More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5105 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  94.94 
 
 
377 aa  670  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
381 aa  775  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  74.8 
 
 
402 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  74.8 
 
 
381 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  74.8 
 
 
381 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  77.4 
 
 
380 aa  574  1e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.84 
 
 
380 aa  571  1e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  77.4 
 
 
380 aa  573  1e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.84 
 
 
380 aa  571  1e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.84 
 
 
380 aa  571  1e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  77.12 
 
 
380 aa  572  1e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.84 
 
 
380 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  76.84 
 
 
380 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  76.55 
 
 
380 aa  569  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  76.84 
 
 
380 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  76.84 
 
 
380 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  76.84 
 
 
376 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  76.55 
 
 
391 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  76.55 
 
 
391 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  76.55 
 
 
380 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  75.35 
 
 
380 aa  554  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  75.35 
 
 
372 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  74.58 
 
 
384 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  75.35 
 
 
380 aa  554  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  74.58 
 
 
384 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  75.91 
 
 
378 aa  557  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  75.35 
 
 
380 aa  554  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  74.79 
 
 
384 aa  556  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  75.35 
 
 
380 aa  554  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  75.35 
 
 
380 aa  554  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  73.73 
 
 
384 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  74.29 
 
 
384 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  74.29 
 
 
384 aa  548  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  74.01 
 
 
384 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  70.45 
 
 
386 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  64.07 
 
 
399 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  70.17 
 
 
386 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  68.12 
 
 
369 aa  516  1e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  67.51 
 
 
401 aa  515  1e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  67.23 
 
 
401 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  66.38 
 
 
401 aa  506  1e-142  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  66.48 
 
 
400 aa  506  1e-142  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.33 
 
 
399 aa  500  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  67.99 
 
 
384 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  63.71 
 
 
393 aa  487  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  63.35 
 
 
399 aa  482  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  65.18 
 
 
336 aa  477  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 
399 aa  464  1e-130  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  64.32 
 
 
382 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.63 
 
 
404 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  60.32 
 
 
381 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  57.73 
 
 
460 aa  416  1e-115  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  59.08 
 
 
380 aa  416  1e-115  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 
376 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
376 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  52.82 
 
 
398 aa  388  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  52.04 
 
 
371 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  53.32 
 
 
380 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  50 
 
 
375 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  49.43 
 
 
376 aa  375  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  51.39 
 
 
401 aa  373  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  48.64 
 
 
375 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  50.71 
 
 
377 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  50.71 
 
 
376 aa  371  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  50.99 
 
 
376 aa  371  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  52.15 
 
 
375 aa  368  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  49.46 
 
 
377 aa  360  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  48.86 
 
 
381 aa  360  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  48.86 
 
 
383 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3346  extracellular ligand-binding receptor  51.35 
 
 
380 aa  358  6e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3084  extracellular ligand-binding receptor  48.47 
 
 
386 aa  356  4e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0552294  normal  0.474312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  48.44 
 
 
376 aa  356  5e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  46.58 
 
 
382 aa  355  9e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.42 
 
 
379 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.28 
 
 
379 aa  353  3e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  48.14 
 
 
381 aa  353  3e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.58 
 
 
382 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  48.74 
 
 
381 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  49 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  48.28 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  48.28 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  49 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  48.28 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  49 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  46.74 
 
 
382 aa  350  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  47.28 
 
 
379 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.71 
 
 
379 aa  348  7e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  48.71 
 
 
379 aa  348  7e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  48.71 
 
 
379 aa  348  7e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.71 
 
 
375 aa  348  8e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  47.28 
 
 
379 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  50.57 
 
 
373 aa  347  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  47.56 
 
 
379 aa  346  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.29 
 
 
373 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
373 aa  343  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  45.14 
 
 
383 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  50.42 
 
 
373 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  49.31 
 
 
373 aa  342  9e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  1.14958e-07  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  49.31 
 
 
373 aa  342  9e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  7.56343e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  49.45 
 
 
373 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>