More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1178 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1178  hydrogenase expression/formation protein HypE  100 
 
 		 348 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.668048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1170  hydrogenase expression/formation protein HypE  89.94 
 
 		 348 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3758  hydrogenase expression/formation protein HypE  79.6 
 
 		 348 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2011  hydrogenase maturation  79.53 
 
 		 346 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2740  hydrogenase expression/formation protein HypE  76.52 
 
 		 349 aa  537  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1540  hydrogenase expression/formation protein HypE  70.97 
 
 		 349 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000883886  normal  0.111823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2449  hydrogenase expression/formation protein HypE  69.1 
 
 		 351 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.027326 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2811  hydrogenase expression/formation protein hypE  70.76 
 
 		 351 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.116639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50440  hydrogenase expression/formation protein HypE  69.12 
 
 		 341 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.081583  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2536  hydrogenase expression/formation protein HypE  65.88 
 
 		 352 aa  467  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2014  hydrogenase expression/formation protein HypE  68.04 
 
 		 350 aa  463  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2391  hydrogenase expression/formation protein HypE  65.88 
 
 		 352 aa  455  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1281  hydrogenase expression/formation protein HypE  72.54 
 
 		 370 aa  456  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1959  hydrogenase expression/formation protein HypE  69.57 
 
 		 354 aa  457  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4100  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.57 
 
 		 354 aa  443  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3965  hydrogenase expression/formation protein HypE  65.26 
 
 		 330 aa  430  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7251  hydrogenase expression/formation protein HypE  62.76 
 
 		 348 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.669348  normal  0.687973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3926  hydrogenase expression/formation protein HypE  64.83 
 
 		 353 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.224134  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4015  hydrogenase expression/formation protein HypE  59.64 
 
 		 336 aa  390  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.734576  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0305  hydrogenase expression/formation protein HypE  60 
 
 		 341 aa  380  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4606  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.42 
 
 		 367 aa  374  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3879  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.57 
 
 		 367 aa  363  2e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.18841  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0538  putative hydrogenase expression/formation protein HypE  54.39 
 
 		 348 aa  363  3e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0797  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.14 
 
 		 368 aa  362  4e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.10297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1243  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.14 
 
 		 345 aa  360  2e-98  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0556  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.52 
 
 		 344 aa  360  3e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0140  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.65 
 
 		 333 aa  358  9e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00214828  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1210  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.52 
 
 		 336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0706315 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1782  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.41 
 
 		 347 aa  350  3e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075887  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00620  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.73 
 
 		 340 aa  348  6e-95  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00293327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1761  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.12 
 
 		 345 aa  347  2e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1435  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.85 
 
 		 335 aa  346  3e-94  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00442446  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0725  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.92 
 
 		 347 aa  346  3e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0465  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.7 
 
 		 337 aa  345  4e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.512312  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1640  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.25 
 
 		 345 aa  345  5e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2484  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.16 
 
 		 370 aa  344  1e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0475  hydrogenase maturation  54.84 
 
 		 356 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254195 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1164  hydrogenase expression/formation protein HypE  55.43 
 
 		 352 aa  343  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0473  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.29 
 
 		 366 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  0.610083 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1217  hydrogenase maturation factor  51.95 
 
 		 335 aa  343  2e-93  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.578228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2187  hydrogenase expression/formation protein HypE  55.59 
 
 		 354 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  normal  0.295855 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3633  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.35 
 
 		 330 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0363  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.84 
 
 		 340 aa  335  5e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3824  Hydrogenase maturation factor-like protein  55.09 
 
 		 446 aa  335  7e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.478029  normal  0.0729982 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1077  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.82 
 
 		 336 aa  335  7e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.26154  normal  0.1511 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3795  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.64 
 
 		 352 aa  335  7e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.717086  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0480  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.31 
 
 		 349 aa  334  1e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.367213  normal  0.144611 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2777  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.55 
 
 		 337 aa  334  1e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2048  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.23 
 
 		 347 aa  333  2e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0510  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.49 
 
 		 340 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1454  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.74 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.631935  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3234  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.33 
 
 		 372 aa  332  6e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0975  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.24 
 
 		 352 aa  332  7.000000000000001e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.905159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2277  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.87 
 
 		 341 aa  332  8e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3074  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.9 
 
 		 340 aa  331  9e-90  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000468886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2161  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.2 
 
 		 340 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal  0.073432 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3112  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.18 
 
 		 351 aa  330  3e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00490  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.88 
 
 		 341 aa  327  1.0000000000000001e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08030  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.65 
 
 		 355 aa  327  2.0000000000000001e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3750  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.71 
 
 		 355 aa  327  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3361  hypothetical protein  54.07 
 
 		 340 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0116  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.03 
 
 		 349 aa  326  4.0000000000000003e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.197928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2949  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.64 
 
 		 336 aa  326  4.0000000000000003e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.48771  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4556  hydrogenase expression/formation protein HypE  55.19 
 
 		 344 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03920  hydrogenase expression/formation protein HypE  45.18 
 
 		 334 aa  325  1e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2596  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.29 
 
 		 351 aa  324  1e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.547599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0309  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.12 
 
 		 337 aa  323  3e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3400  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.6 
 
 		 362 aa  323  3e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1133  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.82 
 
 		 336 aa  323  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2006  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.91 
 
 		 335 aa  322  5e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3686  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.26 
 
 		 348 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3129  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.12 
 
 		 336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2656  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.38 
 
 		 341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1953  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.73 
 
 		 336 aa  317  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4587  hydrogenase expression/formation protein HypE  58.45 
 
 		 437 aa  315  7e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2120  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.66 
 
 		 355 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0569732  normal  0.0990172 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2133  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.66 
 
 		 355 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.871781  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2179  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.66 
 
 		 355 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.486425 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3443  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.82 
 
 		 349 aa  313  1.9999999999999998e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.233193  normal  0.767401 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0800  hydrogenase expression/formation protein HypE  52.73 
 
 		 334 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.835937  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1642  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 338 aa  311  1e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2404  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.29 
 
 		 359 aa  311  1e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0834953 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2176  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.22 
 
 		 338 aa  309  4e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.239453 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2439  hydrogenase expression/formation protein HypE  47.94 
 
 		 337 aa  309  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2524  hydrogenase expression/formation protein HypE  48.66 
 
 		 342 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.021804  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3982  hydrogenase expression/formation protein HypE  51.41 
 
 		 373 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3320  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.87 
 
 		 348 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2797  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.87 
 
 		 348 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.990811  normal  0.141163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3877  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.26 
 
 		 344 aa  305  5.0000000000000004e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1704  hydrogenase expression/formation protein HypE  50.6 
 
 		 350 aa  305  6e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.337224 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3211  hydrogenase expression/formation protein HypE  53.51 
 
 		 349 aa  305  7e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2362  hydrogenase expression/formation protein HypE  54.37 
 
 		 356 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.504762  normal  0.0693111 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0864  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.71 
 
 		 352 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3147  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.15 
 
 		 336 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0716  hydrogenase expression/formation protein HypE  49.71 
 
 		 352 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2855  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.45 
 
 		 336 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.431476 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1420  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.88 
 
 		 342 aa  300  3e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3018  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.15 
 
 		 336 aa  298  7e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0982  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.15 
 
 		 336 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.377533 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0959  hydrogenase expression/formation protein HypE  46.15 
 
 		 336 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>