More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1667 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2968  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  61.03 
 
 
831 aa  981  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205655  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1700  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  56.02 
 
 
811 aa  908  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.575793 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2472  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.88 
 
 
801 aa  696  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.971864  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4525  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  64.41 
 
 
820 aa  1043  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927735  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41530  assimilatory nitrite reductase large subunit  52.45 
 
 
816 aa  806  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1707  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  60.47 
 
 
839 aa  967  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2424  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.88 
 
 
801 aa  696  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.56 
 
 
810 aa  1202  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.82 
 
 
816 aa  1031  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116537  normal  0.910407 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  64.99 
 
 
814 aa  1070  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.46 
 
 
808 aa  782  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1266  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  59.98 
 
 
825 aa  946  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0963412  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3043  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  73.09 
 
 
811 aa  1224  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.301958  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2557  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  51.92 
 
 
823 aa  809  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1080  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  67.77 
 
 
814 aa  1140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.406718  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3276  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.4 
 
 
810 aa  816  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464677  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1114  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.21 
 
 
812 aa  862  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2965  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  55.01 
 
 
817 aa  853  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0208  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.56 
 
 
801 aa  739  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3525  assimilatory nitrite reductase large subunit  51.9 
 
 
816 aa  803  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2293  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.12 
 
 
801 aa  733  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203246  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1490  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.01 
 
 
814 aa  819  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1142  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.32 
 
 
825 aa  820  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.861226  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0558  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.14 
 
 
814 aa  819  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840641  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0573  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.01 
 
 
814 aa  818  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2152  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.3 
 
 
801 aa  722  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.57135  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.29 
 
 
821 aa  781  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3162  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.05 
 
 
801 aa  733  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00213461  normal  0.298002 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1000  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.98 
 
 
816 aa  841  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2919  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.01 
 
 
814 aa  819  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5894  nitrite reductase large subunit  61.79 
 
 
815 aa  1017  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23370  Assimilatory Nitrite reductase,large subunit; NasA  53.76 
 
 
816 aa  801  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2849  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.33 
 
 
820 aa  820  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2096  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  53.07 
 
 
818 aa  816  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1629  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.94 
 
 
816 aa  1036  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.899619  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3528  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.33 
 
 
820 aa  820  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2107  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  51.75 
 
 
823 aa  782  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.614083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1407  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  50.94 
 
 
815 aa  775  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2839  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  52.29 
 
 
821 aa  781  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.184658 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0099  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.01 
 
 
814 aa  819  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2593  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  50.49 
 
 
825 aa  771  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  0.140435 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2317  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  52.44 
 
 
819 aa  805  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.551763  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2177  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.05 
 
 
801 aa  733  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0719  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  62.44 
 
 
820 aa  1014  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.825422  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1990  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  48.17 
 
 
800 aa  717  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1997  nitrite reductase  48.93 
 
 
801 aa  730  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00110354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1970  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.18 
 
 
801 aa  736  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.473081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1949  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.68 
 
 
801 aa  731  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0412209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3130  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.01 
 
 
814 aa  819  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0668  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  58.32 
 
 
826 aa  911  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2309  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.06 
 
 
818 aa  854  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0816  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  54.27 
 
 
814 aa  845  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.359061  normal  0.0137371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1781  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  51.57 
 
 
823 aa  789  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1667  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  100 
 
 
810 aa  1652  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0751233  normal  0.158912 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0741  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.14 
 
 
814 aa  818  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.73 
 
 
821 aa  822  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0464  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.63 
 
 
814 aa  826  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1990  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  45.25 
 
 
801 aa  694  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0592  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  56.2 
 
 
820 aa  886  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2146  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  48.93 
 
 
801 aa  730  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243171  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2956  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.53 
 
 
818 aa  942  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.12 
 
 
827 aa  630  1e-179  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2245  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.17 
 
 
837 aa  628  1e-178  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.131347  normal  0.240706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3275  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.4 
 
 
846 aa  619  1e-176  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.1 
 
 
870 aa  611  1e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.95 
 
 
822 aa  607  1e-172  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742948  normal  0.535106 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3293  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.98 
 
 
819 aa  602  1e-171  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.192884 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3231  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  44.98 
 
 
819 aa  602  1e-171  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0397  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.32 
 
 
834 aa  605  1e-171  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17666  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3242  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.86 
 
 
819 aa  601  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838736  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3013  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.26 
 
 
823 aa  594  1e-168  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.190459 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1392  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.96 
 
 
839 aa  578  1e-163  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.79174  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3774  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  40.27 
 
 
813 aa  578  1e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.541337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  38.48 
 
 
848 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.48 
 
 
848 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0178  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.51 
 
 
844 aa  486  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.97 
 
 
1373 aa  487  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.204618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1441  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.3 
 
 
1386 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281756  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4276  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.72 
 
 
851 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160671  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4164  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.72 
 
 
851 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2730  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.3 
 
 
1396 aa  486  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5659  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.05 
 
 
854 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.150409  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.42 
 
 
850 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4860  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  39.46 
 
 
853 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.55 
 
 
850 aa  483  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1983  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.34 
 
 
846 aa  482  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.385914  normal  0.488023 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1544  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.3 
 
 
1396 aa  480  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.673057  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1332  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  37.52 
 
 
837 aa  481  1e-134  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0149274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0172  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.1 
 
 
837 aa  481  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2214  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.68 
 
 
862 aa  479  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0126186 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2355  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  37.4 
 
 
851 aa  474  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000467029  normal  0.479007 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2906  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.33 
 
 
1381 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05591  nitrate reductase  36.47 
 
 
839 aa  475  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2534  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.1 
 
 
861 aa  476  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5924  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  39.3 
 
 
814 aa  469  1e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0194616  normal  0.0886236 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3835  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  38.69 
 
 
847 aa  470  1e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0347  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.69 
 
 
847 aa  470  1e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1222  nitrite reductase NADPH large subunit  38.04 
 
 
852 aa  472  1e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.356268  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3647  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  38.69 
 
 
847 aa  470  1e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000297498 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3741  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  38.69 
 
 
847 aa  470  1e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>