More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0560 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0560  putative additional subunit of nitric oxide reductase (Nor) complex, membrane protein  100 
 
 		 197 aa  395  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0830367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3192  putative additional subunit of nitric oxide reductase (Nor) complex, membrane protein  57.64 
 
 		 201 aa  218  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2600  cytochrome c oxidase subunit III  58.42 
 
 		 204 aa  185  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2320  cytochrome c oxidase subunit III family protein  45.98 
 
 		 174 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0210247  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1918  cytochrome c oxidase subunit III family protein  43.92 
 
 		 204 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0819  cytochrome c oxidase, subunit III  41.24 
 
 		 203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0272  cytochrome c oxidase subunit III family protein  39.79 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1977  cytochrome c oxidase, subunit III  38.42 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.888389  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4575  cytochrome c oxidase, subunit III  38.69 
 
 		 200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.383719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0622  putative cytochrome c oxidase subunit  45.9 
 
 		 190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.524381  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2086  NorE protein involved in nitric oxide reduction  41.97 
 
 		 192 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3118  cytochrome c oxidase, subunit III  47.8 
 
 		 191 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4156  cytochrome c oxidase subunit III family protein  34.9 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.487941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06790  putative cytochrome c oxidase subunit  44.57 
 
 		 175 aa  121  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1250  cytochrome c oxidase, subunit III  40 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.287461  hitchhiker  0.0000975001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0445  putative denitrification protein NorE  33.33 
 
 		 199 aa  119  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000224014  normal  0.5524 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1968  cytochrome c oxidase, subunit III  36.6 
 
 		 212 aa  118  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3187  nitric oxide reductase E protein  38.17 
 
 		 184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1788  cytochrome c oxidase subunit III  33.5 
 
 		 208 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2116  cytochrome c oxidase, subunit III  46.7 
 
 		 198 aa  115  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.479128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1065  putative denitrification protein NorE  32.14 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0853  cytochrome c oxidase subunit III  32.14 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0805  cytochrome c oxidase, subunit III  32.14 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0857  cytochrome c oxidase subunit III  32.14 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1900  Cytochrome-c oxidase  34.74 
 
 		 208 aa  112  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.910491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2704  cytochrome c oxidase subunit III  35.64 
 
 		 224 aa  112  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1639  cytochrome c oxidase subunit III  35 
 
 		 202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1813  cytochrome c oxidase, subunit III  36.9 
 
 		 194 aa  111  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3795  cytochrome c oxidase, subunit III  34.76 
 
 		 198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478856  normal  0.908261 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0407  cytochrome c oxidase, subunit III  36.98 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4757  cytochrome c oxidase, subunit III  37.23 
 
 		 193 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0954288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3864  cytochrome c oxidase, subunit III  34.04 
 
 		 198 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00290565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3791  cytochrome c oxidase, subunit III  34.04 
 
 		 198 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0359951  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4376  cytochrome c oxidase, subunit III  37.23 
 
 		 193 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265005  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4463  cytochrome c oxidase, subunit III  37.23 
 
 		 193 aa  109  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.327335  normal  0.0356516 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2224  putative denitrification protein NorE  32.78 
 
 		 202 aa  108  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0077  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  35 
 
 		 209 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0129097  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1541  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  35 
 
 		 209 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1163  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  34.44 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.322361  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2238  cytochrome c oxidase, subunit III family protein  34.44 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.394617  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1513  cytochrome c oxidase subunit III  40.98 
 
 		 184 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0911  cytochrome c oxidase, subunit III  34.44 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0231  cytochrome c oxidase subunit III  33.5 
 
 		 226 aa  106  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38618  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1540  cytochrome c oxidase subunit III  37.82 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1970  putative denitrification protein NorE  31.66 
 
 		 201 aa  103  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0998  cytochrome c oxidase, subunit III  33.89 
 
 		 209 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0850  cytochrome c oxidase subunit III  33.51 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4932  cytochrome c oxidase, subunit III  35.57 
 
