251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0007 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  100 
 
 
814 aa  1626  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  99.88 
 
 
807 aa  1612  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  33.63 
 
 
786 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.4 
 
 
794 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  35.32 
 
 
842 aa  378  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  35.24 
 
 
803 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  35.11 
 
 
984 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  35.24 
 
 
766 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  35.24 
 
 
766 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  35.11 
 
 
766 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  34.98 
 
 
766 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  34.98 
 
 
766 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.41 
 
 
748 aa  364  4e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.41 
 
 
816 aa  363  9e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.45 
 
 
785 aa  362  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.9 
 
 
849 aa  355  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  34.31 
 
 
810 aa  348  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  34.19 
 
 
803 aa  348  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  34.19 
 
 
782 aa  347  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  34.19 
 
 
803 aa  347  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  34.06 
 
 
803 aa  346  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  33.5 
 
 
766 aa  342  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.97 
 
 
788 aa  338  2e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.04 
 
 
834 aa  335  1e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.8 
 
 
765 aa  333  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  30.73 
 
 
790 aa  331  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.23 
 
 
808 aa  331  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.69 
 
 
789 aa  330  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.03 
 
 
782 aa  330  6e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  30.6 
 
 
790 aa  329  1e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.41 
 
 
797 aa  327  8e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.41 
 
 
797 aa  326  9e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.09 
 
 
781 aa  326  9e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  31.16 
 
 
754 aa  326  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.41 
 
 
794 aa  322  1e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.57 
 
 
775 aa  317  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  32.44 
 
 
783 aa  302  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  29.99 
 
 
815 aa  301  5e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.99 
 
 
815 aa  300  6e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  29.99 
 
 
815 aa  300  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.18 
 
 
778 aa  281  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.54 
 
 
786 aa  276  1e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  27.66 
 
 
804 aa  263  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  28.24 
 
 
788 aa  262  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.88 
 
 
790 aa  255  2e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.88 
 
 
798 aa  224  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  27.24 
 
 
765 aa  223  1e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  26.19 
 
 
834 aa  201  4e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.65922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.59 
 
 
791 aa  201  6e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.85 
 
 
734 aa  135  2e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.41 
 
 
778 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  25.48 
 
 
914 aa  102  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.53 
 
 
778 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.56 
 
 
884 aa  99  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  4.34399e-10 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  24.72 
 
 
872 aa  98.2  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.44 
 
 
778 aa  97.4  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.6 
 
 
823 aa  97.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  22.87 
 
 
823 aa  92  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  22.87 
 
 
823 aa  92  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.84 
 
 
930 aa  91.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.72 
 
 
886 aa  90.9  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  23.41 
 
 
844 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.36 
 
 
880 aa  89  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  24.39 
 
 
842 aa  87.8  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  23.01 
 
 
842 aa  86.3  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  23.01 
 
 
842 aa  85.9  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.74 
 
 
866 aa  85.9  3e-15  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  23.01 
 
 
842 aa  85.9  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.88 
 
 
841 aa  83.2  2e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.85 
 
 
887 aa  83.2  2e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.94 
 
 
929 aa  83.2  2e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  23.18 
 
 
814 aa  80.5  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.98 
 
 
850 aa  79  3e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  23.68 
 
 
833 aa  75.5  4e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  22.51 
 
 
809 aa  75.5  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  22.51 
 
 
809 aa  75.5  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.64 
 
 
832 aa  75.1  5e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.29 
 
 
890 aa  75.1  5e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  22.51 
 
 
809 aa  74.7  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  22.37 
 
 
809 aa  73.6  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  29.17 
 
 
838 aa  73.6  1e-11  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.38 
 
 
872 aa  73.9  1e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  29.17 
 
 
838 aa  73.6  1e-11  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  27.94 
 
 
939 aa  73.6  1e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  21.76 
 
 
866 aa  73.6  1e-11  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  29.17 
 
 
838 aa  73.6  1e-11  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.17 
 
 
838 aa  73.6  1e-11  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  29.17 
 
 
863 aa  72.8  2e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  29.17 
 
 
838 aa  73.6  2e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.48 
 
 
844 aa  73.6  2e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.27 
 
 
877 aa  72.4  3e-11  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.17 
 
 
838 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  22.22 
 
 
809 aa  72  4e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  27.04 
 
 
913 aa  72  4e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  22.29 
 
 
866 aa  72  4e-11  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  27.04 
 
 
914 aa  72  4e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.17 
 
 
851 aa  72  4e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  21.95 
 
 
866 aa  71.6  6e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  21.79 
 
 
866 aa  70.5  1e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.24 
 
 
866 aa  70.9  1e-10  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>