More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0040 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
708 aa  1471  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  63.2 
 
 
572 aa  703  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 
534 aa  328  3e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  35.71 
 
 
534 aa  327  4e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 
551 aa  297  5e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.79 
 
 
538 aa  290  5e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.83 
 
 
545 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 
533 aa  262  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  34.22 
 
 
547 aa  262  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 
536 aa  258  3e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 
544 aa  254  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 
512 aa  253  8e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.57 
 
 
514 aa  248  4e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  32.17 
 
 
543 aa  246  7e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.75 
 
 
516 aa  243  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  32.77 
 
 
538 aa  237  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 
527 aa  236  2e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 
525 aa  235  2e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.33 
 
 
550 aa  234  4e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 
537 aa  233  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 
520 aa  232  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.76 
 
 
535 aa  232  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 
513 aa  231  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 
549 aa  231  5e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 
543 aa  230  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.9 
 
 
517 aa  229  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.71 
 
 
517 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.71 
 
 
517 aa  227  5e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 
539 aa  227  5e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.52 
 
 
517 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.52 
 
 
517 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 
807 aa  226  1e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.17 
 
 
537 aa  224  4e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  32.4 
 
 
512 aa  223  8e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.88 
 
 
517 aa  222  2e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.58 
 
 
505 aa  222  2e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.66 
 
 
510 aa  222  2e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.66 
 
 
510 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.58 
 
 
509 aa  221  3e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.66 
 
 
510 aa  221  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.66 
 
 
510 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.02 
 
 
518 aa  221  4e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.46 
 
 
510 aa  220  7e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.46 
 
 
510 aa  220  8e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.38 
 
 
517 aa  219  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 
517 aa  219  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.46 
 
 
510 aa  219  1e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.26 
 
 
510 aa  219  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.17 
 
 
517 aa  219  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 
535 aa  218  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.46 
 
 
510 aa  219  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.38 
 
 
522 aa  218  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 
542 aa  218  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.46 
 
 
510 aa  218  5e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.38 
 
 
522 aa  216  1e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.17 
 
 
522 aa  216  1e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.63 
 
 
512 aa  216  1e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  31.38 
 
 
522 aa  216  1e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  28.73 
 
 
600 aa  215  2e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  33.12 
 
 
503 aa  215  2e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.99 
 
 
517 aa  214  3e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  30.51 
 
 
597 aa  214  4e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 
539 aa  214  5e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 
662 aa  214  5e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 
517 aa  213  8e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  32.83 
 
 
501 aa  213  9e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  33.48 
 
 
500 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  33.48 
 
 
500 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  30.42 
 
 
609 aa  212  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 
552 aa  211  3e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 
544 aa  210  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.42 
 
 
601 aa  209  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.7 
 
 
592 aa  208  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.7 
 
 
592 aa  208  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.7 
 
 
592 aa  208  3e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  27.25 
 
 
495 aa  207  6e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  32.31 
 
 
502 aa  206  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  1.44188e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 
541 aa  205  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 
509 aa  205  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 
530 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.9 
 
 
612 aa  205  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 
501 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 
531 aa  203  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.32 
 
 
608 aa  203  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  5.71786e-05 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  29.09 
 
 
630 aa  203  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 
592 aa  202  1e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.31 
 
 
600 aa  201  4e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 
551 aa  201  4e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 
512 aa  201  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.38 
 
 
630 aa  199  1e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  28.36 
 
 
526 aa  199  1e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
511 aa  199  1e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  29.6 
 
 
610 aa  199  2e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 
568 aa  199  2e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
499 aa  199  2e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 
490 aa  198  2e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1548  acyl-CoA synthetase  31.05 
 
 
557 aa  198  3e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0453148  normal  0.562815 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 
492 aa  198  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
538 aa  197  6e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  28.83 
 
 
521 aa  197  8e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>