284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3500 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  100 
 
 		 258 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  51.46 
 
 		 240 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  50.63 
 
 		 240 aa  228  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  50.62 
 
 		 243 aa  226  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  51.88 
 
 		 240 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  50.21 
 
 		 242 aa  220  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  47.37 
 
 		 245 aa  181  8.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  42.55 
 
 		 271 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  41.28 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  42.31 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  40.09 
 
 		 255 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  41.7 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  38.82 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  38.26 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  35.56 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  39.68 
 
 		 269 aa  142  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  37.89 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  40.61 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  39.57 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  40.34 
 
 		 254 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  38.26 
 
 		 268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  40.25 
 
 		 272 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  44.29 
 
 		 215 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  38.26 
 
 		 262 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  38.49 
 
 		 255 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  35.44 
 
 		 258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  36.93 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  34.84 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  37.1 
 
 		 217 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  35.19 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  28.94 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  37.93 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  37.66 
 
 		 255 aa  126  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  37.99 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  31.8 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  34.19 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  40.59 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  32.76 
 
 		 229 aa  122  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  36.14 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.91 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  38.08 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  36.56 
 
 		 251 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  30.51 
 
 		 230 aa  118  7.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  35.93 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  31.16 
 
 		 279 aa  116  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  34.03 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  37.71 
 
 		 270 aa  115  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.44 
 
 		 238 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  29.74 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  40.08 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  0.0000849043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  37.13 
 
 		 237 aa  109  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  34.62 
 
 		 259 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  40.08 
 
 		 264 aa  105  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  40.44 
 
 		 213 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  35.9 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  31.44 
 
 		 239 aa  102  9e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  33.63 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  35.5 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  34.25 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  28.63 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  33.94 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  31.36 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  32.64 
 
 		 246 aa  99.4  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  32.9 
 
 		 242 aa  98.6  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  34.47 
 
 		 256 aa  97.1  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  34.18 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.77 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  36.32 
 
 		 230 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  33.47 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  33.9 
 
 		 262 aa  96.3  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  38.58 
 
 		 269 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  30 
 
 		 236 aa  95.9  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  32.91 
 
 		 243 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  38.24 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  32.05 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  24.05 
 
 		 270 aa  94  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  29.23 
 
 		 296 aa  93.2  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  29.09 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  31.65 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  32.57 
 
 		 232 aa  92  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  31.49 
 
 		 263 aa  92  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  29.05 
 
 		 226 aa  92  9e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  31.49 
 
 		 237 aa  92  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01730  putative amidophosphoribosyl-transferase  27.23 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.398316  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  30 
 
 		 246 aa  89  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  32.62 
 
 		 227 aa  89  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  32.62 
 
 		 227 aa  89  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  32.62 
 
 		 227 aa  89  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  31.3 
 
 		 249 aa  89  7e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  32.62 
 
 		 227 aa  89  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  24.79 
 
 		 220 aa  88.6  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  25.79 
 
 		 239 aa  88.6  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 227 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  36.12 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  32.62 
 
 		 227 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  31.6 
 
 		 242 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  30.22 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2240  phosphoribosyltransferase  28.69 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  29.66 
 
 		 232 aa  87.8  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>