More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0398 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0398  ribosomal protein L3  100 
 
 		 213 aa  424  1e-118  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  52.58 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  52.11 
 
 		 217 aa  224  7e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  52.11 
 
 		 217 aa  224  8e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  52.11 
 
 		 217 aa  224  8e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  52.11 
 
 		 217 aa  224  8e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  54.11 
 
 		 215 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  51.67 
 
 		 222 aa  223  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  51.9 
 
 		 219 aa  221  6e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  51.4 
 
 		 218 aa  221  7e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  53.37 
 
 		 212 aa  214  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  50.96 
 
 		 216 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  48.11 
 
 		 218 aa  213  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 216 aa  213  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  53.33 
 
 		 218 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  49.27 
 
 		 219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 		 214 aa  211  7.999999999999999e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  50.48 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  47.6 
 
 		 219 aa  209  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 218 aa  209  4e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  52.15 
 
 		 214 aa  208  6e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  47.6 
 
 		 216 aa  207  8e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  46.63 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  49.27 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  46.15 
 
 		 216 aa  205  5e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 216 aa  204  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  48.54 
 
 		 219 aa  204  9e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  49.76 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 		 221 aa  202  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  47.14 
 
 		 216 aa  202  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  48.11 
 
 		 220 aa  202  4e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 217 aa  201  5e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 		 209 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.97 
 
 		 211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  48.06 
 
 		 219 aa  200  9.999999999999999e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  45.89 
 
 		 223 aa  198  3.9999999999999996e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 211 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 211 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  48.04 
 
 		 226 aa  197  7.999999999999999e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 211 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  47.74 
 
 		 206 aa  197  7.999999999999999e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  47.6 
 
 		 214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  47.29 
 
 		 219 aa  195  3e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  45.85 
 
 		 220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  47.83 
 
 		 212 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  44.93 
 
 		 217 aa  195  5.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  45.45 
 
 		 213 aa  195  5.000000000000001e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 		 212 aa  195  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 		 209 aa  194  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  46.8 
 
 		 219 aa  194  7e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  7e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  47.34 
 
 		 212 aa  194  9e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000479422  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  48.78 
 
 		 209 aa  194  9e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  48.56 
 
 		 212 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  47.57 
 
 		 210 aa  193  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  47.09 
 
 		 210 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  47.09 
 
 		 210 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  46.86 
 
 		 214 aa  191  5e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 		 208 aa  191  8e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000158228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  47.85 
 
 		 209 aa  191  9e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 		 214 aa  191  9e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  46.67 
 
 		 210 aa  190  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1854  50S ribosomal protein L3  43.33 
 
 		 217 aa  190  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000292484  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  47.34 
 
 		 212 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  45.89 
 
 		 209 aa  189  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  43.54 
 
 		 216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0337  50S ribosomal protein L3  43.33 
 
 		 217 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000773756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>