 		 193 aa  102  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.318049  normal  0.0324373 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0044  cytochrome c oxidase subunit III  30.1 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0220  cytochrome c oxidase, subunit III  36.55 
 
 		 200 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1586  cytochrome c oxidase subunit III  30.15 
 
 		 234 aa  95.1  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3679  hypothetical protein  35.39 
 
 		 202 aa  94.7  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.668184 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3105  cytochrome c oxidase subunit I  33.33 
 
 		 819 aa  92.4  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1346  cytochrome c oxidase, subunit III  33.82 
 
 		 209 aa  91.7  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0703851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1678  cytochrome c oxidase subunit III  30.05 
 
 		 234 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1602  cytochrome c oxidase subunit III  29.56 
 
 		 234 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0896497  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1824  cytochrome c oxidase, subunit III  34.02 
 
 		 199 aa  90.5  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.240701  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2273  cytochrome c oxidase, subunit III  29.06 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.545672  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0043  cytochrome c oxidase subunit III  34.18 
 
 		 199 aa  89  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000712999 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  29.9 
 
 		 211 aa  89  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2480  cytochrome c oxidase, subunit III  39.66 
 
 		 178 aa  88.2  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2421  cytochrome c oxidase subunit III  25.88 
 
 		 262 aa  87  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0162196  normal  0.448728 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00990  Cytochrome C Oxidase, Subunit III  34.09 
 
 		 296 aa  86.7  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  32 
 
 		 195 aa  87  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.204507 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0786  cytochrome c oxidase subunit I  33.51 
 
 		 832 aa  87  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0454101  normal  0.689784 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0448  cytochrome c oxidase subunit III  31.66 
 
 		 197 aa  85.5  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0588906 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  32.09 
 
 		 207 aa  85.1  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0106  cytochrome c oxidase subunit III  32.26 
 
 		 208 aa  84.7  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0065  cytochrome c oxidase, subunit III  35.61 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1520  cytochrome c oxidase subunit III  27.54 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.34828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0183  cytochrome c oxidase subunit III  39.13 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0145  cytochrome c oxidase, subunit III  34.09 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  31.4 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4384  cytochrome c oxidase subunit III  34.01 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0440  cytochrome c oxidase subunit III  29.59 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2639  cytochrome c oxidase  28.28 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4437  cytochrome c oxidase, subunit III  28.95 
 
 		 209 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.424494  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6884  cytochrome c oxidase subunit III  29.35 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0250  cytochrome c oxidase, subunit III  34.57 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.256401  normal  0.022866 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1036  cytochrome c oxidase subunit III  30.73 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0806413 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0535  cytochrome c oxidase subunit III  32.5 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.177568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01320  cytochrome c oxidase, subunit III  38.41 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0122  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4609  cytochrome c oxidase subunit III  34.85 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5815  cytochrome c oxidase subunit III  28.26 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186525  hitchhiker  0.0033512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0120  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532779  normal  0.0155575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0106  cytochrome c oxidase, subunit III  33.33 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753759  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0195  cytochrome c oxidase, subunit III  35.88 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0305  cytochrome c oxidase subunit III  34.39 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.418473  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3956  cytochrome c oxidase subunit III  29.41 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3520  cytochrome c oxidase, subunit III  34.85 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3794  cytochrome c oxidase, subunit III  34.09 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3867  cytochrome c oxidase, subunit III  34.09 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3521  cytochrome aa3 quinol oxidase, subunit III  28.93 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4183  cytochrome c oxidase subunit III  34.85 
 
 		 291 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3575  cytochrome c oxidase  33.14 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4314  cytochrome c oxidase subunit III  34.85 
 
 		 291 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3658  cytochrome c oxidase subunit III  31.76 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0314  cytochrome c oxidase subunit III  34.09 
 
 		 291 aa  78.2  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0965369 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0826  cytochrome c oxidase subunit III  35.12 
 
 		 215 aa  77.8  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.648896  normal  0.196045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>