More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1960 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1960  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 277 aa  565  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0460  30S ribosomal protein S2  84.34 
 
 		 250 aa  437  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1369  30S ribosomal protein S2  85.71 
 
 		 251 aa  428  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512665  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3196  ribosomal protein S2  65.48 
 
 		 253 aa  351  7e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1131  30S ribosomal protein S2  63.14 
 
 		 255 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.439275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  65.23 
 
 		 334 aa  344  8e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1583  30S ribosomal protein S2  63.39 
 
 		 255 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1776  30S ribosomal protein S2  63.39 
 
 		 255 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1381  30S ribosomal protein S2  60.3 
 
 		 267 aa  342  5e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  60.82 
 
 		 355 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2805  30S ribosomal protein S2  61.51 
 
 		 313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  60.82 
 
 		 355 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_004310  BR1162  30S ribosomal protein S2  60.45 
 
 		 256 aa  335  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.278359  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2528  30S ribosomal protein S2  62.5 
 
 		 248 aa  335  5.999999999999999e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2029  30S ribosomal protein S2  63.05 
 
 		 256 aa  334  7.999999999999999e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  61.19 
 
 		 355 aa  333  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1119  30S ribosomal protein S2  60.38 
 
 		 254 aa  332  4e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  62.6 
 
 		 349 aa  332  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  58.1 
 
 		 332 aa  331  6e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9516  30S ribosomal protein S2  63.82 
 
 		 307 aa  330  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  63.56 
 
 		 332 aa  329  4e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  62.2 
 
 		 349 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  61.78 
 
 		 361 aa  327  1.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0583  30S ribosomal protein S2  58.58 
 
 		 271 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0651099  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  63.16 
 
 		 334 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  61.31 
 
 		 349 aa  325  6e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  60.82 
 
 		 354 aa  322  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1694  30S ribosomal protein S2  60.39 
 
 		 256 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.559566  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  57.72 
 
 		 330 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3347  30S ribosomal protein S2  63.22 
 
 		 260 aa  320  1.9999999999999998e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.259933  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1548  30S ribosomal protein S2  61.98 
 
 		 259 aa  319  3e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.403357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1586  30S ribosomal protein S2  59.75 
 
 		 262 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.551794  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  64.37 
 
 		 331 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1380  30S ribosomal protein S2  60.98 
 
 		 288 aa  313  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.272546  normal  0.0375782 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3726  30S ribosomal protein S2  60.16 
 
 		 261 aa  312  3.9999999999999997e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  60.08 
 
 		 276 aa  311  4.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  60.25 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  60.25 
 
 		 253 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  63.56 
 
 		 331 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1210  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 		 256 aa  310  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  60.25 
 
 		 274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  62.75 
 
 		 331 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  298  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  298  7e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2885  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  298  7e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000206646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  297  2e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  59.66 
 
 		 242 aa  296  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 242 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 242 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 242 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 242 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1270  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 242 aa  295  7e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00260886  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  58.93 
 
 		 242 aa  292  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  60.08 
 
 		 242 aa  292  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  59.24 
 
 		 258 aa  290  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  7e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  7e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  7e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  7e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  58.62 
 
 		 241 aa  285  7e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  58.62 
 
 		 241 aa  285  7e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 242 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  57.33 
 
 		 241 aa  282  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  57.33 
 
 		 241 aa  282  5.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  57.33 
 
 		 241 aa  282  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  58.19 
 
 		 241 aa  281  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2976  ribosomal protein S2  56.61 
 
 		 244 aa  281  7.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.801384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  56.3 
 
 		 242 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  58.48 
 
 		 239 aa  280  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  58.3 
 
 		 244 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  58.82 
 
 		 253 aa  279  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  55.23 
 
 		 243 aa  279  4e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2548  30S ribosomal protein S2  57.71 
 
 		 250 aa  276  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.443564  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0527  ribosomal protein S2  58.48 
 
 		 232 aa  276  3e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.53334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3790  30S ribosomal protein S2  57.33 
 
 		 241 aa  276  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0350  30S ribosomal protein S2  53.05 
 
 		 264 aa  275  7e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.20969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0389  30S ribosomal protein S2  53.05 
 
 		 264 aa  275  7e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0342077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1485  30S ribosomal protein S2  56.5 
 
 		 255 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136898 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2756  30S ribosomal protein S2  56.5 
 
 		 255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000868227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  54.01 
 
 		 243 aa  269  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  57.27 
 
 		 246 aa  268  7e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38990  30S ribosomal protein S2  56 
 
 		 246 aa  267  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1778  ribosomal protein S2  49.45 
 
 		 274 aa  266  2.9999999999999995e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  50.38 
 
 		 257 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>