More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2730 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001308  ANIA_01007  Nitrite reductase [NAD(P)H] (EC 1.7.1.4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P22944]  43.58 
 
 
1104 aa  763    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03216  nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H-binding  59.5 
 
 
847 aa  1048    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0347  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1048    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0172  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  64 
 
 
837 aa  1091    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2906  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  67 
 
 
1381 aa  1825    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0297  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.59 
 
 
851 aa  815    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1705  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.49 
 
 
850 aa  1055    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.12708 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1754  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.19 
 
 
851 aa  1069    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.132112  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.26 
 
 
848 aa  1067    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13154  predicted protein  46.74 
 
 
885 aa  783    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2765  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  56.71 
 
 
890 aa  934    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0345886 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1222  nitrite reductase NADPH large subunit  63.67 
 
 
852 aa  1082    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.356268  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4947  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  62.34 
 
 
866 aa  1090    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2815  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.48 
 
 
852 aa  1092    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.487055  normal  0.890112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3262  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  62.84 
 
 
853 aa  1065    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.143316  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1492  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.31 
 
 
846 aa  876    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.566234  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3671  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.02 
 
 
847 aa  1042    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.5 
 
 
850 aa  1073    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1970  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.05 
 
 
966 aa  1135    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1086  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.07 
 
 
851 aa  1067    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.521926  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2730  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  100 
 
 
1396 aa  2851    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3099  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase:nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta-component, ferrodoxin-like:nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region:BFD-like [2Fe-2S]-binding region  62.49 
 
 
853 aa  1066    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.451682 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0245  nitrite reductase large subunit  61.97 
 
 
858 aa  1088    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0338  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.07 
 
 
851 aa  1067    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4860  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  63.58 
 
 
853 aa  1096    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6175  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  51.86 
 
 
856 aa  811    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4276  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.96 
 
 
851 aa  1102    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160671  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3842  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.02 
 
 
847 aa  1042    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294363  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3744  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.02 
 
 
847 aa  1042    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.23042  normal  0.171499 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0178  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  64.78 
 
 
844 aa  1107    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4164  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.96 
 
 
851 aa  1102    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5797  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.13 
 
 
860 aa  1093    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.871719 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0243  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.19 
 
 
851 aa  1069    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.944133  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4595  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  60.45 
 
 
849 aa  1043    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.649797  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2322  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor / assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit / assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  61.42 
 
 
1328 aa  1628    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286672  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  50.62 
 
 
971 aa  932    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1344  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.87 
 
 
865 aa  1095    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.451527  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3835  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1048    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1811  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  57.98 
 
 
889 aa  971    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.603082  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3741  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1048    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1157  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  60.79 
 
 
846 aa  1080    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4260  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.04 
 
 
837 aa  896    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00961758  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1170  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.66 
 
 
902 aa  1086    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0141525  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1983  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.78 
 
 
846 aa  1101    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.385914  normal  0.488023 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0794  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  56.2 
 
 
882 aa  927    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4015  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.56 
 
 
850 aa  1056    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10255  nitrite reductase NAD(P)H] large subunit  54.14 
 
 
853 aa  850    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.019775 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4400  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  62.88 
 
 
865 aa  1083    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.3242  normal  0.0318219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2058  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.16 
 
 
823 aa  898    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1024  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  61.69 
 
 
841 aa  1076    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1875  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.96 
 
 
880 aa  943    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.654316  hitchhiker  0.000051224 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4676  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1048    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.54103 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0838  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.81 
 
 
834 aa  855    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000152863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1260  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  64.08 
 
 
850 aa  1067    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0218384 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2384  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.52 
 
 
830 aa  896    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312411  normal  0.440122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2355  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  63.09 
 
 
851 aa  1105    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000467029  normal  0.479007 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0082  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.07 
 
 
851 aa  1067    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0319  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  63.95 
 
 
854 aa  1087    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4147  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.65 
 
 
857 aa  1099    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385776  normal  0.0888504 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2214  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  63.3 
 
 
862 aa  1086    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0126186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2004  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  64.23 
 
 
838 aa  1091    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3716  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  61.75 
 
 
861 aa  1082    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3561  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1050    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.48 
 
 
1373 aa  2002    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.204618  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1665  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.07 
 
 
851 aa  1066    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1117  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  62.8 
 
 
841 aa  1063    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.26 
 
 
848 aa  1067    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0798  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit  59.55 
 
 
858 aa  990    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1319  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  58.9 
 
 
869 aa  1023    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1552  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.79 
 
 
880 aa  1013    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679015 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4818  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H-binding) large subunit precursor  63.83 
 
 
853 aa  1089    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0347  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1048    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2391  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  56.79 
 
 
856 aa  907    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1441  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  73.05 
 
 
1386 aa  2035    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281756  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0248  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.09 
 
 
880 aa  834    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.120647  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0258  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  53.97 
 
 
880 aa  834    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0309193  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2799  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.94 
 
 
882 aa  804    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.606225  decreased coverage  0.000990143 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2534  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.43 
 
 
861 aa  1092    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05591  nitrate reductase  59.23 
 
 
839 aa  1021    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03660  nitrite reductase  62.81 
 
 
849 aa  1073    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1332  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.72 
 
 
837 aa  944    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0149274 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1249  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  63.07 
 
 
851 aa  1067    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.130905  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0387  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.35 
 
 
852 aa  830    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18820  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  48.6 
 
 
891 aa  711    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0317418  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1509  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  56.75 
 
 
867 aa  931    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4624  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.46 
 
 
837 aa  867    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3936  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  62.91 
 
 
867 aa  1082    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00309412  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1305  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49 
 
 
885 aa  787    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462286 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1258  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  49.53 
 
 
879 aa  789    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.993726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3647  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.5 
 
 
847 aa  1048    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000297498 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4506  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.23 
 
 
857 aa  1092    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156968  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1303  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.37 
 
 
850 aa  1052    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.381253  normal  0.438898 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0268  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.97 
 
 
880 aa  834    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.229945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1744  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  52.98 
 
 
853 aa  868    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.662077 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3779  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  59.14 
 
 
847 aa  1043    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5659  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  63.34 
 
 
854 aa  1111    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.150409  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2176  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  56.35 
 
 
833 aa  899    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000870313  hitchhiker  0.00000985708 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3793  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  58.42 
 
 
847 aa  1033    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0249011 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3671  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  59.26 
 
 
847 aa  1044    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.56 
 
 
837 aa  870    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>