More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1257 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
386 aa  778    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  32.54 
 
 
394 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.59 
 
 
396 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  36.24 
 
 
372 aa  195  9e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 
400 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  33.71 
 
 
371 aa  186  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
395 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32.66 
 
 
376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
397 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.05 
 
 
385 aa  177  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
399 aa  177  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  32.28 
 
 
372 aa  176  8e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
383 aa  173  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.23 
 
 
399 aa  172  9e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
397 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
397 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
384 aa  168  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
396 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.2 
 
 
397 aa  166  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
397 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
382 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
386 aa  162  7e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.82 
 
 
399 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
376 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
397 aa  157  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.84 
 
 
395 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.86 
 
 
392 aa  150  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
401 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
401 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
419 aa  147  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
401 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 
403 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
386 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 
405 aa  143  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 
373 aa  143  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
394 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
402 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.19 
 
 
373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
374 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.57 
 
 
405 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.92 
 
 
373 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
375 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
381 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
415 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
412 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
388 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
404 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.25 
 
 
376 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  28.83 
 
 
373 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 
394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.86 
 
 
374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.5 
 
 
408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.53 
 
 
404 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.45 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1863  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
814 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.190846  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
378 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
378 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.41 
 
 
375 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
380 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
378 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.41 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  29.41 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
378 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  29.41 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
372 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
404 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.5 
 
 
379 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  29.58 
 
 
336 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  29.41 
 
 
379 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  29.41 
 
 
379 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  29.41 
 
 
379 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
393 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2037  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
403 aa  132  9e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.80961 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
388 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.49 
 
 
382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.46 
 
 
399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
393 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>