More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4186 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1591  30S ribosomal protein S2  100 
 
 
245 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4186  30S ribosomal protein S2  100 
 
 
245 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4082  30S ribosomal protein S2  99.18 
 
 
245 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.610461 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1146  30S ribosomal protein S2  97.87 
 
 
245 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1101  30S ribosomal protein S2  96.12 
 
 
245 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579602  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1534  ribosomal protein S2  94.04 
 
 
247 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1343  30S ribosomal protein S2  93.62 
 
 
247 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3053  30S ribosomal protein S2  92.34 
 
 
247 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17060  30S ribosomal protein S2  86.53 
 
 
246 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1483  30S ribosomal protein S2  86.94 
 
 
246 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38990  30S ribosomal protein S2  86.7 
 
 
246 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2548  30S ribosomal protein S2  72.15 
 
 
250 aa  380  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.443564  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  71.72 
 
 
244 aa  378  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  71.43 
 
 
246 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2597  30S ribosomal protein S2  71.84 
 
 
246 aa  372  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.117298  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0350  30S ribosomal protein S2  70.45 
 
 
264 aa  369  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.20969  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0389  30S ribosomal protein S2  70.45 
 
 
264 aa  369  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0342077  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  72.12 
 
 
242 aa  356  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  69.55 
 
 
241 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  69.55 
 
 
241 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0558  30S ribosomal protein S2  66.8 
 
 
284 aa  354  6.999999999999999e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112796 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  71.68 
 
 
241 aa  354  7.999999999999999e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  70.93 
 
 
241 aa  354  7.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1285  ribosomal protein S2  66.94 
 
 
248 aa  352  2.9999999999999997e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297191  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  71.24 
 
 
253 aa  351  5e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  70.8 
 
 
241 aa  351  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  70.8 
 
 
241 aa  351  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  70.8 
 
 
241 aa  351  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  70.8 
 
 
241 aa  351  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  70.8 
 
 
241 aa  351  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  350  1e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  350  1e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  350  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  70.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  70.48 
 
 
241 aa  349  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1863  30S ribosomal protein S2  67.78 
 
 
248 aa  348  4e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  69.91 
 
 
242 aa  347  8e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  67.08 
 
 
241 aa  347  9e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  67.08 
 
 
241 aa  347  9e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  67.08 
 
 
241 aa  347  9e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  68.44 
 
 
242 aa  347  1e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  70.22 
 
 
242 aa  347  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  70.22 
 
 
242 aa  347  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  70.22 
 
 
242 aa  347  1e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  70.22 
 
 
242 aa  347  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  70.22 
 
 
242 aa  347  1e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 
242 aa  346  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 
242 aa  346  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 
242 aa  346  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 
242 aa  346  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  67.23 
 
 
243 aa  346  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  67.37 
 
 
239 aa  346  2e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  69.78 
 
 
242 aa  345  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3790  30S ribosomal protein S2  67.9 
 
 
241 aa  345  4e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2976  ribosomal protein S2  68.89 
 
 
244 aa  345  5e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.801384  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  69.47 
 
 
241 aa  343  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  69.03 
 
 
243 aa  343  1e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  68.89 
 
 
242 aa  343  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1466  30S ribosomal protein S2  70.8 
 
 
247 aa  343  2e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.162448  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1270  30S ribosomal protein S2  69.33 
 
 
242 aa  343  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00260886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  68.89 
 
 
242 aa  343  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1159  ribosomal protein S2  72.56 
 
 
275 aa  342  4e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2885  30S ribosomal protein S2  68.44 
 
 
242 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000206646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  70.22 
 
 
258 aa  340  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  68.89 
 
 
242 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1454  ribosomal protein S2  63.11 
 
 
244 aa  335  3.9999999999999995e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118632  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1497  ribosomal protein S2  65.8 
 
 
260 aa  334  9e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1435  30S ribosomal protein S2  65.18 
 
 
247 aa  330  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1404  30S ribosomal protein S2  65.33 
 
 
247 aa  329  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1679  30S ribosomal protein S2  64.76 
 
 
254 aa  329  3e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2178  30S ribosomal protein S2  64.83 
 
 
251 aa  329  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00294119  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1530  SSU ribosomal protein S2P  67.86 
 
 
249 aa  327  9e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000131876  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1673  30S ribosomal protein S2  64.32 
 
 
254 aa  327  1.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1742  30S ribosomal protein S2  63.33 
 
 
248 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1342  30S ribosomal protein S2  65.18 
 
 
247 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  0.417524 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0657  30S ribosomal protein S2  64.05 
 
 
248 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1278  30S ribosomal protein S2  64.73 
 
 
247 aa  325  5e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.235139  normal  0.160579 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1881  30S ribosomal protein S2  64.29 
 
 
247 aa  325  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717146  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  64.29 
 
 
250 aa  323  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1328  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2437  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1555  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2056  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23127  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2583  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2493  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3255  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  322  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2027  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  321  6e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  63.39 
 
 
250 aa  321  7e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1257  ribosomal protein S2  59.84 
 
 
309 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.750455  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5329  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0468316  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0527  ribosomal protein S2  64.89 
 
 
232 aa  319  1.9999999999999998e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.53334  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6058  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2019  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2039  30S ribosomal protein S2  59.84 
 
 
246 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2052  30S ribosomal protein S2  59.43 
 
 
246 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.847891  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1921  30S ribosomal protein S2  59.43 
 
 
246 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.407888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>