More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1984 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
301 aa  604  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  98.01 
 
 
301 aa  590  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.93 
 
 
295 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.67 
 
 
297 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.08 
 
 
298 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.52 
 
 
292 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.07 
 
 
297 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.66 
 
 
297 aa  305  7e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.93 
 
 
295 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.04 
 
 
298 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.64 
 
 
295 aa  293  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.31 
 
 
300 aa  269  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.83 
 
 
286 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.59 
 
 
287 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.28 
 
 
307 aa  260  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.54 
 
 
291 aa  256  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
291 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.41 
 
 
306 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
287 aa  252  4.0000000000000004e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
291 aa  250  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.04 
 
 
291 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.87 
 
 
283 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  47.42 
 
 
300 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
291 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.17 
 
 
300 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.54 
 
 
291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.62 
 
 
298 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.46 
 
 
297 aa  243  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
306 aa  242  5e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.76 
 
 
294 aa  242  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.39 
 
 
297 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.77 
 
 
288 aa  237  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4077  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.58 
 
 
283 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.362561  normal  0.125461 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  43.31 
 
 
293 aa  237  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.69 
 
 
299 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.67 
 
 
297 aa  235  6e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.14 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
287 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.81 
 
 
304 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.03 
 
 
293 aa  231  9e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.52 
 
 
314 aa  230  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.97 
 
 
310 aa  229  6e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  44.82 
 
 
305 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
299 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.19 
 
 
298 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.09 
 
 
301 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
288 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.14 
 
 
296 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.21 
 
 
296 aa  224  1e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.1 
 
 
283 aa  224  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
285 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.09 
 
 
296 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.46 
 
 
301 aa  223  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
305 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.76 
 
 
281 aa  222  7e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.66 
 
 
312 aa  222  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.98 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.18 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
286 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.98 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
291 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.98 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.98 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2995  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737717  normal  0.385559 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.47 
 
 
298 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.86 
 
 
299 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.31 
 
 
461 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.78 
 
 
291 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.88 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.39 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.81 
 
 
302 aa  216  5e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
302 aa  216  5e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
306 aa  215  7e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.08 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.69 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.85 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.648402  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1987  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3161  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.24 
 
 
294 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.93 
 
 
290 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0926  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
294 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2756  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.181808  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.95 
 
 
302 aa  210  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
320 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
299 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.76 
 
 
306 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
294 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.87 
 
 
294 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
294 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
292 aa  210  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.85 
 
 
305 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
303 aa  209  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48 
 
 
296 aa  209  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>