More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1249 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  100 
 
 		 243 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  80.5 
 
 		 241 aa  410  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  80.5 
 
 		 241 aa  410  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2976  ribosomal protein S2  77.5 
 
 		 244 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.801384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  80.91 
 
 		 241 aa  408  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  80.91 
 
 		 241 aa  408  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  79.25 
 
 		 242 aa  408  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  80.91 
 
 		 241 aa  408  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  79.25 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  79.25 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  77.18 
 
 		 242 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  79.67 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  79.25 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  78.84 
 
 		 241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  79.25 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  79.25 
 
 		 241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  78.84 
 
 		 241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  79.25 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  78.84 
 
 		 241 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3790  30S ribosomal protein S2  79.67 
 
 		 241 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  79.25 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  78.84 
 
 		 241 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  78.01 
 
 		 253 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  77.59 
 
 		 241 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  77.59 
 
 		 242 aa  397  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  77.59 
 
 		 241 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  77.59 
 
 		 241 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  77.59 
 
 		 241 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  77.59 
 
 		 241 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  74.27 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  390  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  74.27 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2885  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000206646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  75.1 
 
 		 242 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  75.93 
 
 		 258 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  74.27 
 
 		 242 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  75.21 
 
 		 243 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1270  30S ribosomal protein S2  74.27 
 
 		 242 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00260886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  76.17 
 
 		 239 aa  375  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01372  ribosomal protein S2  80.65 
 
 		 217 aa  371  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000133785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17060  30S ribosomal protein S2  69.83 
 
 		 246 aa  361  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1483  30S ribosomal protein S2  69.42 
 
 		 246 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0527  ribosomal protein S2  69.3 
 
 		 232 aa  354  5.999999999999999e-97  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.53334  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  68.31 
 
 		 244 aa  348  4e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38990  30S ribosomal protein S2  69.91 
 
 		 246 aa  348  6e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3053  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 		 247 aa  347  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2548  30S ribosomal protein S2  67.08 
 
 		 250 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.443564  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1285  ribosomal protein S2  67.08 
 
 		 248 aa  346  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297191  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1863  30S ribosomal protein S2  64.61 
 
 		 248 aa  345  4e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1534  ribosomal protein S2  70.22 
 
 		 247 aa  344  6e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1591  30S ribosomal protein S2  68.89 
 
 		 245 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4186  30S ribosomal protein S2  68.89 
 
 		 245 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1343  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 		 247 aa  342  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4082  30S ribosomal protein S2  68.89 
 
 		 245 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.610461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1101  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 		 245 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0350  30S ribosomal protein S2  69.51 
 
 		 264 aa  340  1e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.20969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0389  30S ribosomal protein S2  69.51 
 
 		 264 aa  340  1e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0342077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0558  30S ribosomal protein S2  69.64 
 
 		 284 aa  338  4e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112796 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1146  30S ribosomal protein S2  68 
 
 		 245 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1466  30S ribosomal protein S2  63.07 
 
 		 247 aa  331  6e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.162448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2597  30S ribosomal protein S2  64.17 
 
 		 246 aa  331  8e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.117298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1266  30S ribosomal protein S2  65.33 
 
 		 267 aa  326  2.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  62.96 
 
 		 246 aa  325  3e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1159  ribosomal protein S2  62.45 
 
 		 275 aa  325  4.0000000000000003e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1679  30S ribosomal protein S2  60.08 
 
 		 254 aa  323  1e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0808  ribosomal protein S2  64.89 
 
 		 269 aa  323  1e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.15468  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1673  30S ribosomal protein S2  59.67 
 
 		 254 aa  322  3e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1454  ribosomal protein S2  60.08 
 
 		 244 aa  318  3.9999999999999996e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118632  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  58.85 
 
 		 250 aa  315  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2151  30S ribosomal protein S2  60.66 
 
 		 266 aa  313  9.999999999999999e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.223106  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2066  30S ribosomal protein S2  60.66 
 
 		 266 aa  314  9.999999999999999e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0657  30S ribosomal protein S2  58.92 
 
 		 248 aa  313  9.999999999999999e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01132  30S ribosomal protein S2  64.09 
 
 		 262 aa  312  2.9999999999999996e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.252632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  58.44 
 
 		 250 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1555  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2056  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23127  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3255  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2583  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2437  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2493  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1328  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1404  30S ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 247 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1881  30S ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 247 aa  308  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717146  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1530  SSU ribosomal protein S2P  61.67 
 
 		 249 aa  308  4e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000131876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1435  30S ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 247 aa  308  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000403005 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1497  ribosomal protein S2  57.98 
 
 		 260 aa  308  4e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1257  ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.750455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2027  30S ribosomal protein S2  57.68 
 
 		 246 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2455  30S ribosomal protein S2  58.02 
 
 		 250 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.00181584 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5329  30S ribosomal protein S2  57.26 
 
 		 246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0468316  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2039  30S ribosomal protein S2  57.26 
 
 		 246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2019  30S ribosomal protein S2  57.26 
 
 		 246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>