More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1131 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1131  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 255 aa  525  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.439275  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1776  30S ribosomal protein S2  91.76 
 
 		 255 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1583  30S ribosomal protein S2  91.37 
 
 		 255 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2528  30S ribosomal protein S2  89.92 
 
 		 248 aa  472  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2029  30S ribosomal protein S2  86.22 
 
 		 256 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1162  30S ribosomal protein S2  85.43 
 
 		 256 aa  464  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.278359  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1119  30S ribosomal protein S2  84.52 
 
 		 254 aa  457  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9516  30S ribosomal protein S2  86.27 
 
 		 307 aa  458  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0583  30S ribosomal protein S2  81.82 
 
 		 271 aa  444  1.0000000000000001e-124  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0651099  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1381  30S ribosomal protein S2  80.63 
 
 		 267 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  74.1 
 
 		 349 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  75.62 
 
 		 349 aa  397  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  73.54 
 
 		 361 aa  399  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  72.91 
 
 		 355 aa  394  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3196  ribosomal protein S2  72.33 
 
 		 253 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  73.41 
 
 		 332 aa  394  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  72.33 
 
 		 334 aa  394  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  72.55 
 
 		 332 aa  395  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  75.21 
 
 		 355 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  75.21 
 
 		 355 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  71.88 
 
 		 330 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  73.02 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  74.09 
 
 		 331 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  75.62 
 
 		 354 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  72.05 
 
 		 331 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  68 
 
 		 251 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  68 
 
 		 253 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1380  30S ribosomal protein S2  70.16 
 
 		 288 aa  375  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.272546  normal  0.0375782 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  72.36 
 
 		 349 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3726  30S ribosomal protein S2  70.12 
 
 		 261 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  68 
 
 		 274 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  72.02 
 
 		 331 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1548  30S ribosomal protein S2  69.42 
 
 		 259 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.403357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2805  30S ribosomal protein S2  67.47 
 
 		 313 aa  362  3e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3347  30S ribosomal protein S2  67.48 
 
 		 260 aa  361  6e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.259933  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  67.48 
 
 		 276 aa  360  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1210  30S ribosomal protein S2  69.04 
 
 		 256 aa  358  4e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1694  30S ribosomal protein S2  66.27 
 
 		 256 aa  357  7e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.559566  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1586  30S ribosomal protein S2  67.21 
 
 		 262 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.551794  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0460  30S ribosomal protein S2  63.86 
 
 		 250 aa  347  9e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1960  30S ribosomal protein S2  63.14 
 
 		 277 aa  346  2e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1369  30S ribosomal protein S2  64.71 
 
 		 251 aa  333  2e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512665  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0517  30S ribosomal protein S2  53.69 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0514  30S ribosomal protein S2  53.28 
 
 		 288 aa  288  5.0000000000000004e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3410  ribosomal protein S2  56.9 
 
 		 283 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.7242  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1230  30S ribosomal protein S2  56.49 
 
 		 279 aa  284  8e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133873  normal  0.0467572 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  54.84 
 
 		 267 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1160  ribosomal protein S2  58.01 
 
 		 250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0237  ribosomal protein S2  57.64 
 
 		 314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.245227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0676  30S ribosomal protein S2  56.3 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.560219  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1444  ribosomal protein S2  58.01 
 
 		 250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152019  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2507  ribosomal protein S2  56.07 
 
 		 353 aa  282  3.0000000000000004e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282743  normal  0.375385 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1322  30S ribosomal protein S2  56.07 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0532  30S ribosomal protein S2  55.13 
 
 		 282 aa  281  7.000000000000001e-75  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00675401  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23610  SSU ribosomal protein S2P  55.06 
 
 		 317 aa  281  8.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.699441  normal  0.141313 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3113  ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 296 aa  281  8.000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0242876 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0994  30S ribosomal protein S2  56.36 
 
 		 303 aa  281  9e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.271344  normal  0.423917 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1484  ribosomal protein S2  54.73 
 
 		 326 aa  278  4e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.068355  normal  0.329281 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1840  SSU ribosomal protein S2P  56 
 
 		 262 aa  278  5e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1485  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 255 aa  277  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136898 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  55.9 
 
 		 242 aa  277  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  53.75 
 
 		 257 aa  277  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2756  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 255 aa  277  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000868227  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1161  30S ribosomal protein S2  53.2 
 
 		 300 aa  276  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.404957 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1004  ribosomal protein S2  55.22 
 
 		 283 aa  276  2e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.663705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5911  ribosomal protein S2  52.44 
 
 		 304 aa  276  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00672322  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3581  30S ribosomal protein S2  53.6 
 
 		 289 aa  276  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0563  30S ribosomal protein S2  54.91 
 
 		 301 aa  275  4e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000123477  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1529  ribosomal protein S2  56.58 
 
 		 344 aa  275  4e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0517108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1250  30S ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 251 aa  275  5e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000302151  hitchhiker  0.0000384341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0295  30S ribosomal protein S2  58.93 
 
 		 315 aa  275  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0657172  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1668  ribosomal protein S2  54.08 
 
 		 282 aa  275  7e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12904  30S ribosomal protein S2  55.26 
 
 		 287 aa  274  8e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0383521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1180  ribosomal protein S2  55.04 
 
 		 317 aa  274  8e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.920095  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2108  30S ribosomal protein S2  54.62 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3243  SSU ribosomal protein S2P  52.63 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.191936  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 343 aa  272  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1778  ribosomal protein S2  53.54 
 
 		 274 aa  272  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1921  30S ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 251 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.264289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 314 aa  271  7e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2104  ribosomal protein S2  54.08 
 
 		 272 aa  271  8.000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3733  30S ribosomal protein S2  54.46 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000926335  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  56.76 
 
 		 301 aa  268  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1941  ribosomal protein S2  50.81 
 
 		 262 aa  269  4e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1415  ribosomal protein S2  54.19 
 
 		 311 aa  268  5e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.451222 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4133  30S ribosomal protein S2  51.64 
 
 		 279 aa  268  5e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.549369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0948  ribosomal protein S2  53.85 
 
 		 298 aa  268  5e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.405377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  54.87 
 
 		 243 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1974  30S ribosomal protein S2  53.45 
 
 		 284 aa  268  7e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.34334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1993  30S ribosomal protein S2  53.45 
 
 		 284 aa  268  7e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2039  30S ribosomal protein S2  53.45 
 
 		 284 aa  268  7e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.07144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1520  ribosomal protein S2  56.77 
 
 		 289 aa  268  8e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10120  SSU ribosomal protein S2P  53.28 
 
 		 318 aa  268  8.999999999999999e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2924  30S ribosomal protein S2  52.94 
 
 		 271 aa  267  1e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240537 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1133  30S ribosomal protein S2  56.89 
 
 		 260 aa  267  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11190  SSU ribosomal protein S2P  55.07 
 
 		 310 aa  267  1e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2376  ribosomal protein S2  54.19 
 
 		 261 aa  267  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2209  30S ribosomal protein S2  53.81 
 
 		 273 aa  266  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.092398  normal  0.16392 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2198  30S ribosomal protein S2  51.48 
 
 		 297 aa  266  2e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.441521 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  57.66 
 
 		 241 aa  267  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>