More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1000 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011658  BCAH187_A2293  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.4 
 
 
801 aa  771    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203246  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2177  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.15 
 
 
801 aa  768    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2593  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  66.1 
 
 
825 aa  1157    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  0.140435 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0558  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.98 
 
 
814 aa  1237    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840641  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1114  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  57.53 
 
 
812 aa  969    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1990  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  47.31 
 
 
801 aa  755    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0592  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  62.68 
 
 
820 aa  1077    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3528  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.32 
 
 
820 aa  1246    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1629  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.15 
 
 
816 aa  835    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.899619  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1997  nitrite reductase  49.29 
 
 
801 aa  766    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00110354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1970  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.27 
 
 
801 aa  770    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.473081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1949  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.27 
 
 
801 aa  769    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0412209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3130  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  72.1 
 
 
814 aa  1239    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1080  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.15 
 
 
814 aa  842    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.406718  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  70.47 
 
 
821 aa  1217    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0816  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  72.02 
 
 
814 aa  1226    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.359061  normal  0.0137371 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1490  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  72.1 
 
 
814 aa  1239    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2309  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  72.08 
 
 
818 aa  1227    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0719  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  49.94 
 
 
820 aa  784    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.825422  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0741  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  71.73 
 
 
814 aa  1232    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3162  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.4 
 
 
801 aa  771    Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00213461  normal  0.298002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1781  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  73.37 
 
 
823 aa  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2096  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  73.34 
 
 
818 aa  1243    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2107  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  68.77 
 
 
823 aa  1186    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.614083 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2472  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.06 
 
 
801 aa  787    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.971864  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2146  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  49.29 
 
 
801 aa  766    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243171  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1142  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  71.84 
 
 
825 aa  1217    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.861226  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0464  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  72.47 
 
 
814 aa  1241    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23370  Assimilatory Nitrite reductase,large subunit; NasA  69.25 
 
 
816 aa  1164    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4525  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.15 
 
 
820 aa  838    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927735  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2968  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  54.78 
 
 
831 aa  892    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205655  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3043  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  52.12 
 
 
811 aa  818    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.301958  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2839  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  69.34 
 
 
821 aa  1192    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.184658 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2557  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  69.99 
 
 
823 aa  1202    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323031  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1707  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.97 
 
 
839 aa  901    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3276  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  73.09 
 
 
810 aa  1239    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464677  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2152  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.99 
 
 
801 aa  772    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.57135  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2317  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.88 
 
 
819 aa  1238    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.551763  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5894  nitrite reductase large subunit  51.22 
 
 
815 aa  843    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1000  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  100 
 
 
816 aa  1686    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2965  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  53.69 
 
 
817 aa  854    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3525  assimilatory nitrite reductase large subunit  70.99 
 
 
816 aa  1217    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1266  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  55.09 
 
 
825 aa  880    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0963412  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1667  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.98 
 
 
810 aa  841    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0751233  normal  0.158912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1407  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  69.5 
 
 
815 aa  1184    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  51.9 
 
 
816 aa  833    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116537  normal  0.910407 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  51.72 
 
 
814 aa  802    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2424  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.06 
 
 
801 aa  787    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1700  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  60.85 
 
 
811 aa  1049    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.575793 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2919  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  72.1 
 
 
814 aa  1239    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2956  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.25 
 
 
818 aa  880    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41530  assimilatory nitrite reductase large subunit  71.48 
 
 
816 aa  1227    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2849  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.32 
 
 
820 aa  1246    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0573  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.6 
 
 
814 aa  1230    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  69.22 
 
 
821 aa  1190    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0208  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.87 
 
 
801 aa  798    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.57 
 
 
810 aa  815    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1990  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  47.97 
 
 
800 aa  754    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0099  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  72.1 
 
 
814 aa  1239    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0668  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  62.25 
 
 
826 aa  1052    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.85 
 
 
808 aa  880    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3774  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.8 
 
 
813 aa  630  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.541337 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.44 
 
 
827 aa  624  1e-177  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3231  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  44.05 
 
 
819 aa  623  1e-177  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3293  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.05 
 
 
819 aa  623  1e-177  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.192884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.46 
 
 
822 aa  625  1e-177  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742948  normal  0.535106 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3242  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.93 
 
 
819 aa  620  1e-176  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838736  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.72 
 
 
870 aa  610  1e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2245  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.17 
 
 
837 aa  610  1e-173  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.131347  normal  0.240706 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0397  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.62 
 
 
834 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17666  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3275  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  42.84 
 
 
846 aa  603  1.0000000000000001e-171  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3013  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43 
 
 
823 aa  596  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.190459 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1392  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  41.54 
 
 
839 aa  585  1.0000000000000001e-165  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.79174  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2302  assimilatory nitrate reductase electron transfer subunit domain protein  70.82 
 
 
409 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0640092  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2100  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  70.32 
 
 
409 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.856464  hitchhiker  0.00707192 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2371  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  64.71 
 
 
426 aa  539  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03164  flavoprotein FAD oxidoreductase  62 
 
 
409 aa  511  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.229065  normal  0.538178 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4278  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  62.25 
 
 
410 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.36357 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4166  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  62.25 
 
 
410 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1332  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.23 
 
 
837 aa  499  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0149274 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4862  assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  60.45 
 
 
413 aa  492  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500938  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4820  assimilatory nitrate reductase (NADH) small subunit  59.85 
 
 
413 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0713443  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  37.44 
 
 
971 aa  473  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.66 
 
 
848 aa  468  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2384  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.76 
 
 
830 aa  466  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312411  normal  0.440122 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3716  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  38.18 
 
 
861 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  37.66 
 
 
848 aa  467  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1441  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.34 
 
 
1386 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281756  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05591  nitrate reductase  36.01 
 
 
839 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2412  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.26 
 
 
846 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000434604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5924  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.22 
 
 
814 aa  457  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0194616  normal  0.0886236 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5406  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.58 
 
 
837 aa  454  1.0000000000000001e-126  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1157  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.28 
 
 
846 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2355  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  36.12 
 
 
851 aa  456  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000467029  normal  0.479007 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.25 
 
 
850 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.68 
 
 
850 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2322  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor / assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit / assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  37.83 
 
 
1328 aa  453  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286672  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1815  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.12 
 
 
875 aa  452  1e-125  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0949445  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0794  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  37.2 
 
 
882 aa  450  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.14 
 
 
837 aa  451  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>