More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4160 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  100 
 
 
310 aa  616  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  94.84 
 
 
312 aa  588  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  64.26 
 
 
308 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  63.28 
 
 
308 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  64.55 
 
 
309 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  64.24 
 
 
311 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  64.24 
 
 
311 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  64.24 
 
 
311 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  65.69 
 
 
309 aa  355  5e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  64.04 
 
 
310 aa  345  8e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  59.08 
 
 
308 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  58.75 
 
 
308 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  59.4 
 
 
302 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  64.38 
 
 
297 aa  329  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  65.25 
 
 
324 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  64.92 
 
 
324 aa  321  1e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  57.38 
 
 
302 aa  318  8e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  55.81 
 
 
306 aa  312  4e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  56.04 
 
 
302 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  55.7 
 
 
305 aa  306  2e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  55.7 
 
 
302 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  65.07 
 
 
297 aa  303  2e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  53.33 
 
 
315 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  55.3 
 
 
321 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  56 
 
 
306 aa  288  9e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  53.64 
 
 
321 aa  283  3e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  44.37 
 
 
307 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  45.72 
 
 
317 aa  244  1e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  50 
 
 
309 aa  244  1e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  50.32 
 
 
309 aa  244  2e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  45.18 
 
 
306 aa  244  2e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  50.69 
 
 
295 aa  243  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  44.19 
 
 
305 aa  243  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  43.81 
 
 
305 aa  239  3e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  43.56 
 
 
308 aa  239  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  41.37 
 
 
310 aa  239  5e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  42.47 
 
 
308 aa  239  6e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  43.33 
 
 
305 aa  239  6e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  41.67 
 
 
309 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  44.55 
 
 
310 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  52.01 
 
 
308 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.72 
 
 
310 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  6.77641e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  45.48 
 
 
301 aa  235  7e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  44.7 
 
 
308 aa  235  8e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  45.18 
 
 
308 aa  234  1e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  45.18 
 
 
308 aa  234  1e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  45.18 
 
 
308 aa  234  1e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  39.27 
 
 
308 aa  234  2e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  2.34776e-14 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  42.95 
 
 
307 aa  234  2e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.50833e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  44.55 
 
 
308 aa  232  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.87 
 
 
311 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  41.31 
 
 
307 aa  230  3e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  45.15 
 
 
299 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  41.61 
 
 
304 aa  227  2e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  40 
 
 
340 aa  226  3e-58  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  47.14 
 
 
302 aa  222  6e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  44.19 
 
 
314 aa  221  2e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  44.19 
 
 
309 aa  221  2e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  44.19 
 
 
309 aa  221  2e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  51.84 
 
 
308 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  43.85 
 
 
314 aa  219  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  42.91 
 
 
305 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  42.38 
 
 
309 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  43.85 
 
 
309 aa  219  4e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  43.85 
 
 
309 aa  219  4e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  44 
 
 
309 aa  219  4e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  43.85 
 
 
309 aa  219  4e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  51.15 
 
 
308 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  51.15 
 
 
308 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425434 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  43.52 
 
 
309 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  39.39 
 
 
290 aa  216  4e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  47.32 
 
 
304 aa  215  7e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  44.33 
 
 
302 aa  215  9e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  43.52 
 
 
309 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  42.67 
 
 
318 aa  214  1e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  8.86041e-07 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  43.52 
 
 
309 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  43.52 
 
 
309 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  43.52 
 
 
309 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  46.64 
 
 
326 aa  214  2e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  38.69 
 
 
345 aa  214  2e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  43.05 
 
 
308 aa  214  2e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  43.52 
 
 
309 aa  213  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  42.11 
 
 
313 aa  212  7e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  45.21 
 
 
315 aa  211  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  44 
 
 
314 aa  211  9e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  40.92 
 
 
303 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.07 
 
 
304 aa  211  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  45.36 
 
 
299 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.07 
 
 
304 aa  211  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.53 
 
 
303 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  40.53 
 
 
303 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  40.53 
 
 
303 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  38.31 
 
 
306 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  42.52 
 
 
307 aa  205  6e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  44.44 
 
 
302 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  37.54 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  43.27 
 
 
319 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  2.12257e-05  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  37.54 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  43.52 
 
 
304 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  37.54 
 
 
306 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>