More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3520 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3520  integrase catalytic subunit  100 
 
 
392 aa  810    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.674245  normal  0.0855075 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0735  integrase catalytic subunit  54.22 
 
 
391 aa  428  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2452  integrase catalytic region  54.22 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2308  integrase catalytic region  54.22 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.349393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0954  integrase catalytic region  54.22 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1567  integrase catalytic region  54.22 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210525  normal  0.165207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3168  integrase catalytic region  54.22 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0686485  hitchhiker  0.0000277573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0886  integrase catalytic region  54.22 
 
 
395 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2172  Integrase catalytic region  44.03 
 
 
402 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0104319  normal  0.0206375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2234  Integrase catalytic region  44.03 
 
 
402 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.715682  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4351  Integrase catalytic region  44.03 
 
 
402 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000366675 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1246  Integrase catalytic region  43.77 
 
 
402 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0188803  hitchhiker  0.00619914 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0692  Integrase catalytic region  43.44 
 
 
391 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2464  integrase catalytic subunit  37.01 
 
 
382 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3160  integrase catalytic subunit  37.01 
 
 
382 aa  239  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40278  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2320  integrase catalytic subunit  37.01 
 
 
382 aa  239  9e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.801318  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0837  integrase catalytic subunit  37.01 
 
 
382 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.767179 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3288  integrase catalytic subunit  37.01 
 
 
382 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.672557  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1761  Integrase catalytic region  37.5 
 
 
407 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1414  transposase  55.05 
 
 
218 aa  217  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4098  Integrase catalytic region  36.72 
 
 
399 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1409  integrase, catalytic region  50.93 
 
 
209 aa  195  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4290  integrase catalytic region  32.22 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.530909  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2414  integrase catalytic region  32.22 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.308967  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2426  integrase catalytic region  32.22 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.466035 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3925  integrase catalytic region  32.22 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0985941  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1743  integrase catalytic region  32.22 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.107573  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4272  integrase catalytic region  32.22 
 
 
387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11320  Integrase, catalytic domain-containing protein  34.29 
 
 
381 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09100  Integrase, catalytic domain-containing protein  34.29 
 
 
381 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.387294  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21030  Integrase, catalytic domain-containing protein  34.29 
 
 
381 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.436118  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15790  Integrase, catalytic domain-containing protein  34.29 
 
 
381 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22320  Integrase, catalytic domain-containing protein  34.29 
 
 
381 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50600  transposase  34.29 
 
 
381 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33550  transposase  34.29 
 
 
381 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1525  Integrase catalytic region  34.03 
 
 
391 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0129  Integrase catalytic region  34.03 
 
 
391 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7250  Integrase catalytic region  34.03 
 
 
391 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3847  Integrase catalytic region  35.42 
 
 
383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2409  Integrase catalytic region  35.16 
 
 
383 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3658  Integrase catalytic region  34.9 
 
 
383 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1303  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0789864  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1347  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.519975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1220  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1250  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0339  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1705  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1219  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3192  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00354129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0433  Integrase catalytic region  31.15 
 
 
378 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.705419  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0541  putative transposase integrase  32.11 
 
 
379 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3643  putative transposase  32.11 
 
 
379 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4261  putative transposase  32.11 
 
 
379 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.234878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4349  putative transposase  32.11 
 
 
379 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.732851  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4350  putative transposase  32.11 
 
 
379 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  0.302741 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3338  Integrase catalytic region  28.61 
 
 
380 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858997  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2180  integrase catalytic region  34.35 
 
 
400 aa  159  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0943007  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4342  Integrase catalytic region  29.84 
 
 
389 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4748  Integrase catalytic region  29.84 
 
 
389 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0598  Integrase catalytic region  29.84 
 
 
389 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.53363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4336  Integrase catalytic region  29.84 
 
 
389 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0872722  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3594  transposase  29.33 
 
 
377 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0294035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5108  transposase  29.18 
 
 
377 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341163  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5697  transposase  29.18 
 
 
377 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308774  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2890  transposase  29.18 
 
 
377 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0319653  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4799  Integrase catalytic region  34.49 
 
 
385 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0789  transposase  29.86 
 
 
369 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7219  transposase  29.69 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0336  Integrase catalytic region  34.15 
 
 
385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2923  transposase  28.91 
 
 
377 aa  146  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0945a  transposase  31.78 
 
 
276 aa  128  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.763205  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0573  integrase catalytic subunit  30.74 
 
 
597 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  30 
 
 
326 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  29.64 
 
 
326 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  29.64 
 
 
326 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  29.64 
 
 
326 aa  97.1  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0635  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 
426 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1710  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 
426 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0622  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 
426 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1778  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 
426 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12662  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1731  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 
426 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.742948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>