35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4270 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4270  hypothetical protein  100 
 
 		 331 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000107556  normal  0.839186 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0187  type IV conjugative transfer system protein TraF  30.8 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00056755 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0374  sex pilus assembly protein  26.64 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6813  hypothetical protein  29.02 
 
 		 269 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2329  hypothetical protein  27.47 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.370082  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2662  hypothetical protein  26.69 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4169  hypothetical protein  26.2 
 
 		 270 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.347848 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5381  TraF-like protein  26.88 
 
 		 271 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.342632 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6222  sex pilus assembly protein  22.73 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.641556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1526  hypothetical protein  26.88 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1066  pilus assembly protein TraF, putative  23.81 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.525771  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3996  hypothetical protein  23.02 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2167  hypothetical protein  27.27 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0026  conjugal pilus assembly protein TraF  24.07 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.366361  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4299  conjugal pilus assembly protein TraF  21.98 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420185 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4436  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  21.69 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4508  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  21.69 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2124  thioredoxin domain-containing protein  22.73 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4432  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  22.06 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4529  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  22.06 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.92832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4621  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  21.32 
 
 		 291 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0197  glutaredoxin 2  23.67 
 
 		 279 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0252  glutaredoxin 2  23.67 
 
 		 278 aa  55.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4384  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  21.69 
 
 		 291 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0020  conjugal pilus assembly protein TraF  23.21 
 
 		 247 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.458237  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0034  hypothetical protein  22.69 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3822  putative thioredoxin  31.52 
 
 		 164 aa  45.8  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.644902  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0017  conjugal transfer protein TrbB  33.77 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1823  redoxin domain-containing protein  24.29 
 
 		 155 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0149049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2154  redoxin domain-containing protein  24.29 
 
 		 160 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00992138  normal  0.309785 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0027  hypothetical protein  29.52 
 
 		 168 aa  43.9  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.520271  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3819  redoxin domain-containing protein  25.42 
 
 		 155 aa  43.5  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0554152  hitchhiker  0.000365745 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3544  hypothetical protein  26 
 
 		 199 aa  42.7  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2523  thioredoxin-like protein  28.72 
 
 		 223 aa  42.7  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.741385  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  26.47 
 
 		 183 aa  42.4  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>