More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2153 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1564  RecJ exonuclease  83.6 
 
 
568 aa  915  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373395  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2134  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  97.7 
 
 
565 aa  1052  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1771  exonuclease RecJ  62.1 
 
 
565 aa  651  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.495895  normal  0.722264 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0487  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.03 
 
 
601 aa  665  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.624528  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1074  exonuclease RecJ  69.49 
 
 
565 aa  785  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0444947  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  58.66 
 
 
566 aa  654  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2026  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  99.82 
 
 
565 aa  1130  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1448  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.81 
 
 
577 aa  950  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1698  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5961  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  97.7 
 
 
565 aa  1060  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.94 
 
 
564 aa  965  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214774  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1470  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.55 
 
 
586 aa  659  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1154  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  96.81 
 
 
565 aa  1073  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1038  exonuclease RecJ  69.72 
 
 
566 aa  799  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1478  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2642  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2588  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3113  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2569  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  83.95 
 
 
568 aa  921  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217652  normal  0.0265746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0958  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.26 
 
 
564 aa  746  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.388256  normal  0.0147257 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2153  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 
565 aa  1130  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5422  RecJ exonuclease  97.52 
 
 
565 aa  1062  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1054  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  69.96 
 
 
564 aa  756  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0497812  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1208  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.89 
 
 
573 aa  645  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2758  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.14 
 
 
574 aa  644  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease protein  70.55 
 
 
565 aa  777  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00151931  normal  0.274168 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2116  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  97.88 
 
 
565 aa  1062  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.457344  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1969  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.81 
 
 
563 aa  687  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00305659  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2205  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  87.59 
 
 
564 aa  962  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  60.14 
 
 
574 aa  629  1e-179  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3234  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.69 
 
 
576 aa  628  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224513  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3702  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.93 
 
 
571 aa  628  1e-178  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.713364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5406  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  58.23 
 
 
572 aa  627  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2400  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.53 
 
 
579 aa  621  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0640  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.1 
 
 
613 aa  620  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3258  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.24 
 
 
580 aa  610  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3183  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.05 
 
 
576 aa  605  1e-172  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620081  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2065  exonuclease RecJ  58.16 
 
 
564 aa  604  1e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1012  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.44 
 
 
600 aa  601  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0694189 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2751  exonuclease RecJ  58.8 
 
 
581 aa  567  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  56.02 
 
 
569 aa  557  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.593595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.2 
 
 
569 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.810057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1082  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.67 
 
 
569 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.67 
 
 
569 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.23 
 
 
569 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.33 
 
 
571 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  54.77 
 
 
571 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  53.42 
 
 
569 aa  550  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.5 
 
 
569 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.15 
 
 
571 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39440  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.02 
 
 
569 aa  546  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.31407  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1819  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.36 
 
 
577 aa  525  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0649366  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.31 
 
 
584 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.79 
 
 
574 aa  517  1e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.61 
 
 
574 aa  518  1e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3890  ssDNA exonuclease RecJ  51.99 
 
 
577 aa  516  1e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.874306  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3641  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.26 
 
 
577 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0922  ssDNA exonuclease RecJ  51.62 
 
 
577 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3447  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.44 
 
 
574 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3522  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.09 
 
 
577 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3849  ssDNA exonuclease RecJ  51.62 
 
 
577 aa  511  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.333614 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0845  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.09 
 
 
577 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.09 
 
 
574 aa  511  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.26 
 
 
574 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4094  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.22 
 
 
584 aa  511  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1189  RecJ exonuclease  52.78 
 
 
574 aa  508  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3302  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.54 
 
 
572 aa  511  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0912686  normal  0.117483 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0881  ssDNA exonuclease RecJ  51.62 
 
 
577 aa  511  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.796775  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.62 
 
 
574 aa  508  1e-142  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.54 
 
 
574 aa  507  1e-142  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0897  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.64 
 
 
574 aa  503  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.09 
 
 
574 aa  504  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.09 
 
 
572 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1213  exonuclease RecJ  49.05 
 
 
581 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2272  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.65 
 
 
577 aa  494  1e-138  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3298  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.27 
 
 
580 aa  494  1e-138  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.746333  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004439  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.11 
 
 
579 aa  492  1e-138  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1569  single-stranded-DNA-specific exonuclease  46.34 
 
 
574 aa  492  1e-138  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160712  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0618  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.34 
 
 
574 aa  493  1e-138  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50 
 
 
576 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1993  ssDNA exonuclease RecJ  47.07 
 
 
584 aa  489  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3760  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.83 
 
 
610 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.671236 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03407  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.37 
 
 
573 aa  489  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3312  ssDNA exonuclease RecJ  48.92 
 
 
577 aa  485  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  49.1 
 
 
577 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02724  ssDNA exonuclease, 5' -> 3'-specific  49.1 
 
 
577 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0329903  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1817  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.79 
 
 
585 aa  488  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.0771206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3051  ssDNA exonuclease RecJ  49.1 
 
 
577 aa  486  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  49.1 
 
 
577 aa  486  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0817  ssDNA exonuclease RecJ  49.19 
 
 
577 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  49.1 
 
 
577 aa  487  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0895  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50 
 
 
574 aa  485  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647081 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1417  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.92 
 
 
579 aa  488  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.1 
 
 
577 aa  488  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.33644e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1474  single-strand DNA-specific exonuclease  46.92 
 
 
573 aa  484  1e-135  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_006369  lpl1567  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.74 
 
 
579 aa  484  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_0749  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.01 
 
 
574 aa  484  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0015193  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_0665  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.1 
 
 
574 aa  484  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0729862  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  48.92 
 
 
577 aa  484  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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