245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4712 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4712  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 88 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4421  30S ribosomal protein S20  95.45 
 
 		 88 aa  161  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5323  30S ribosomal protein S20  88.64 
 
 		 88 aa  150  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.761405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7874  30S ribosomal protein S20  82.95 
 
 		 88 aa  144  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4943  30S ribosomal protein S20  84.09 
 
 		 88 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4039  30S ribosomal protein S20  80.68 
 
 		 88 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3143  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 		 88 aa  133  7.000000000000001e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  74.71 
 
 		 88 aa  123  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0001  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0001  30S ribosomal protein S20  71.08 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4890  30S ribosomal protein S20  71.08 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.540354  normal  0.302297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6963  30S ribosomal protein S20  66.28 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7677  30S ribosomal protein S20  67.44 
 
 		 88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118438  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0001  30S ribosomal protein S20  69.88 
 
 		 88 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 87 aa  103  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.7444199999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0001  30S ribosomal protein S20  66.28 
 
 		 88 aa  102  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000869567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4102  SSU ribosomal protein S20P  66.28 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0390  30S ribosomal protein S20  66.28 
 
 		 88 aa  101  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0002  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 88 aa  100  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000000182845  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4641  30S ribosomal protein S20  63.22 
 
 		 92 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.647122  hitchhiker  0.00990259 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2098  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 		 105 aa  98.6  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00199179  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4370  30S ribosomal protein S20  63.22 
 
 		 92 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664055 
 
 
-
 
NC_004310  BR2185  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 		 88 aa  98.6  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0001  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 87 aa  95.1  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00020529  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3079  SSU ribosomal protein S20P  58.14 
 
 		 88 aa  92.8  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0239933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1281  30S ribosomal protein S20  53.01 
 
 		 88 aa  89  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000755686  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4514  30S ribosomal protein S20  52.33 
 
 		 89 aa  87.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3031  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 		 87 aa  85.9  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.362644  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  53.49 
 
 		 88 aa  84.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4212  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0792  ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  74.3  0.0000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1341  30S ribosomal protein S20  46.59 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0010  30S ribosomal protein S20  46.59 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4886  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 87 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0001  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 92 aa  72  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000133909  decreased coverage  0.0000000319383 
 
 
-
 
NC_002978  WD1150  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 89 aa  70.9  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  hitchhiker  0.00399464  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5079  30S ribosomal protein S20  51.14 
 
 		 91 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 		 89 aa  68.2  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  44.83 
 
 		 88 aa  68.2  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3104  ribosomal protein S20  44.83 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2817  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1690  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 89 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000410806  hitchhiker  0.0000000528048 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2909  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  44.19 
 
 		 88 aa  60.8  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  43.37 
 
 		 87 aa  60.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  43.37 
 
 		 87 aa  60.8  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  43.37 
 
 		 87 aa  60.8  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1919  30S ribosomal protein S20  42.17 
 
 		 99 aa  60.1  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000179184  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0041  30S ribosomal protein S20  36.14 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.418613  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2725  30S ribosomal protein S20  44.3 
 
 		 92 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0313698  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0071  30S ribosomal protein S20  36.14 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  45.57 
 
 		 86 aa  58.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  44.19 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3188  30S ribosomal protein S20  44.3 
 
 		 87 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0921444 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1718  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  43.37 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3338  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 		 86 aa  57  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 		 88 aa  57  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  41.86 
 
 		 88 aa  57  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1416  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.719270000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  40.7 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  40.91 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000125202  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  40 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000431209  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2717  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.469442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000579115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000429038  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000449993  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3424  SSU ribosomal protein S20P  36.78 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  43.04 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0047  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000090572  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000161385  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0047  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000872417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000542728  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000398649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  40.96 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  0.0000000000117943 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2556  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 88 aa  53.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  35.63 
 
 		 87 aa  53.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 91 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3181  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 		 87 aa  52.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0928109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>