More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4175 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  100 
 
 		 480 aa  931    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  43.21 
 
 		 529 aa  339  5.9999999999999996e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  42.2 
 
 		 523 aa  333  4e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  42.83 
 
 		 526 aa  326  5e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  39.62 
 
 		 527 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  42.07 
 
 		 525 aa  316  7e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  39.62 
 
 		 527 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  42.43 
 
 		 528 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  37.33 
 
 		 526 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  37.33 
 
 		 542 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  37.98 
 
 		 547 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  38.74 
 
 		 544 aa  273  6e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  38.36 
 
 		 544 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  37.63 
 
 		 545 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  35.54 
 
 		 538 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  35.02 
 
 		 545 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  35.02 
 
 		 545 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  37.72 
 
 		 534 aa  259  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  37.72 
 
 		 534 aa  259  6e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  34.83 
 
 		 545 aa  258  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  36.94 
 
 		 543 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  37.8 
 
 		 540 aa  257  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  36.76 
 
 		 528 aa  254  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  35.5 
 
 		 545 aa  253  7e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  34.61 
 
 		 544 aa  248  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  37.02 
 
 		 547 aa  242  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0920  putative sugar kinase (ribulo-/ribitol kinase)  35.31 
 
 		 549 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  34.35 
 
 		 543 aa  228  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  35.09 
 
 		 544 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  31 
 
 		 603 aa  208  1e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86603  possible ribitol kinase or glycerol kinase  31.68 
 
 		 758 aa  204  4e-51  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  30.18 
 
 		 621 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_06985  FGGY-family carbohydrate kinase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04680)  30.18 
 
 		 541 aa  178  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  32.94 
 
 		 502 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  28.89 
 
 		 497 aa  168  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  31.99 
 
 		 524 aa  158  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  32.7 
 
 		 482 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  31.4 
 
 		 438 aa  151  3e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  31.83 
 
 		 501 aa  146  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2086  carbohydrate kinase FGGY  30.41 
 
 		 506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  27.45 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  28.21 
 
 		 529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  28.08 
 
 		 556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2863  carbohydrate kinase, FGGY  27.27 
 
 		 505 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0894  glycerol kinase  27.02 
 
 		 538 aa  110  6e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  24.41 
 
 		 546 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  24.41 
 
 		 546 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  31.73 
 
 		 562 aa  108  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  28.36 
 
 		 562 aa  107  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3051  Carbohydrate kinase, FGGY  27.24 
 
 		 505 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  28.2 
 
 		 564 aa  104  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3986  Carbohydrate kinase, FGGY-like protein  28.83 
 
 		 501 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.347065  normal  0.852458 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  27.9 
 
 		 564 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  28.28 
 
 		 498 aa  101  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0831  xylulokinase  22.77 
 
 		 492 aa  99.8  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0808  xylulokinase  22.77 
 
 		 492 aa  99.8  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1483  gluconate kinase  23.62 
 
 		 514 aa  99  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29860  pentulose/hexulose kinase  29.03 
 
 		 495 aa  98.6  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2114  carbohydrate kinase, FGGY  27.38 
 
 		 495 aa  98.6  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.700195 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1866  carbohydrate kinase FGGY  31.48 
 
 		 520 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1006  carbohydrate kinase FGGY  23.53 
 
 		 503 aa  97.1  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00908398  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2620  xylulokinase  27.55 
 
 		 506 aa  96.3  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  29.38 
 
 		 554 aa  93.2  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3125  carbohydrate kinase FGGY  28.97 
 
 		 498 aa  92.4  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0202621  hitchhiker  0.00600222 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4064  carbohydrate kinase FGGY  27.33 
 
 		 548 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  31.21 
 
 		 556 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  29.49 
 
 		 577 aa  91.3  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  28.26 
 
 		 598 aa  90.9  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0502  xylulokinase  27.24 
 
 		 496 aa  90.5  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0394254  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  26.72 
 
 		 563 aa  89.7  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1655  carbohydrate kinase, FGGY  28.86 
 
 		 549 aa  89.7  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0424957  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2596  carbohydrate kinase, FGGY  27.48 
 
 		 520 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184923 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  28.21 
 
 		 561 aa  89  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3239  xylulokinase  28.54 
 
 		 493 aa  88.2  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  27.97 
 
 		 564 aa  87.8  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  30.34 
 
 		 572 aa  87.8  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4544  xylulokinase  28.38 
 
 		 508 aa  87.4  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0497  xylulokinase  27.53 
 
 		 494 aa  87.4  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71509  normal  0.01013 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2886  xylulokinase  25.55 
 
 		 504 aa  87  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.13014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3102  gluconate kinase  25.4 
 
 		 512 aa  86.7  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2391  carbohydrate kinase FGGY  23.48 
 
 		 497 aa  86.7  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  27.01 
 
 		 557 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2099  D-xylulose kinase  23.48 
 
 		 496 aa  85.9  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6143  gluconate kinase  27.06 
 
 		 519 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.175001  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  24.61 
 
 		 518 aa  85.9  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  27.45 
 
 		 556 aa  86.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  21.46 
 
 		 500 aa  86.3  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  22.66 
 
 		 536 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_35001  Ribulokinase-like protein  23.7 
 
 		 524 aa  85.5  0.000000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  26.92 
 
 		 557 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  27.05 
 
 		 570 aa  84.7  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2025  xylulokinase  29.16 
 
 		 509 aa  84.7  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2781  gluconate kinase  23.52 
 
 		 530 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  26.82 
 
 		 557 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2477  xylulokinase  29.93 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0090  xylulokinase  29.93 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0452597  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3384  gluconate kinase  23.18 
 
 		 513 aa  83.6  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0343  xylulokinase  29.93 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0642  xylulokinase  29.93 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.333334  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  26.61 
 
 		 557 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>