36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4455 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4455  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 518 aa  1039    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790161  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2077  outer membrane efflux protein  42.09 
 
 		 580 aa  311  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.668276 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.22 
 
 		 450 aa  61.2  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.03 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.03 
 
 		 457 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.81 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.84 
 
 		 519 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  26.88 
 
 		 466 aa  53.5  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.47 
 
 		 450 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.88 
 
 		 466 aa  51.6  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.16 
 
 		 431 aa  51.2  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.46 
 
 		 472 aa  50.8  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  24.88 
 
 		 485 aa  50.8  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.52 
 
 		 512 aa  50.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  23.78 
 
 		 559 aa  50.1  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.17 
 
 		 501 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.34 
 
 		 484 aa  47.8  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0844  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.36 
 
 		 478 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.67 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0805  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.76 
 
 		 478 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.63 
 
 		 480 aa  46.2  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  25.29 
 
 		 456 aa  45.8  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  21.85 
 
 		 524 aa  46.2  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.14 
 
 		 457 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0829  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.53 
 
 		 478 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.461433 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23 
 
 		 445 aa  45.1  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.44 
 
 		 566 aa  45.1  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.42 
 
 		 452 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02837  hypothetical protein  22.11 
 
 		 423 aa  44.7  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  21.88 
 
 		 423 aa  44.3  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.34 
 
 		 464 aa  44.3  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3056  outer membrane efflux protein  22.3 
 
 		 485 aa  43.9  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111107 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1600  OMF family outer membrane efflux protein  24.12 
 
 		 514 aa  43.9  0.008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00101188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2274  outer membrane efflux protein  19.48 
 
 		 459 aa  43.5  0.009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.83 
 
 		 472 aa  43.5  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  20.71 
 
 		 450 aa  43.5  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>