More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1210 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1210  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 256 aa  523  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1548  30S ribosomal protein S2  88.98 
 
 		 259 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.403357 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  82.73 
 
 		 253 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  82.73 
 
 		 251 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  82.73 
 
 		 274 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  83.74 
 
 		 276 aa  431  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3726  30S ribosomal protein S2  83.81 
 
 		 261 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_004310  BR1162  30S ribosomal protein S2  69.14 
 
 		 256 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.278359  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2029  30S ribosomal protein S2  68.75 
 
 		 256 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1119  30S ribosomal protein S2  68.5 
 
 		 254 aa  382  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1131  30S ribosomal protein S2  68.36 
 
 		 255 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.439275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0583  30S ribosomal protein S2  68.77 
 
 		 271 aa  379  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0651099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1776  30S ribosomal protein S2  65.88 
 
 		 255 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  68.83 
 
 		 349 aa  371  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1583  30S ribosomal protein S2  65.49 
 
 		 255 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  67.6 
 
 		 355 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  69.64 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1381  30S ribosomal protein S2  64.45 
 
 		 267 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  68.42 
 
 		 349 aa  363  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3196  ribosomal protein S2  65.61 
 
 		 253 aa  362  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  67.9 
 
 		 355 aa  360  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  67.9 
 
 		 355 aa  360  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9516  30S ribosomal protein S2  65.84 
 
 		 307 aa  358  6e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2528  30S ribosomal protein S2  65.7 
 
 		 248 aa  357  8e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  65.73 
 
 		 330 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  65.2 
 
 		 332 aa  355  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  65.73 
 
 		 332 aa  355  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3347  30S ribosomal protein S2  68.7 
 
 		 260 aa  353  1e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.259933  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  66.13 
 
 		 334 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1380  30S ribosomal protein S2  67.74 
 
 		 288 aa  351  5.9999999999999994e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.272546  normal  0.0375782 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  67.34 
 
 		 354 aa  350  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  64.84 
 
 		 331 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2805  30S ribosomal protein S2  63.49 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  64.29 
 
 		 349 aa  347  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  63.92 
 
 		 334 aa  344  8e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1694  30S ribosomal protein S2  63.64 
 
 		 256 aa  343  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.559566  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  63.67 
 
 		 331 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1586  30S ribosomal protein S2  62.75 
 
 		 262 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.551794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  63.78 
 
 		 331 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1960  30S ribosomal protein S2  62.2 
 
 		 277 aa  333  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0460  30S ribosomal protein S2  61.2 
 
 		 250 aa  330  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1369  30S ribosomal protein S2  63.03 
 
 		 251 aa  321  8e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512665  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  58.93 
 
 		 242 aa  295  6e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  59.32 
 
 		 242 aa  289  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  59.32 
 
 		 242 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  59.32 
 
 		 242 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  59.32 
 
 		 242 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  59.32 
 
 		 242 aa  287  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  59.32 
 
 		 242 aa  287  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0517  30S ribosomal protein S2  52.65 
 
 		 291 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  57.63 
 
 		 242 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  58.15 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  58.47 
 
 		 242 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  58.15 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  58.15 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  58.47 
 
 		 242 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  58.15 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  58.15 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  58.47 
 
 		 242 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  58.47 
 
 		 242 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0514  30S ribosomal protein S2  52.65 
 
 		 288 aa  285  5e-76  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  58.67 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  57.2 
 
 		 242 aa  284  8e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  60.18 
 
 		 343 aa  284  8e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  57.5 
 
 		 242 aa  284  9e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  60.18 
 
 		 314 aa  284  9e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  62.56 
 
 		 258 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2885  30S ribosomal protein S2  57.63 
 
 		 242 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000206646  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  58.67 
 
 		 241 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  58.67 
 
 		 241 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  57.78 
 
 		 241 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1270  30S ribosomal protein S2  58.05 
 
 		 242 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00260886  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  60.27 
 
 		 301 aa  281  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  57.63 
 
 		 253 aa  281  8.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  56.83 
 
 		 241 aa  281  9e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  56.83 
 
 		 241 aa  281  9e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  56.83 
 
 		 241 aa  281  9e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0295  30S ribosomal protein S2  59.73 
 
 		 315 aa  280  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0657172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  58.05 
 
 		 242 aa  281  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  56.78 
 
 		 242 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2178  30S ribosomal protein S2  57.03 
 
 		 251 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00294119  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  279  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  279  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  279  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  56.39 
 
 		 241 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  279  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  56.89 
 
 		 241 aa  279  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  56.89 
 
 		 241 aa  279  4e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  56.89 
 
 		 241 aa  279  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  56.47 
 
 		 244 aa  279  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  56.14 
 
 		 239 aa  278  6e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  56.72 
 
 		 243 aa  277  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  54.69 
 
 		 267 aa  277  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1941  ribosomal protein S2  53.82 
 
 		 262 aa  277  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  55.8 
 
 		 243 aa  277  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1483  30S ribosomal protein S2  54.66 
 
 		 246 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 250 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17060  30S ribosomal protein S2  54.66 
 
 		 246 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>