More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0123 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0123  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 		 287 aa  580  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3251  cobalamin synthesis protein, P47K  44.95 
 
 		 290 aa  245  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.784399  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5665  cobalamin synthesis protein P47K  36.09 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0326957 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0750  cobalamin synthesis protein P47K  37.42 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0321  cobalamin synthesis protein P47K  32.39 
 
 		 364 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.276547 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4358  cobalamin synthesis protein P47K  33.44 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5758  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  32.96 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1986  cobalamin synthesis protein P47K  34.04 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4296  cobalamin synthesis protein, P47K  42.86 
 
 		 366 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4765  cobalamin synthesis protein P47K  40.93 
 
 		 330 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2074  cobalamin synthesis protein P47K  34.12 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3924  cobalamin synthesis protein P47K  33.11 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  0.0144678 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3108  cobalamin synthesis protein, P47K  31.96 
 
 		 362 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190819  normal  0.352092 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  40.23 
 
 		 346 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1570  hypothetical protein  38.07 
 
 		 372 aa  128  9.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0281678 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2949  cobalamin synthesis protein P47K  42.95 
 
 		 369 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.645626  hitchhiker  0.00151664 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0672  hypothetical protein  38.07 
 
 		 379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.177765  normal  0.336631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6702  putative cobalamin synthesis protein cobW  32.36 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.203286  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4200  cobalamin synthesis protein P47K  32.14 
 
 		 336 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000951795  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2083  cobalamin synthesis protein P47K  32.2 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.083483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1690  hypothetical protein  36.55 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  31.65 
 
 		 319 aa  124  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3078  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  37.7 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361866  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7626  cobalamin synthesis protein/P47K  31.39 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.347938 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1044  cobalamin synthesis protein/P47K  31.56 
 
 		 449 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2976  cobalamin synthesis protein P47K  32.48 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  31.11 
 
 		 449 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.593368  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3663  cobalamin synthesis protein P47K  36.16 
 
 		 363 aa  123  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.234992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  37.34 
 
 		 358 aa  123  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  31.11 
 
 		 449 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11271  cobalamin synthesis protein/P47K  35.8 
 
 		 452 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  38.31 
 
 		 347 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3403  cobalamin synthesis protein P47K  33.55 
 
 		 341 aa  122  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  33.57 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0133  cobalamin synthesis protein, P47K  35.06 
 
 		 318 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0634  cobalamin synthesis protein/P47K  36.5 
 
 		 369 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3607  cobalamin synthesis protein P47K  39.26 
 
 		 375 aa  122  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.734261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0956  hypothetical protein  36.73 
 
 		 380 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.582353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07121  G3E family GTPase  39.49 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  32.6 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  34.43 
 
 		 404 aa  121  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7138  cobalamin synthesis protein P47K  35.5 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775863  normal  0.480911 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1769  cobalamin synthesis protein P47K  31.06 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.48374  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.77 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  32.13 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19071  cobalamin synthesis protein/P47K  28.38 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15201  cobalamin synthesis protein/P47K  30.18 
 
 		 460 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.527171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  37.18 
 
 		 355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  28.83 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.77 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2392  cobalamin synthesis protein P47K  41.4 
 
 		 378 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1037  G3E family GTPase  28.51 
 
 		 460 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  37.18 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2341  cobalamin synthesis protein P47K  41.4 
 
 		 378 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  39.74 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  34.87 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  37.82 
 
 		 345 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.41 
 
 		 316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.41 
 
 		 316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2838  cobalamin synthesis protein P47K  31.43 
 
 		 356 aa  119  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.41 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  32.44 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  28.42 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  38.46 
 
 		 349 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  37.97 
 
 		 350 aa  119  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  37.97 
 
 		 361 aa  119  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1028  cobalamin synthesis protein P47K  32.63 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.906843  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.85 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14651  G3E family GTPase  35.75 
 
 		 338 aa  119  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  36.52 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.85 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  26.62 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  34.87 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  38.85 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0491  hypothetical protein  38.31 
 
 		 362 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0830931  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  38.61 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1081  cobalamin synthesis protein P47K  41.03 
 
 		 384 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.640909 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  39.24 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05461  G3E family GTPase  38.31 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  38.85 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  26.62 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11161  cobalamin synthesis protein/P47K  33.94 
 
 		 457 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.210673 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  37.82 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05171  G3E family GTPase  38.31 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.842312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2730  cobalamin synthesis protein, P47K  29.17 
 
 		 420 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0441  cobalamin synthesis protein, P47K  36.84 
 
 		 382 aa  117  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.319844  normal  0.988623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  36.94 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  38.86 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  36.13 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1724  cobalamin synthesis protein P47K  33.67 
 
 		 493 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651527 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  38.51 
 
 		 324 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  34.87 
 
 		 374 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0891  cobalamin synthesis protein P47K  38.46 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.441497  normal  0.976092 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0865  cobalamin synthesis protein P47K  38.46 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1373  cobalamin synthesis protein P47K  37.97 
 
 		 393 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  31.79 
 
 		 355 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06660  predicted GTPase, G3E family  31.6 
 
 		 364 aa  115  6e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.747392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3717  cobalamin synthesis protein/P47K  39.1 
 
 		 379 aa  115  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0107  cobalamin synthesis protein P47K  31.87 
 
 		 318 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0640379  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  34.54 
 
 		 367 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.296986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>