More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0772 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  68.55 
 
 		 557 aa  781    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  100 
 
 		 555 aa  1138    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  68.73 
 
 		 557 aa  785    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  70.55 
 
 		 557 aa  809    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  70.36 
 
 		 557 aa  807    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  69.27 
 
 		 557 aa  801    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  54.56 
 
 		 557 aa  640    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  52.81 
 
 		 554 aa  615  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  54.45 
 
 		 544 aa  593  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  52.76 
 
 		 569 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  52.76 
 
 		 569 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  52.39 
 
 		 569 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  52.57 
 
 		 566 aa  569  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  52.57 
 
 		 569 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  52.57 
 
 		 566 aa  569  1e-161  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  52.57 
 
 		 566 aa  568  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  52.21 
 
 		 566 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  52.21 
 
 		 566 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  52.39 
 
 		 566 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  52.21 
 
 		 569 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  52.21 
 
 		 566 aa  567  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  52.21 
 
 		 566 aa  566  1e-160  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  52.21 
 
 		 566 aa  566  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  52.94 
 
 		 567 aa  561  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  52.94 
 
 		 567 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  52.94 
 
 		 567 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  52.64 
 
 		 569 aa  558  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  48.56 
 
 		 563 aa  552  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  51.11 
 
 		 561 aa  551  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  52.04 
 
 		 566 aa  553  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  52.04 
 
 		 561 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  52.44 
 
 		 561 aa  546  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  51.67 
 
 		 563 aa  545  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  51.92 
 
 		 547 aa  546  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  51.83 
 
 		 564 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  44.06 
 
 		 570 aa  463  1e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  45.93 
 
 		 562 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  43.12 
 
 		 553 aa  406  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  36.75 
 
 		 562 aa  323  6e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  36.56 
 
 		 564 aa  320  3e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  35.05 
 
 		 556 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  35.87 
 
 		 585 aa  286  9e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  34.52 
 
 		 564 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  37.25 
 
 		 556 aa  267  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  35.99 
 
 		 577 aa  267  5e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  37.27 
 
 		 567 aa  264  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  36.35 
 
 		 572 aa  262  1e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  35.58 
 
 		 554 aa  262  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  33.7 
 
 		 529 aa  255  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  35.15 
 
 		 551 aa  255  2.0000000000000002e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  34.15 
 
 		 579 aa  253  5.000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  36.22 
 
 		 564 aa  248  2e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  34.09 
 
 		 598 aa  246  8e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  34.46 
 
 		 517 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  35.87 
 
 		 556 aa  243  7e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  29.29 
 
 		 546 aa  230  6e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  29.29 
 
 		 546 aa  230  6e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  28.21 
 
 		 536 aa  222  9.999999999999999e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  28.73 
 
 		 502 aa  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  28.98 
 
 		 497 aa  150  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  28.89 
 
 		 482 aa  144  5e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  27.31 
 
 		 501 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  27.05 
 
 		 438 aa  131  3e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  27.05 
 
 		 545 aa  128  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  28.6 
 
 		 524 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  26.16 
 
 		 545 aa  124  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  26.16 
 
 		 545 aa  125  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  26.16 
 
 		 545 aa  125  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  27.75 
 
 		 534 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  26.94 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  27.23 
 
 		 534 aa  120  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  28.06 
 
 		 526 aa  120  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  28.06 
 
 		 542 aa  120  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  28.75 
 
 		 547 aa  118  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  27.27 
 
 		 543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  27.84 
 
 		 543 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  27.43 
 
 		 544 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  27.59 
 
 		 547 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  27.65 
 
 		 544 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  26.79 
 
 		 528 aa  110  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  24.73 
 
 		 500 aa  109  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  24.14 
 
 		 500 aa  109  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  27.69 
 
 		 526 aa  108  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  28.32 
 
 		 540 aa  104  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3431  xylulokinase  25.63 
 
 		 509 aa  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2446  xylulokinase  28.36 
 
 		 515 aa  103  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  28.63 
 
 		 528 aa  103  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  25.63 
 
 		 518 aa  101  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  26.6 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  27.1 
 
 		 527 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  28.19 
 
 		 525 aa  100  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2025  xylulokinase  25.67 
 
 		 509 aa  100  7e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  28.95 
 
 		 510 aa  100  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  27.3 
 
 		 544 aa  99  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2863  carbohydrate kinase, FGGY  30.72 
 
 		 505 aa  97.8  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  26.7 
 
 		 545 aa  97.8  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3774  carbohydrate kinase, FGGY  26.29 
 
 		 493 aa  96.7  9e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.497194  normal  0.119028 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2391  carbohydrate kinase FGGY  22.2 
 
 		 497 aa  95.9  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  27.12 
 
 		 544 aa  95.9  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2086  carbohydrate kinase FGGY  31.19 
 
 		 506 aa  95.5  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>