More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2427 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  100 
 
 
243 aa  501  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  90.12 
 
 
253 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  88.89 
 
 
242 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  87.65 
 
 
242 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  81.07 
 
 
241 aa  421  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  421  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  81.07 
 
 
241 aa  421  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  81.07 
 
 
241 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  81.89 
 
 
241 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  421  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  81.07 
 
 
241 aa  421  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  80.66 
 
 
241 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  80.66 
 
 
241 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  80.25 
 
 
241 aa  418  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  80.66 
 
 
241 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  80.25 
 
 
241 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  80.66 
 
 
241 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  80.66 
 
 
241 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  80.66 
 
 
241 aa  420  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  80.66 
 
 
241 aa  420  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  80.25 
 
 
241 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  81.48 
 
 
241 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3790  30S ribosomal protein S2  79.42 
 
 
241 aa  411  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  79.01 
 
 
242 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  78.6 
 
 
242 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  79.01 
 
 
242 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  78.6 
 
 
242 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  78.6 
 
 
242 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  78.6 
 
 
242 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  77.78 
 
 
242 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  77.78 
 
 
242 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2885  30S ribosomal protein S2  77.37 
 
 
242 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000206646  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  77.78 
 
 
242 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  77.78 
 
 
242 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  77.69 
 
 
242 aa  400  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  77.37 
 
 
242 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  78.6 
 
 
242 aa  401  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  79.42 
 
 
258 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  76.54 
 
 
242 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2976  ribosomal protein S2  77.59 
 
 
244 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.801384  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1270  30S ribosomal protein S2  76.86 
 
 
242 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00260886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  79.39 
 
 
239 aa  393  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  75.21 
 
 
243 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0527  ribosomal protein S2  72.81 
 
 
232 aa  361  6e-99  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.53334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1534  ribosomal protein S2  72.57 
 
 
247 aa  354  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1483  30S ribosomal protein S2  68.46 
 
 
246 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1343  30S ribosomal protein S2  72.12 
 
 
247 aa  353  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  69.71 
 
 
244 aa  352  2e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17060  30S ribosomal protein S2  68.05 
 
 
246 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2597  30S ribosomal protein S2  68.88 
 
 
246 aa  352  2.9999999999999997e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.117298  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38990  30S ribosomal protein S2  71.11 
 
 
246 aa  350  8.999999999999999e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1101  30S ribosomal protein S2  69.96 
 
 
245 aa  350  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579602  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2548  30S ribosomal protein S2  68.05 
 
 
250 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.443564  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3053  30S ribosomal protein S2  70.35 
 
 
247 aa  346  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1146  30S ribosomal protein S2  69.03 
 
 
245 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1591  30S ribosomal protein S2  69.03 
 
 
245 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4082  30S ribosomal protein S2  69.03 
 
 
245 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.610461 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4186  30S ribosomal protein S2  69.03 
 
 
245 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1285  ribosomal protein S2  66.39 
 
 
248 aa  335  2.9999999999999997e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297191  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1159  ribosomal protein S2  65.7 
 
 
275 aa  331  8e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  69.86 
 
 
246 aa  330  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0350  30S ribosomal protein S2  65.68 
 
 
264 aa  328  3e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.20969  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0389  30S ribosomal protein S2  65.68 
 
 
264 aa  328  3e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0342077  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1863  30S ribosomal protein S2  63.79 
 
 
248 aa  328  4e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0558  30S ribosomal protein S2  68.02 
 
 
284 aa  327  9e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112796 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01372  ribosomal protein S2  74.07 
 
 
217 aa  327  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000133785  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1466  30S ribosomal protein S2  60.58 
 
 
247 aa  318  5e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.162448  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1266  30S ribosomal protein S2  61.57 
 
 
267 aa  313  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1454  ribosomal protein S2  60.74 
 
 
244 aa  310  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118632  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1530  SSU ribosomal protein S2P  63.44 
 
 
249 aa  309  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000131876  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1497  ribosomal protein S2  60.76 
 
 
260 aa  308  4e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1679  30S ribosomal protein S2  57.26 
 
 
254 aa  305  3e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0808  ribosomal protein S2  64.44 
 
 
269 aa  306  3e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.15468  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2178  30S ribosomal protein S2  59.09 
 
 
251 aa  304  8.000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00294119  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1673  30S ribosomal protein S2  56.85 
 
 
254 aa  303  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1742  30S ribosomal protein S2  58.61 
 
 
248 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1435  30S ribosomal protein S2  58.2 
 
 
247 aa  302  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1404  30S ribosomal protein S2  57.38 
 
 
247 aa  300  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  61.18 
 
 
267 aa  298  4e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1160  ribosomal protein S2  57.44 
 
 
250 aa  297  9e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1444  ribosomal protein S2  57.44 
 
 
250 aa  297  9e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152019  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  57.61 
 
 
250 aa  296  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2066  30S ribosomal protein S2  59.92 
 
 
266 aa  296  1e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1881  30S ribosomal protein S2  56.56 
 
 
247 aa  296  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717146  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1278  30S ribosomal protein S2  56.56 
 
 
247 aa  296  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.235139  normal  0.160579 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1342  30S ribosomal protein S2  56.15 
 
 
247 aa  295  4e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  0.417524 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2151  30S ribosomal protein S2  59.5 
 
 
266 aa  295  5e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.223106  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1555  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2583  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1328  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2437  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3255  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2056  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23127  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2493  30S ribosomal protein S2  55.6 
 
 
246 aa  294  7e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01132  30S ribosomal protein S2  62.27 
 
 
262 aa  294  9e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.252632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  57.2 
 
 
250 aa  293  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>