More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0001 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  100 
 
 		 87 aa  169  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.7444199999999996e-21 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  72.09 
 
 		 88 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6963  30S ribosomal protein S20  73.26 
 
 		 88 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0002  30S ribosomal protein S20  73.26 
 
 		 88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000000182845  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7677  30S ribosomal protein S20  73.26 
 
 		 88 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118438  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0001  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 88 aa  124  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4890  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 88 aa  124  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.540354  normal  0.302297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0001  30S ribosomal protein S20  71.26 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2185  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 88 aa  120  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0001  30S ribosomal protein S20  70.11 
 
 		 88 aa  120  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2098  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 105 aa  120  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00199179  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4641  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 92 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.647122  hitchhiker  0.00990259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4370  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 92 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664055 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0001  30S ribosomal protein S20  74.71 
 
 		 88 aa  116  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000869567 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1281  30S ribosomal protein S20  65.52 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000755686  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4102  SSU ribosomal protein S20P  72.41 
 
 		 88 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4514  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3079  SSU ribosomal protein S20P  65.52 
 
 		 88 aa  110  6e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0239933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0390  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0001  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 87 aa  107  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00020529  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5323  30S ribosomal protein S20  62.07 
 
 		 88 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.761405  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4421  30S ribosomal protein S20  62.79 
 
 		 88 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3143  30S ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4039  30S ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4712  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 88 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4943  30S ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 88 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0792  ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 87 aa  99  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3031  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 87 aa  98.6  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.362644  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7874  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 88 aa  97.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  59.3 
 
 		 89 aa  96.3  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0010  30S ribosomal protein S20  57.47 
 
 		 92 aa  96.7  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1341  30S ribosomal protein S20  57.47 
 
 		 92 aa  96.7  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0001  30S ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000133909  decreased coverage  0.0000000319383 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  55.17 
 
 		 88 aa  93.6  9e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3104  ribosomal protein S20  58.62 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4212  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 88 aa  91.3  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4886  30S ribosomal protein S20  62.07 
 
 		 87 aa  90.1  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222256  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1150  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 89 aa  86.7  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  hitchhiker  0.00399464  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3338  30S ribosomal protein S20  59.3 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3188  30S ribosomal protein S20  57.47 
 
 		 87 aa  82  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0921444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5079  30S ribosomal protein S20  59.77 
 
 		 91 aa  82.8  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2090  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 94 aa  80.5  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000134662  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3424  SSU ribosomal protein S20P  50.57 
 
 		 92 aa  77  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1690  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000410806  hitchhiker  0.0000000528048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 87 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0071  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0041  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.418613  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  72  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2972  30S ribosomal protein S20  51.19 
 
 		 94 aa  71.2  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000017573 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 87 aa  71.2  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000431209  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 86 aa  70.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  45.35 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 88 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00027  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000413778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021535  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0025  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.87642e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0027  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000024189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00026  hypothetical protein  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000313857  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0023  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000255802  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0026  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000013085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17380  SSU ribosomal protein S20P  47.67 
 
 		 86 aa  69.7  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.573431  hitchhiker  0.00388054 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3631  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000506786  normal  0.726814 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0022  30S ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000378838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 87 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000125202  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 		 87 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 87 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 88 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000449993  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000579115  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 88 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 		 86 aa  68.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058734  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000429038  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000160392  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 86 aa  67.8  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1919  30S ribosomal protein S20  48.19 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000179184  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0554  ribosomal protein S20  49.4 
 
 		 87 aa  68.2  0.00000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 87 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2005  ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.894621  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2817  30S ribosomal protein S20  49.37 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2909  30S ribosomal protein S20  49.37 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  44.83 
 
 		 88 aa  66.2  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 87 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000542728  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 87 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000161385  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  41.38 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 87 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000398649  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>