More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1548 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1548  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 259 aa  530  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.403357 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  86.59 
 
 		 276 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  83.13 
 
 		 253 aa  434  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  83.13 
 
 		 251 aa  434  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3726  30S ribosomal protein S2  84.34 
 
 		 261 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  83.13 
 
 		 274 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1210  30S ribosomal protein S2  89.58 
 
 		 256 aa  430  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1131  30S ribosomal protein S2  68.24 
 
 		 255 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.439275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2029  30S ribosomal protein S2  68.99 
 
 		 256 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1162  30S ribosomal protein S2  68.22 
 
 		 256 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.278359  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1583  30S ribosomal protein S2  67.19 
 
 		 255 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1776  30S ribosomal protein S2  67.59 
 
 		 255 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1119  30S ribosomal protein S2  67.58 
 
 		 254 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  67.73 
 
 		 355 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0583  30S ribosomal protein S2  67.19 
 
 		 271 aa  366  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0651099  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  68.83 
 
 		 349 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3196  ribosomal protein S2  66.01 
 
 		 253 aa  362  4e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1381  30S ribosomal protein S2  64.73 
 
 		 267 aa  361  8e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  69.23 
 
 		 349 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  64.77 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  64.77 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9516  30S ribosomal protein S2  66.94 
 
 		 307 aa  357  9.999999999999999e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  65.23 
 
 		 330 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2528  30S ribosomal protein S2  65.32 
 
 		 248 aa  353  1e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  68.05 
 
 		 361 aa  353  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1380  30S ribosomal protein S2  68.31 
 
 		 288 aa  353  2e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.272546  normal  0.0375782 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  65.12 
 
 		 332 aa  352  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  67.5 
 
 		 334 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  65.02 
 
 		 354 aa  350  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  63.95 
 
 		 332 aa  349  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  64.45 
 
 		 334 aa  349  3e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  65.25 
 
 		 349 aa  343  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1586  30S ribosomal protein S2  65.7 
 
 		 262 aa  343  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.551794  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3347  30S ribosomal protein S2  68.18 
 
 		 260 aa  343  2e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.259933  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1694  30S ribosomal protein S2  63.42 
 
 		 256 aa  341  5.999999999999999e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.559566  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2805  30S ribosomal protein S2  63.1 
 
 		 313 aa  339  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  63.53 
 
 		 331 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  66.25 
 
 		 331 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  64.17 
 
 		 331 aa  334  9e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1960  30S ribosomal protein S2  62.11 
 
 		 277 aa  333  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0460  30S ribosomal protein S2  61.6 
 
 		 250 aa  331  9e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1369  30S ribosomal protein S2  61.34 
 
 		 251 aa  315  5e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512665  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 242 aa  283  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0517  30S ribosomal protein S2  52.65 
 
 		 291 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0514  30S ribosomal protein S2  52.65 
 
 		 288 aa  281  5.000000000000001e-75  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  55.93 
 
 		 242 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  56.19 
 
 		 241 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2885  30S ribosomal protein S2  56.36 
 
 		 242 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000206646  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  55.51 
 
 		 242 aa  280  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  59.82 
 
 		 250 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0295  30S ribosomal protein S2  60.18 
 
 		 315 aa  279  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0657172  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 242 aa  279  4e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  56.02 
 
 		 267 aa  278  4e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  56.17 
 
 		 242 aa  279  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  54.36 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  54.36 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  52.85 
 
 		 257 aa  278  5e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  58.82 
 
 		 343 aa  278  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  55.75 
 
 		 241 aa  278  7e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  58.82 
 
 		 314 aa  278  8e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0563  30S ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 301 aa  278  8e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000123477  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  55.51 
 
 		 242 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  55.51 
 
 		 242 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  55.51 
 
 		 242 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  59.36 
 
 		 301 aa  277  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  55.51 
 
 		 242 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1941  ribosomal protein S2  57.21 
 
 		 262 aa  276  2e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  54.15 
 
 		 239 aa  276  2e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1270  30S ribosomal protein S2  58.53 
 
 		 242 aa  276  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00260886  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1266  30S ribosomal protein S2  55.98 
 
 		 267 aa  276  3e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 258 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  56.36 
 
 		 242 aa  275  4e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  54.42 
 
 		 241 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  54.42 
 
 		 241 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  54.42 
 
 		 241 aa  275  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  54.63 
 
 		 241 aa  275  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  55.07 
 
 		 241 aa  275  7e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  55.07 
 
 		 241 aa  275  7e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  55.07 
 
 		 241 aa  275  7e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1555  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1328  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2583  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3255  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2056  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23127  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2027  30S ribosomal protein S2  57.53 
 
 		 246 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  58.45 
 
 		 250 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2437  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2493  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  54.63 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4133  30S ribosomal protein S2  53.44 
 
 		 279 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.549369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  54.63 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>