More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1386 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1386  hydrogenase expression/formation protein HypE  100 
 
 		 335 aa  650    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.460156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1669  hydrogenase expression/formation protein HypE  68.17 
 
 		 334 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1277  hydrogenase expression/formation protein HypE  63.94 
 
 		 332 aa  398  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0171  hydrogenase expression/formation protein  63.86 
 
 		 346 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0329  hydrogenase expression/formation protein HypE  65.48 
 
 		 338 aa  352  5e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00353  Hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 350 aa  335  5.999999999999999e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1676  hydrogenase expression/formation protein HypE  63.38 
 
 		 283 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.831049  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2486  hydrogenase expression/formation protein HypE  60.76 
 
 		 334 aa  330  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.390195 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1642  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.11 
 
 		 338 aa  290  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3633  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.85 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08030  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.35 
 
 		 355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03920  hydrogenase expression/formation protein HypE  41.09 
 
 		 334 aa  281  9e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1782  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.28 
 
 		 347 aa  278  1e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075887  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2740  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.13 
 
 		 349 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2484  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.35 
 
 		 370 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1170  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.15 
 
 		 348 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0725  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.08 
 
 		 347 aa  270  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7251  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.08 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.669348  normal  0.687973 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1243  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.92 
 
 		 345 aa  267  2e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2011  hydrogenase maturation  43.95 
 
 		 346 aa  266  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0538  putative hydrogenase expression/formation protein HypE  44.16 
 
 		 348 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0140  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.48 
 
 		 333 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00214828  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1217  hydrogenase maturation factor  44.35 
 
 		 335 aa  265  7e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.578228  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2536  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.31 
 
 		 352 aa  264  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0473  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.64 
 
 		 366 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  0.610083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1540  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.31 
 
 		 349 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000883886  normal  0.111823 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2014  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.79 
 
 		 350 aa  264  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4606  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.24 
 
 		 367 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3879  hydrogenase expression/formation protein HypE  41.54 
 
 		 367 aa  262  6e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.18841  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4100  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.48 
 
 		 354 aa  262  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00490  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.31 
 
 		 341 aa  262  6.999999999999999e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1435  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.88 
 
 		 335 aa  261  8e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00442446  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1178  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.25 
 
 		 348 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.668048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1640  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.77 
 
 		 345 aa  261  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4587  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.83 
 
 		 437 aa  261  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2048  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.31 
 
 		 347 aa  259  3e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3965  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.64 
 
 		 330 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2176  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.03 
 
 		 338 aa  258  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.239453 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2006  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.65 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00620  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.64 
 
 		 340 aa  257  2e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00293327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3758  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.24 
 
 		 348 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4015  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.07 
 
 		 336 aa  256  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.734576  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2855  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.86 
 
 		 336 aa  256  5e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.431476 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2596  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.76 
 
 		 351 aa  255  6e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.547599  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1454  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.2 
 
 		 347 aa  255  7e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.631935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0363  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.24 
 
 		 340 aa  255  7e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3018  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.56 
 
 		 336 aa  255  9e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0959  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.86 
 
 		 336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50440  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.16 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.081583  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2867  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.86 
 
 		 336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0982  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.86 
 
 		 336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.377533 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4556  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.32 
 
 		 344 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3203  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.34 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0465  hydrogenase expression/formation protein HypE  39.53 
 
 		 337 aa  253  3e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.512312  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1761  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.31 
 
 		 345 aa  253  3e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3234  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.39 
 
 		 372 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3982  hydrogenase expression/formation protein HypE  41.67 
 
 		 336 aa  252  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3877  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.11 
 
 		 344 aa  252  6e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3013  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.3 
 
 		 325 aa  252  7e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3824  Hydrogenase maturation factor-like protein  46.71 
 
 		 446 aa  252  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.478029  normal  0.0729982 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2161  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.37 
 
 		 340 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal  0.073432 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0510  hydrogenase expression/formation protein HypE  45 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0305  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.04 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2277  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.03 
 
 		 341 aa  250  3e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1741  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.6 
 
 		 325 aa  250  3e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2656  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.49 
 
 		 341 aa  250  3e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3147  hydrogenase expression/formation protein HypE  41.67 
 
 		 336 aa  249  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3320  hydrogenase expression/formation protein HypE  40.47 
 
 		 348 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2797  hydrogenase expression/formation protein HypE  40.47 
 
 		 348 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.990811  normal  0.141163 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1164  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.15 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3074  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.36 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000468886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2449  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.77 
 
 		 351 aa  247  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.027326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0475  hydrogenase maturation  43.92 
 
 		 356 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1899  hydrogenase expression/formation protein HypE  40.95 
 
 		 338 aa  246  4e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371927 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0116  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.3 
 
 		 349 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.197928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1420  hydrogenase expression/formation protein HypE  40.72 
 
 		 342 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0556  hydrogenase expression/formation protein HypE  40.96 
 
 		 344 aa  245  6e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2024  hydrogenase expression/formation protein HypE  38.64 
 
 		 338 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2439  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.9 
 
 		 337 aa  245  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0090  hydrogenase expression/formation protein HypE  37.58 
 
 		 333 aa  245  8e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2187  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.13 
 
 		 354 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  normal  0.295855 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1281  hydrogenase expression/formation protein HypE  44.44 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2811  hydrogenase expression/formation protein hypE  42.35 
 
 		 351 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.116639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3361  hypothetical protein  44.91 
 
 		 340 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2391  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.9 
 
 		 352 aa  243  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3902  hydrogenase expression/formation protein HypE  37.17 
 
 		 336 aa  243  5e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1756  hydrogenase expression/formation protein HypE  39.88 
 
 		 336 aa  242  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3112  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.77 
 
 		 351 aa  242  6e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1093  hydrogenase expression/formation protein HypE  38.48 
 
 		 333 aa  242  7.999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1210  hydrogenase expression/formation protein HypE  39.22 
 
 		 336 aa  242  7.999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0706315 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2524  hydrogenase expression/formation protein HypE  41.54 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.021804  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0800  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.94 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.835937  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02580  carbamoyl phosphate phosphatase, hydrogenase 3 maturation protein  42.28 
 
 		 322 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02545  hypothetical protein  42.28 
 
 		 322 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3063  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.26 
 
 		 336 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0621596 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3011  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.26 
 
 		 336 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3047  hydrogenase expression/formation protein HypE  42.26 
 
 		 336 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.552535  hitchhiker  0.00562137 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1670  hydrogenase expression/formation protein HypE  43.11 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3686  hydrogenase expression/formation protein HypE  39.94 
 
 		 348 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0797  hydrogenase expression/formation protein HypE  40.06 
 
 		 368 aa  239  4e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.10297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>