More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1900 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1900  beta-lactamase  100 
 
 		 297 aa  603  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2001  beta-lactamase  57.41 
 
 		 274 aa  318  9e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2834  beta-lactamase  39.58 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4495  Beta-lactamase  40.75 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1378  beta-lactamase  35.29 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.389159  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3061  beta-lactamase  33.98 
 
 		 351 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.502148  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5013  alkaline D-peptidase  29.14 
 
 		 374 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394865  normal  0.0638413 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  29.02 
 
 		 388 aa  99.4  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  29.02 
 
 		 388 aa  99.4  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2440  alkaline D-peptidase (D-stereospecific peptide hydrolase)  29.02 
 
 		 388 aa  99.4  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00540718  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2677  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.02 
 
 		 388 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000522854 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.02 
 
 		 388 aa  99  9e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  31.25 
 
 		 428 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3468  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.68 
 
 		 415 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560934  normal  0.0158413 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  26.95 
 
 		 388 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  26.95 
 
 		 389 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  26.95 
 
 		 388 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.56 
 
 		 388 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0727  alkaline D-peptidase  30.31 
 
 		 429 aa  93.6  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1094  beta-lactamase  29.72 
 
 		 349 aa  92.8  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  26.56 
 
 		 388 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  27.45 
 
 		 407 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3147  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  27.45 
 
 		 407 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.86 
 
 		 378 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  26.17 
 
 		 388 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  26.17 
 
 		 388 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  25.78 
 
 		 388 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2296  alkaline D-peptidase  26.74 
 
 		 385 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100431 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  26.74 
 
 		 375 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.95 
 
 		 389 aa  87.4  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  26.17 
 
 		 388 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  27.13 
 
 		 385 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  27.13 
 
 		 385 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  25.39 
 
 		 388 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4765  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  27.59 
 
 		 514 aa  87  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.263187 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2860  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  26.74 
 
 		 385 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28769  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  26.88 
 
 		 385 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2312  beta-lactamase  25.9 
 
 		 406 aa  86.3  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  26.85 
 
 		 389 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1072  Beta-lactamase  23.89 
 
 		 412 aa  85.5  9e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5306  beta-lactamase  25.81 
 
 		 411 aa  85.5  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  27.95 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  24.72 
 
 		 720 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.95 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041515 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3984  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.39 
 
 		 390 aa  83.2  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  26.36 
 
 		 443 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0570  alkaline D-peptidase  28.06 
 
 		 370 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2043  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.67 
 
 		 421 aa  82.8  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3210  beta-lactamase  28.44 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.767379  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1969  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.02 
 
 		 414 aa  81.6  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.980127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.33 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3175  beta-lactamase  27.13 
 
 		 351 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0119788  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3294  penicillin-binding protein  28.44 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678008  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3208  beta-lactamase  28.44 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0230735  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3554  penicillin-binding protein  28.44 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3511  putative penicillin-binding protein  28.44 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4727  beta-lactamase  27.41 
 
 		 366 aa  79  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3264  beta-lactamase  27.49 
 
 		 377 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.664291  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1750  beta-lactamase  26.54 
 
 		 375 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.339251  normal  0.99151 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  28.33 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2416  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.27 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758876  normal  0.129808 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3498  beta-lactamase  26.54 
 
 		 375 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3391  beta-lactamase  24.55 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0275  beta-lactamase  28.96 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.35061  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1119  hypothetical protein  22.26 
 
 		 371 aa  77.4  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1123  hypothetical protein  21.92 
 
 		 371 aa  77.4  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3352  beta-lactamase  27.93 
 
 		 416 aa  77  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.237036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1923  beta-lactamase  29.17 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0624  beta-lactamase  29.92 
 
 		 370 aa  75.9  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.540607  normal  0.110236 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1771  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.45 
 
 		 380 aa  75.9  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.1791 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2896  alkaline D-peptidase  26.09 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.243898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2105  beta-lactamase  22.71 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2400  penicillin-binding protein  22.1 
 
 		 481 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.443561  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2778  beta-lactamase  27.11 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.701087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2575  penicillin-binding protein  22.1 
 
 		 481 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  27.6 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0435  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  24.88 
 
 		 342 aa  73.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6210  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  28.33 
 
 		 391 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal  0.402021 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2587  putative penicillin-binding protein  21.74 
 
 		 463 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35213e-17 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2629  putative penicillin-binding protein  21.74 
 
 		 490 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0110315  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3339  beta-lactamase  27.98 
 
 		 381 aa  73.2  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1013  beta-lactamase  30.69 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3507  penicillin-binding protein, putative  27.49 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3518  putative penicillin-binding protein  27.49 
 
 		 377 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2353  penicillin-binding protein  21.74 
 
 		 481 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000218323  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2316  penicillin-binding protein  21.74 
 
 		 481 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181197  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  29.71 
 
 		 566 aa  72.8  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5771  beta-lactamase  28.28 
 
 		 711 aa  72.4  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.636545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10400  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  24.8 
 
 		 421 aa  72  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23940  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  30.34 
 
 		 378 aa  72  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0755223  normal  0.0888544 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0831  beta-lactamase  25.38 
 
 		 422 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.146809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4833  beta-lactamase  28.74 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  27.52 
 
 		 449 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4919  beta-lactamase  28.29 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.318437  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4308  beta-lactamase  36.3 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0244726  normal  0.721784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  30.53 
 
 		 578 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  24.75 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0335  hypothetical protein  31.79 
 
 		 533 aa  70.5  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2579  penicillin-binding protein, putative  21.38 
 
 		 483 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0220569  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4038  beta-lactamase  33.33 
 
 		 374 aa  69.7  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>