55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3430 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 461 aa  915    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  42.39 
 
 		 441 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.41 
 
 		 442 aa  239  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35 
 
 		 423 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.62 
 
 		 462 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.64 
 
 		 486 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.76 
 
 		 463 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.32 
 
 		 480 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  30.99 
 
 		 437 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.95 
 
 		 469 aa  192  8e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.95 
 
 		 474 aa  192  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.21 
 
 		 469 aa  190  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30 
 
 		 480 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.84 
 
 		 485 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  29.02 
 
 		 448 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.11 
 
 		 477 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.64 
 
 		 463 aa  172  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.47 
 
 		 471 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.69 
 
 		 472 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.31 
 
 		 468 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  30.06 
 
 		 443 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.46 
 
 		 453 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.44 
 
 		 465 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.22 
 
 		 453 aa  160  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  31.49 
 
 		 465 aa  156  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.98 
 
 		 453 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  29.34 
 
 		 466 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  30.98 
 
 		 467 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  29.52 
 
 		 491 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  28.64 
 
 		 433 aa  140  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  27.93 
 
 		 467 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.85 
 
 		 440 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.95 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.44 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.43 
 
 		 457 aa  126  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.5 
 
 		 179 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.29 
 
 		 454 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.36 
 
 		 446 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.71 
 
 		 453 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.51 
 
 		 325 aa  54.3  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  38.89 
 
 		 176 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2153  putative solute-binding periplasmic protein of ABC transport  34.33 
 
 		 326 aa  50.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.759422 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.67 
 
 		 315 aa  49.7  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  26.09 
 
 		 320 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.98 
 
 		 330 aa  47.8  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.11 
 
 		 317 aa  47  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.22 
 
 		 317 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.76 
 
 		 316 aa  47  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.68 
 
 		 306 aa  45.1  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.78 
 
 		 315 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0721  alkanesulfonate ABC transporter  35.63 
 
 		 345 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.0488805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.78 
 
 		 315 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  20.93 
 
 		 651 aa  43.9  0.007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  28.12 
 
 		 316 aa  43.1  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  32.1 
 
 		 344 aa  43.1  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>