More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1938 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 376 aa  763    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  64.08 
 
 		 376 aa  491  9.999999999999999e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  52.01 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3791  D-alanine--D-alanine ligase  52.33 
 
 		 353 aa  368  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  52.2 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  48.14 
 
 		 370 aa  365  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  49.23 
 
 		 383 aa  363  2e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  47.58 
 
 		 393 aa  360  2e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  50.41 
 
 		 367 aa  358  9e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  48.77 
 
 		 362 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  46.05 
 
 		 361 aa  356  3.9999999999999996e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  48.36 
 
 		 364 aa  355  1e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  48.77 
 
 		 361 aa  354  1e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  46.36 
 
 		 371 aa  352  7e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  47.85 
 
 		 367 aa  345  1e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  48.24 
 
 		 362 aa  343  2e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  47.44 
 
 		 365 aa  340  2.9999999999999998e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  47.43 
 
 		 362 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  47.31 
 
 		 361 aa  336  5e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  47.15 
 
 		 361 aa  336  5e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  47.31 
 
 		 361 aa  335  7e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  47.31 
 
 		 361 aa  335  7e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  46.77 
 
 		 361 aa  334  1e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  47.31 
 
 		 361 aa  335  1e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  46.88 
 
 		 361 aa  333  2e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  46.88 
 
 		 356 aa  332  9e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  46.88 
 
 		 356 aa  332  9e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  45.14 
 
 		 351 aa  324  1e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  44.86 
 
 		 351 aa  323  3e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  45.8 
 
 		 357 aa  322  5e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  44.95 
 
 		 351 aa  322  7e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  46.69 
 
 		 343 aa  322  8e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2856  D-alanine/D-alanine ligase  46.05 
 
 		 362 aa  316  4e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  45.14 
 
 		 366 aa  315  7e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  44.41 
 
 		 352 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  46.39 
 
 		 358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  45.26 
 
 		 366 aa  310  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  45.04 
 
 		 376 aa  310  2.9999999999999997e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  45.41 
 
 		 360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  45.98 
 
 		 363 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  45.07 
 
 		 371 aa  309  4e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  45.07 
 
 		 371 aa  309  4e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1199  D-alanyl-alanine synthetase A  45.38 
 
 		 349 aa  310  4e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  44.99 
 
 		 366 aa  309  6.999999999999999e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  44.08 
 
 		 360 aa  308  6.999999999999999e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  45.07 
 
 		 371 aa  308  9e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  44.29 
 
 		 367 aa  307  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  44.66 
 
 		 339 aa  307  2.0000000000000002e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2952  D-alanine--D-alanine ligase  45.63 
 
 		 351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  44.04 
 
 		 360 aa  305  1.0000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  43.32 
 
 		 369 aa  304  1.0000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  45.79 
 
 		 373 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1680  D-alanine/D-alanine ligase  45.41 
 
 		 389 aa  301  1e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344983  hitchhiker  0.00583012 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  42.39 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  42.39 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  42.39 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1586  D-alanine--D-alanine ligase  42.9 
 
 		 377 aa  299  6e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0347832 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  44.56 
 
 		 367 aa  299  6e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  43.43 
 
 		 372 aa  298  8e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  42.39 
 
 		 364 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  43.48 
 
 		 386 aa  298  9e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  42.39 
 
 		 364 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  45.33 
 
 		 363 aa  298  1e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  43.8 
 
 		 367 aa  297  2e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  43.17 
 
 		 366 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  41.58 
 
 		 360 aa  296  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1233  D-ala D-ala ligase N-terminal domain protein  44.94 
 
 		 380 aa  296  5e-79  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148623 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  42.9 
 
 		 364 aa  295  8e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  42.2 
 
 		 377 aa  294  1e-78  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  42.51 
 
 		 363 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  43.44 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  42.62 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  44.47 
 
 		 368 aa  292  5e-78  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  44.84 
 
 		 375 aa  293  5e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  43.88 
 
 		 373 aa  292  6e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  43.21 
 
 		 363 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2251  D-alanyl-alanine synthetase A  45.16 
 
 		 382 aa  290  3e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000796375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  42.2 
 
 		 394 aa  290  3e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  42.29 
 
 		 384 aa  290  4e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2514  D-alanyl-alanine synthetase A  44.89 
 
 		 382 aa  288  9e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.94876  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  42.66 
 
 		 369 aa  288  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  41.58 
 
 		 355 aa  288  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08790  D-alanine--D-alanine ligase  41.15 
 
 		 379 aa  286  4e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0347411  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0767  D-alanyl-alanine synthetase A  41.3 
 
 		 348 aa  286  5e-76  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1363  D-alanine--D-alanine ligase  41.02 
 
 		 376 aa  286  5e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.905553  normal  0.282026 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1544  D-alanyl-alanine synthetase A  42.55 
 
 		 348 aa  285  5.999999999999999e-76  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  42.44 
 
 		 371 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13541  D-alanine--D-alanine ligase  42.36 
 
 		 353 aa  282  6.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.337392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  43.73 
 
 		 361 aa  281  1e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  41.94 
 
 		 400 aa  280  2e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0107  D-alanyl-alanine synthetase A  44.77 
 
 		 375 aa  280  3e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0129798  hitchhiker  0.000000000349499 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0387  D-alanyl-alanine synthetase A  41.64 
 
 		 367 aa  279  6e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.067468  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2375  D-alanyl-alanine synthetase A  42.78 
 
 		 347 aa  279  7e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.875604  normal  0.964847 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  41.67 
 
 		 368 aa  278  9e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>