85.9  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  21.93 
 
 		 538 aa  85.5  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  26.23 
 
 		 621 aa  85.1  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  22.12 
 
 		 518 aa  84.3  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3431  xylulokinase  23.34 
 
 		 509 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  23.53 
 
 		 603 aa  80.5  0.00000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  23.64 
 
 		 544 aa  80.5  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  21.04 
 
 		 500 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0497  xylulokinase  24.6 
 
 		 494 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71509  normal  0.01013 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  22.79 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  22.74 
 
 		 506 aa  77.4  0.0000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>