32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5381 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5381  TraF-like protein  100 
 
 		 271 aa  563  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.342632 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3996  hypothetical protein  60 
 
 		 270 aa  334  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2167  hypothetical protein  57.85 
 
 		 371 aa  278  9e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4169  hypothetical protein  32.91 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.347848 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2329  hypothetical protein  33.47 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.370082  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6813  hypothetical protein  33.84 
 
 		 269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4235  hypothetical protein  30.77 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1526  hypothetical protein  35.83 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2662  hypothetical protein  34.51 
 
 		 288 aa  125  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4299  conjugal pilus assembly protein TraF  26.42 
 
 		 261 aa  98.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420185 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0020  conjugal pilus assembly protein TraF  27.85 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.458237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0187  type IV conjugative transfer system protein TraF  29.09 
 
 		 342 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00056755 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0026  conjugal pilus assembly protein TraF  27 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.366361  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0034  hypothetical protein  27.06 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_14  conjugative transfer protein TraF  23.87 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0027  hypothetical protein  30.53 
 
 		 168 aa  73.9  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.520271  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6222  sex pilus assembly protein  25.91 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.641556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4270  hypothetical protein  26.88 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000107556  normal  0.839186 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0252  glutaredoxin 2  26.29 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0197  glutaredoxin 2  26.29 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2124  thioredoxin domain-containing protein  27.43 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1066  pilus assembly protein TraF, putative  24.76 
 
 		 337 aa  65.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.525771  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3800  glutaredoxin  27.62 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0374  sex pilus assembly protein  25 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4621  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  25.93 
 
 		 291 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4384  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  25.93 
 
 		 291 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4529  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  24.34 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.92832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4432  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  24.34 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4436  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  24.69 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4508  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  24.69 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3917  thioredoxin domain protein  25.53 
 
 		 109 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00595323  normal  0.342893 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0035  hypothetical protein  24.77 
 
 		 165 aa  43.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>