177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0016 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0016  30S ribosomal protein S20  100 
 
 
87 aa  167  4e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1783  30S ribosomal protein S20  91.95 
 
 
87 aa  155  2e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1598  30S ribosomal protein S20  91.95 
 
 
87 aa  155  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1965  30S ribosomal protein S20  90.8 
 
 
87 aa  153  8e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1806  30S ribosomal protein S20  81.4 
 
 
89 aa  132  1e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0293621  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0741  30S ribosomal protein S20  80.23 
 
 
89 aa  132  1e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1718  30S ribosomal protein S20  77.01 
 
 
88 aa  129  9e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1619  30S ribosomal protein S20  71.26 
 
 
88 aa  116  1e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0075  ribosomal protein S20  67.82 
 
 
91 aa  103  6e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2044  30S ribosomal protein S20  62.79 
 
 
86 aa  102  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0994  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 
86 aa  76.6  1e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.945897  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1267  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 
87 aa  75.5  2e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.771067  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
86 aa  72.4  2e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 
87 aa  69.3  2e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.04078e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0917  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
89 aa  68.6  3e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  67.4  6e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  67.4  6e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.25202e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0292  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
87 aa  66.6  1e-10  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161586 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2031  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
87 aa  65.5  2e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0513769  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1416  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 
87 aa  64.7  4e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.71927e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 
87 aa  63.9  7e-10  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  5.8734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  45 
 
 
88 aa  62.8  1e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2909  30S ribosomal protein S20  50.63 
 
 
91 aa  61.2  5e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2817  30S ribosomal protein S20  50.63 
 
 
91 aa  61.2  5e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2436  ribosomal protein S20  45.24 
 
 
88 aa  59.3  2e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  1.2228e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2725  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 
92 aa  58.5  3e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0313698  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  40.23 
 
 
88 aa  58.2  4e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1685  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 
87 aa  57.4  6e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.462249  normal  0.0272644 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0792  ribosomal protein S20  41.38 
 
 
87 aa  57.4  7e-08  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 
87 aa  56.2  1e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.31209e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0001  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 
86 aa  55.5  3e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3424  SSU ribosomal protein S20P  42.53 
 
 
92 aa  55.5  3e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3104  ribosomal protein S20  42.5 
 
 
90 aa  54.7  4e-07  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  37.93 
 
 
88 aa  54.7  4e-07  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3131  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  54.7  5e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.68382e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0002  30S ribosomal protein S20  41.25 
 
 
88 aa  54.3  5e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  1.82845e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6963  30S ribosomal protein S20  41.86 
 
 
88 aa  53.9  6e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2556  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 
88 aa  53.9  7e-07  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548445  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1176  SSU ribosomal protein S20P  43.68 
 
 
88 aa  53.9  7e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.150472  hitchhiker  0.00109182 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  43.04 
 
 
87 aa  53.9  8e-07  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.74442e-21 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4890  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  53.5  9e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.540354  normal  0.302297 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0001  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  53.5  9e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  44.19 
 
 
88 aa  53.5  9e-07  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3031  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 
87 aa  53.1  1e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.362644  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17380  SSU ribosomal protein S20P  41.25 
 
 
86 aa  53.5  1e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.573431  hitchhiker  0.00388054 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 
87 aa  52.4  2e-06  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4514  30S ribosomal protein S20  37.93 
 
 
89 aa  51.6  4e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7677  30S ribosomal protein S20  43.75 
 
 
88 aa  51.6  4e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118438  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2185  30S ribosomal protein S20  38.75 
 
 
88 aa  50.8  5e-06  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2098  30S ribosomal protein S20  38.75 
 
 
105 aa  51.2  5e-06  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00199179  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0390  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 
88 aa  50.8  5e-06  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1281  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
88 aa  50.1  9e-06  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000755686  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4943  30S ribosomal protein S20  37.93 
 
 
88 aa  49.7  1e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0001  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
88 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4421  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
88 aa  49.7  1e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4641  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
92 aa  49.3  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.647122  hitchhiker  0.00990259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4370  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
92 aa  49.3  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664055 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0094  ribosomal protein S20  41.77 
 
 
89 aa  49.3  2e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2024  ribosomal protein S20  41.77 
 
 
90 aa  48.9  2e-05  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  2.05272e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1932  ribosomal protein S20  39.08 
 
 
88 aa  49.3  2e-05  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  5.91631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4712  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
88 aa  49.3  2e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822452  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0041  30S ribosomal protein S20  37.04 
 
 
95 aa  48.5  3e-05  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.418613  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1384  ribosomal protein S20  38.37 
 
 
100 aa  48.5  3e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0071  30S ribosomal protein S20  37.04 
 
 
95 aa  48.5  3e-05  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0306  ribosomal protein S20  37.93 
 
 
84 aa  48.5  3e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  1.67926e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3546  30S ribosomal protein S20  41.25 
 
 
89 aa  47.8  5e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2765  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  47.4  6e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3143  30S ribosomal protein S20  37.93 
 
 
88 aa  47.8  6e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  41.77 
 
 
88 aa  47.4  7e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3079  SSU ribosomal protein S20P  38.75 
 
 
88 aa  47  8e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0239933  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  39.76 
 
 
88 aa  47  8e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
109 aa  47  9e-05  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  39.24 
 
 
109 aa  47  9e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5323  30S ribosomal protein S20  35.63 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.761405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4102  SSU ribosomal protein S20P  45 
 
 
88 aa  46.2  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4039  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2678  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.855392  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  37.93 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2505  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 
88 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2297  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  45.4  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.10534e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2090  30S ribosomal protein S20  36.71 
 
 
94 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.34662e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  38.1 
 
 
87 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1150  30S ribosomal protein S20  32.91 
 
 
89 aa  46.2  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  hitchhiker  0.00399464  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1037  ribosomal protein S20  35.63 
 
 
87 aa  45.4  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.94185e-06  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0700  ribosomal protein S20  38.75 
 
 
92 aa  45.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  5.36683e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  2.04572e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2717  30S ribosomal protein S20  45.57 
 
 
90 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.469442  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0001  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
88 aa  45.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  8.69567e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.08096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1919  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
99 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000179184  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5883  30S ribosomal protein S20  38.55 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  38.1 
 
 
85 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  1.17943e-11 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0492  ribosomal protein S20  37.97 
 
 
87 aa  44.7  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131868  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7874  30S ribosomal protein S20  35.63 
 
 
88 aa  45.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 
89 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.40091e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1756  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.443874  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  37.97 
 
 
86 aa  44.3  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>