More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4342 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0598  Integrase catalytic region  99.23 
 
 		 389 aa  795    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.53363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4342  Integrase catalytic region  100 
 
 		 389 aa  801    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4336  Integrase catalytic region  98.97 
 
 		 389 aa  794    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0872722  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4748  Integrase catalytic region  98.97 
 
 		 389 aa  794    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5697  transposase  63.4 
 
 		 377 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308774  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5108  transposase  63.4 
 
 		 377 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2890  transposase  63.4 
 
 		 377 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0319653  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2923  transposase  62.6 
 
 		 377 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3594  transposase  63.13 
 
 		 377 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0294035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7219  transposase  63.04 
 
 		 369 aa  474  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0789  transposase  62.77 
 
 		 369 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176196 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2180  integrase catalytic region  64.39 
 
 		 400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0943007  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1525  Integrase catalytic region  54.1 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7250  Integrase catalytic region  54.1 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0129  Integrase catalytic region  54.1 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162314  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3338  Integrase catalytic region  50.27 
 
 		 380 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858997  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1219  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1705  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1250  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1347  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.519975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3192  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00354129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1303  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0789864  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1220  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0339  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0433  Integrase catalytic region  49.2 
 
 		 378 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.705419  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50600  transposase  49.87 
 
 		 381 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11320  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.87 
 
 		 381 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15790  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.87 
 
 		 381 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33550  transposase  49.87 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09100  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.87 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.387294  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22320  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.87 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0541  putative transposase integrase  49.74 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3643  putative transposase  49.74 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4261  putative transposase  49.74 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.234878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4349  putative transposase  49.74 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.732851  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4350  putative transposase  49.74 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244718  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21030  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.87 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.436118  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3658  Integrase catalytic region  48.94 
 
 		 383 aa  324  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3847  Integrase catalytic region  49.21 
 
 		 383 aa  323  5e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2409  Integrase catalytic region  48.94 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4799  Integrase catalytic region  55.52 
 
 		 385 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0336  Integrase catalytic region  55.16 
 
 		 385 aa  294  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4351  Integrase catalytic region  40.53 
 
 		 402 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000366675 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2172  Integrase catalytic region  40.53 
 
 		 402 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0104319  normal  0.0206375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2234  Integrase catalytic region  40.53 
 
 		 402 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.715682  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1246  Integrase catalytic region  40.53 
 
 		 402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0188803  hitchhiker  0.00619914 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0945a  transposase  42.44 
 
 		 276 aa  225  9e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.763205  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1761  Integrase catalytic region  38.18 
 
 		 407 aa  215  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4098  Integrase catalytic region  37.94 
 
 		 399 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0692  Integrase catalytic region  33.6 
 
 		 391 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0735  integrase catalytic subunit  33.42 
 
 		 391 aa  183  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1567  integrase catalytic region  33.44 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210525  normal  0.165207 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2308  integrase catalytic region  33.44 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3168  integrase catalytic region  33.44 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0686485  hitchhiker  0.0000277573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0954  integrase catalytic region  33.44 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0886  integrase catalytic region  33.44 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2452  integrase catalytic region  33.44 
 
 		 395 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2464  integrase catalytic subunit  32.51 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3160  integrase catalytic subunit  32.51 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2320  integrase catalytic subunit  32.51 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.801318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0837  integrase catalytic subunit  32.51 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.767179 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3288  integrase catalytic subunit  32.51 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.672557  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3520  integrase catalytic subunit  29.84 
 
 		 392 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.674245  normal  0.0855075 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2414  integrase catalytic region  33.86 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.308967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1743  integrase catalytic region  33.86 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.107573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3925  integrase catalytic region  33.86 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0985941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2426  integrase catalytic region  33.86 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466035 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4272  integrase catalytic region  33.86 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4290  integrase catalytic region  33.86 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.530909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0573  integrase catalytic subunit  31.54 
 
 		 597 aa  143  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1602  Integrase catalytic region  35.24 
 
 		 607 aa  137  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.090134  normal  0.142555 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0458  integrase catalytic subunit  32.77 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0795  Integrase catalytic region  32.5 
 
 		 425 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1710  integrase catalytic subunit  31.02 
 
 		 426 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0622  integrase catalytic subunit  31.02 
 
 		 426 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1731  integrase catalytic subunit  31.02 
 
 		 426 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.742948  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0635  integrase catalytic subunit  31.02 
 
 		 426 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1778  integrase catalytic subunit  31.02 
 
 		 426 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.12662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0615  integrase catalytic subunit  30.83 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.503293 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1834  integrase catalytic subunit  31.29 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1842  integrase catalytic subunit  31.29 
 
 		 387 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28440  integrase family protein  30 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04580  integrase family protein  30 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0886  Integrase catalytic region  27.91 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2282  Integrase catalytic region  27.91 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0155582  normal  0.016893 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2281  Integrase catalytic region  27.91 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00884942  normal  0.0771332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2662  Integrase catalytic region  27.91 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197853  normal  0.0870551 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  26.97 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>