More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0001 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0001  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 87 aa  167  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00020529  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  86.21 
 
 		 88 aa  147  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6963  30S ribosomal protein S20  77.91 
 
 		 88 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7677  30S ribosomal protein S20  77.91 
 
 		 88 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118438  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 87 aa  124  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.7444199999999996e-21 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4890  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 88 aa  122  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.540354  normal  0.302297 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0001  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 88 aa  122  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0001  30S ribosomal protein S20  71.26 
 
 		 88 aa  120  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2098  30S ribosomal protein S20  69.77 
 
 		 105 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00199179  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0002  30S ribosomal protein S20  69.77 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000000182845  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0001  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2185  30S ribosomal protein S20  69.77 
 
 		 88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 88 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4514  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4102  SSU ribosomal protein S20P  73.26 
 
 		 88 aa  114  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4641  30S ribosomal protein S20  68.6 
 
 		 92 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.647122  hitchhiker  0.00990259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4370  30S ribosomal protein S20  68.6 
 
 		 92 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664055 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4421  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1281  30S ribosomal protein S20  60.92 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000755686  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4712  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0001  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000869567 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0390  30S ribosomal protein S20  71.26 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3079  SSU ribosomal protein S20P  65.52 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0239933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4943  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 88 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4039  30S ribosomal protein S20  65.52 
 
 		 88 aa  106  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5323  30S ribosomal protein S20  65.52 
 
 		 88 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.761405  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3143  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7874  30S ribosomal protein S20  63.22 
 
 		 88 aa  104  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3031  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 87 aa  101  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.362644  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4212  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1341  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0010  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  54.65 
 
 		 89 aa  92.8  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0792  ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 87 aa  92  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4886  30S ribosomal protein S20  57.47 
 
 		 87 aa  90.9  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0001  30S ribosomal protein S20  58.62 
 
 		 92 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000133909  decreased coverage  0.0000000319383 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  52.87 
 
 		 88 aa  88.6  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3104  ribosomal protein S20  55.17 
 
 		 90 aa  85.9  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5079  30S ribosomal protein S20  59.3 
 
 		 91 aa  84.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1690  30S ribosomal protein S20  70.11 
 
 		 89 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000410806  hitchhiker  0.0000000528048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 88 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  48.84 
 
 		 88 aa  82  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 88 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 92 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3188  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 87 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0921444 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 90 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  53.49 
 
 		 86 aa  78.2  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1150  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 89 aa  78.2  0.00000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  hitchhiker  0.00399464  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 87 aa  77.8  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  78.2  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 92 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 91 aa  77.4  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 88 aa  77  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000396831  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 87 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 92 aa  75.5  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5203  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.614694  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3546  30S ribosomal protein S20  50.59 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2726  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 		 88 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000316732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3181  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 		 87 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0928109  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 86 aa  73.6  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1288  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000699661  normal  0.326601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 86 aa  72  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  43.68 
 
 		 87 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  71.2  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000160392  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021535  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0025  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.87642e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0026  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000013085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0027  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000024189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0022  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000378838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000398649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000542728  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3338  30S ribosomal protein S20  52.33 
 
 		 86 aa  71.2  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00026  hypothetical protein  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000313857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3631  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000506786  normal  0.726814 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0023  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000255802  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0478  SSU ribosomal protein S20P  47.13 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.075192  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000161385  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>