42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0038 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0038  putative periplasmic protein  100 
 
 
290 aa  581  1e-165  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0958409  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  27.03 
 
 
378 aa  67.8  2e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  5.81203e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  34.75 
 
 
484 aa  65.5  1e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  30.47 
 
 
484 aa  62.8  6e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0012  hypothetical protein  31.11 
 
 
717 aa  61.6  1e-08  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  29.27 
 
 
453 aa  61.6  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  29.27 
 
 
453 aa  61.6  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  29.53 
 
 
453 aa  61.2  2e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  29.27 
 
 
453 aa  60.8  2e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  29.53 
 
 
453 aa  61.6  2e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  29.19 
 
 
446 aa  60.5  3e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  29.81 
 
 
453 aa  60.1  5e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  27.74 
 
 
448 aa  55.5  1e-06  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  27.74 
 
 
448 aa  55.5  1e-06  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  27.74 
 
 
454 aa  55.1  1e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  27.74 
 
 
448 aa  55.5  1e-06  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  28.39 
 
 
454 aa  55.5  1e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1219  hypothetical protein  25.87 
 
 
586 aa  55.1  1e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  27.74 
 
 
454 aa  55.1  1e-06  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  27.74 
 
 
454 aa  55.5  1e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  27.74 
 
 
454 aa  55.1  1e-06  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1970  hypothetical protein  28.74 
 
 
348 aa  52.8  6e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  9.04058e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0334  hypothetical protein  27.5 
 
 
664 aa  52.8  7e-06  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  30.82 
 
 
394 aa  52.4  8e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  29.63 
 
 
556 aa  52.4  9e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
543 aa  51.6  1e-05  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  24.67 
 
 
566 aa  50.8  3e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0582  hypothetical protein  30 
 
 
463 aa  50.1  4e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  3.19564e-07  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  26.62 
 
 
554 aa  50.1  5e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  8.24633e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  28.4 
 
 
591 aa  50.1  5e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0941  peptidoglycan-binding LysM  24.4 
 
 
359 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.984882  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0304  hypothetical protein  23.91 
 
 
542 aa  48.1  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  28.89 
 
 
568 aa  47.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  31.15 
 
 
314 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  25.32 
 
 
548 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  29.69 
 
 
559 aa  45.8  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  28.91 
 
 
559 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1127  hypothetical protein  19.91 
 
 
410 aa  43.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  27.56 
 
 
558 aa  42.7  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1113  hypothetical protein  26.77 
 
 
322 aa  42.4  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.303813  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0299  anti-FecI sigma factor, FecR  25.7 
 
 
1334 aa  42  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0378  hypothetical protein  30.51 
 
 
292 aa  42.4  0.01  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>