More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2309 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1080  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.82 
 
 
814 aa  862    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.406718  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0668  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  65.84 
 
 
826 aa  1098    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23370  Assimilatory Nitrite reductase,large subunit; NasA  69.35 
 
 
816 aa  1163    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2919  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  75.03 
 
 
814 aa  1244    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2293  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.07 
 
 
801 aa  780    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0573  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  74.65 
 
 
814 aa  1237    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1990  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  46.52 
 
 
801 aa  749    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0592  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  67.78 
 
 
820 aa  1135    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  56.62 
 
 
808 aa  907    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.45 
 
 
827 aa  657    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1667  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  55.06 
 
 
810 aa  854    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0751233  normal  0.158912 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1997  nitrite reductase  49.19 
 
 
801 aa  783    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00110354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1970  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.32 
 
 
801 aa  786    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.473081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1949  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.19 
 
 
801 aa  781    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0412209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3130  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  75.03 
 
 
814 aa  1244    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0816  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  70.24 
 
 
814 aa  1179    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.359061  normal  0.0137371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2593  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  67.19 
 
 
825 aa  1147    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  0.140435 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2309  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  100 
 
 
818 aa  1684    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0719  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  54.43 
 
 
820 aa  839    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.825422  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0741  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  74.78 
 
 
814 aa  1239    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1781  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.22 
 
 
823 aa  1224    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2956  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.91 
 
 
818 aa  897    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2096  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.96 
 
 
818 aa  1246    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0397  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.26 
 
 
834 aa  640    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17666  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1142  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  70.18 
 
 
825 aa  1174    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.861226  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1490  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  75.03 
 
 
814 aa  1244    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2472  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  48.76 
 
 
801 aa  781    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.971864  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2146  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  49.19 
 
 
801 aa  783    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243171  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3242  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.14 
 
 
819 aa  665    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838736  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2849  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.86 
 
 
820 aa  1231    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0464  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  75.79 
 
 
814 aa  1252    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3528  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.86 
 
 
820 aa  1231    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4525  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.69 
 
 
820 aa  895    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927735  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2968  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  57.45 
 
 
831 aa  917    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205655  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3043  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  54 
 
 
811 aa  826    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.301958  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2317  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  72.46 
 
 
819 aa  1239    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.551763  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2557  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  70.9 
 
 
823 aa  1224    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323031  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1707  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  58.54 
 
 
839 aa  927    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1629  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.33 
 
 
816 aa  880    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.899619  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3276  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  73.27 
 
 
810 aa  1231    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464677  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2245  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.29 
 
 
837 aa  645    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.131347  normal  0.240706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  70.43 
 
 
821 aa  1204    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2177  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.32 
 
 
801 aa  785    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0208  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  50.12 
 
 
801 aa  801    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3013  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.08 
 
 
823 aa  643    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.190459 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2965  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  55.51 
 
 
817 aa  876    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1114  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  61.69 
 
 
812 aa  1030    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2424  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  48.76 
 
 
801 aa  781    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.08 
 
 
816 aa  878    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116537  normal  0.910407 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1266  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  57.27 
 
 
825 aa  914    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0963412  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2152  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  48.95 
 
 
801 aa  780    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.57135  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2839  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.13 
 
 
821 aa  1204    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.184658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3231  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  46.27 
 
 
819 aa  667    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3774  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.38 
 
 
813 aa  637    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.541337 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.13 
 
 
814 aa  856    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.55 
 
 
870 aa  664    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1700  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  65.42 
 
 
811 aa  1091    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.575793 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3162  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.19 
 
 
801 aa  783    Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00213461  normal  0.298002 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1000  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.08 
 
 
816 aa  1227    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41530  assimilatory nitrite reductase large subunit  71.59 
 
 
816 aa  1233    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1407  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  69.83 
 
 
815 aa  1193    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0558  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  75.03 
 
 
814 aa  1243    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840641  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.6 
 
 
810 aa  844    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5894  nitrite reductase large subunit  53.47 
 
 
815 aa  883    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1990  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  48.7 
 
 
800 aa  772    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2107  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.86 
 
 
823 aa  1201    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.614083 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0099  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  75.03 
 
 
814 aa  1244    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3293  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.27 
 
 
819 aa  667    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.192884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3525  assimilatory nitrite reductase large subunit  71.71 
 
 
816 aa  1229    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.67 
 
 
822 aa  660    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742948  normal  0.535106 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  71.01 
 
 
821 aa  1202    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3275  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.12 
 
 
846 aa  632  1e-179  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1392  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.88 
 
 
839 aa  626  1e-178  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.79174  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2100  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  68.84 
 
 
409 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.856464  hitchhiker  0.00707192 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2302  assimilatory nitrate reductase electron transfer subunit domain protein  68.59 
 
 
409 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0640092  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03164  flavoprotein FAD oxidoreductase  64.53 
 
 
409 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.229065  normal  0.538178 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4278  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  64.66 
 
 
410 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.36357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2371  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  66.5 
 
 
426 aa  535  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4166  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  64.66 
 
 
410 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4820  assimilatory nitrate reductase (NADH) small subunit  63.44 
 
 
413 aa  527  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0713443  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4862  assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  62.89 
 
 
413 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500938  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1332  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  37.13 
 
 
837 aa  512  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0149274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2384  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.07 
 
 
830 aa  500  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312411  normal  0.440122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5924  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  39.59 
 
 
814 aa  491  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0194616  normal  0.0886236 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4860  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  38.22 
 
 
853 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2412  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.81 
 
 
846 aa  481  1e-134  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000434604  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5406  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.83 
 
 
837 aa  478  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  36.63 
 
 
848 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3716  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  37.88 
 
 
861 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.63 
 
 
848 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1441  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  38.24 
 
 
1386 aa  474  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281756  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  36.74 
 
 
971 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1157  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.77 
 
 
846 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2355  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  36.86 
 
 
851 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000467029  normal  0.479007 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4260  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.67 
 
 
837 aa  472  1.0000000000000001e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00961758  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.83 
 
 
850 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.96 
 
 
850 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2176  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.75 
 
 
833 aa  467  9.999999999999999e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000870313  hitchhiker  0.00000985708 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5659  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.82 
 
 
854 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.150409  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  39.03 
 
 
837 aa  468  9.999999999999999e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>