More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2409 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2409  Integrase catalytic region  100 
 
 		 383 aa  789    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3658  Integrase catalytic region  98.17 
 
 		 383 aa  778    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3847  Integrase catalytic region  98.96 
 
 		 383 aa  781    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0541  putative transposase integrase  61.8 
 
 		 379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3643  putative transposase  61.8 
 
 		 379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4261  putative transposase  61.8 
 
 		 379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.234878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4349  putative transposase  61.8 
 
 		 379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.732851  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4350  putative transposase  61.8 
 
 		 379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11320  Integrase, catalytic domain-containing protein  59.21 
 
 		 381 aa  448  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09100  Integrase, catalytic domain-containing protein  59.47 
 
 		 381 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.387294  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33550  transposase  59.47 
 
 		 381 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22320  Integrase, catalytic domain-containing protein  59.47 
 
 		 381 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50600  transposase  59.47 
 
 		 381 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21030  Integrase, catalytic domain-containing protein  59.47 
 
 		 381 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.436118  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15790  Integrase, catalytic domain-containing protein  59.21 
 
 		 381 aa  448  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0129  Integrase catalytic region  54.64 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7250  Integrase catalytic region  54.64 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1525  Integrase catalytic region  54.64 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0339  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1220  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3192  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00354129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1219  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1347  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.519975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1303  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0789864  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1250  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1705  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0433  Integrase catalytic region  48.28 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.705419  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3338  Integrase catalytic region  48.15 
 
 		 380 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858997  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3594  transposase  47.86 
 
 		 377 aa  332  5e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0294035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2890  transposase  47.86 
 
 		 377 aa  332  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0319653  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5697  transposase  47.86 
 
 		 377 aa  332  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308774  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5108  transposase  47.86 
 
 		 377 aa  332  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2923  transposase  47.33 
 
 		 377 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2180  integrase catalytic region  49.16 
 
 		 400 aa  323  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0943007  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0789  transposase  47.67 
 
 		 369 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176196 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4342  Integrase catalytic region  48.94 
 
 		 389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7219  transposase  47.67 
 
 		 369 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4336  Integrase catalytic region  48.68 
 
 		 389 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0872722  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0598  Integrase catalytic region  48.68 
 
 		 389 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.53363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4748  Integrase catalytic region  48.68 
 
 		 389 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4799  Integrase catalytic region  56.84 
 
 		 385 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0336  Integrase catalytic region  56.49 
 
 		 385 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0945a  transposase  43.22 
 
 		 276 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.763205  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0735  integrase catalytic subunit  37.98 
 
 		 391 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0692  Integrase catalytic region  38.12 
 
 		 391 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1761  Integrase catalytic region  37.88 
 
 		 407 aa  199  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4098  Integrase catalytic region  37.89 
 
 		 399 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2320  integrase catalytic subunit  34.96 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.801318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2464  integrase catalytic subunit  34.96 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3160  integrase catalytic subunit  34.96 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2308  integrase catalytic region  34.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3168  integrase catalytic region  34.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0686485  hitchhiker  0.0000277573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1567  integrase catalytic region  34.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210525  normal  0.165207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3288  integrase catalytic subunit  34.96 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.672557  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0954  integrase catalytic region  34.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0886  integrase catalytic region  34.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2452  integrase catalytic region  34.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0837  integrase catalytic subunit  34.96 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.767179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3520  integrase catalytic subunit  35.16 
 
 		 392 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.674245  normal  0.0855075 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2234  Integrase catalytic region  36.03 
 
 		 402 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.715682  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4351  Integrase catalytic region  36.03 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000366675 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2172  Integrase catalytic region  36.03 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0104319  normal  0.0206375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1246  Integrase catalytic region  35.75 
 
 		 402 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0188803  hitchhiker  0.00619914 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0573  integrase catalytic subunit  31.82 
 
 		 597 aa  156  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0458  integrase catalytic subunit  33.23 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1602  Integrase catalytic region  35.62 
 
 		 607 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.090134  normal  0.142555 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1743  integrase catalytic region  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.107573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2414  integrase catalytic region  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.308967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4272  integrase catalytic region  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3925  integrase catalytic region  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0985941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2426  integrase catalytic region  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466035 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4290  integrase catalytic region  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.530909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0795  Integrase catalytic region  31.38 
 
 		 425 aa  119  7.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0622  integrase catalytic subunit  27.37 
 
 		 426 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1731  integrase catalytic subunit  27.37 
 
 		 426 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.742948  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0635  integrase catalytic subunit  27.37 
 
 		 426 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1778  integrase catalytic subunit  27.37 
 
 		 426 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1710  integrase catalytic subunit  27.37 
 
 		 426 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1834  integrase catalytic subunit  28.83 
 
 		 387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0615  integrase catalytic subunit  27.34 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.503293 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1842  integrase catalytic subunit  28.53 
 
 		 387 aa  111  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4908  integrase catalytic subunit  30.31 
 
 		 283 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0344  Integrase catalytic region  31.36 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1028  Integrase catalytic region  31.33 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3817  Integrase catalytic region  31.36 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1082  Integrase catalytic region  31.36 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5378  Integrase catalytic region  31.36 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1055  Integrase catalytic region  31.36 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1167  integrase catalytic subunit  28.11 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  30.79 
 
 		 326 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>