24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0020 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0020  conjugal pilus assembly protein TraF  100 
 
 		 247 aa  512  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.458237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4299  conjugal pilus assembly protein TraF  43.3 
 
 		 261 aa  218  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.420185 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0026  conjugal pilus assembly protein TraF  34.43 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.366361  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4436  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  32.14 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4529  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  31.91 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.92832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4508  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  32.14 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4432  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  31.52 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4621  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  32.14 
 
 		 291 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4384  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TraF  32.14 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_14  conjugative transfer protein TraF  31.06 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2662  hypothetical protein  29.7 
 
 		 288 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2329  hypothetical protein  28.68 
 
 		 287 aa  99.4  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.370082  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0034  hypothetical protein  29.69 
 
 		 262 aa  99  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5381  TraF-like protein  27.85 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.342632 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3996  hypothetical protein  27.48 
 
 		 270 aa  94  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4169  hypothetical protein  24.11 
 
 		 270 aa  86.3  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.347848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1526  hypothetical protein  30.64 
 
 		 291 aa  85.9  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00702216  normal  0.485209 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2167  hypothetical protein  30.68 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6813  hypothetical protein  26.18 
 
 		 269 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4235  hypothetical protein  27.2 
 
 		 277 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0187  type IV conjugative transfer system protein TraF  27.85 
 
 		 342 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00056755 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3800  glutaredoxin  21.69 
 
 		 280 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4270  hypothetical protein  23.39 
 
 		 331 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000107556  normal  0.839186 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6222  sex pilus assembly protein  23.72 
 
 		 338 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.641556  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>