More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4251 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4251  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
348 aa  678    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.731612  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.98 
 
 
366 aa  252  6e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.95 
 
 
359 aa  243  3e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.46 
 
 
349 aa  238  8e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0774  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.53 
 
 
361 aa  236  6e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874415  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2057  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.66 
 
 
370 aa  233  5e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3265  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  43.43 
 
 
678 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  40.67 
 
 
358 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.23 
 
 
366 aa  230  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.57 
 
 
378 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  36.83 
 
 
379 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.85 
 
 
391 aa  220  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  36.83 
 
 
386 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  40.27 
 
 
384 aa  219  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0702  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.45 
 
 
369 aa  219  7e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.5 
 
 
381 aa  219  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  37.23 
 
 
381 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02080  hypothetical protein  38.03 
 
 
370 aa  217  2e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  37.23 
 
 
381 aa  218  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  37.57 
 
 
379 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.74 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  37.63 
 
 
386 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.17 
 
 
379 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.22 
 
 
380 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.2 
 
 
379 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.17 
 
 
379 aa  215  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.91 
 
 
379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.18 
 
 
376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.73 
 
 
379 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  37.03 
 
 
381 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  37.03 
 
 
381 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  38.34 
 
 
379 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  37.03 
 
 
381 aa  212  7e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0229  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.56 
 
 
364 aa  212  7.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  38.27 
 
 
381 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_22568  glycolate oxidase  36.99 
 
 
381 aa  211  2e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.708918  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.19 
 
 
380 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.4 
 
 
382 aa  210  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.93 
 
 
378 aa  210  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  38.01 
 
 
381 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 
378 aa  209  6e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.45 
 
 
371 aa  208  9e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  38.24 
 
 
396 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  37.63 
 
 
378 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  36.93 
 
 
392 aa  208  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.96 
 
 
381 aa  208  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2130  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.38 
 
 
343 aa  207  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.559248 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  38.35 
 
 
396 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  37.74 
 
 
381 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.3 
 
 
386 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.63 
 
 
381 aa  206  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.98 
 
 
440 aa  206  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  37.74 
 
 
381 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1462  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.28 
 
 
352 aa  206  4e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0238326  normal  0.034718 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  37.23 
 
 
386 aa  206  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.77 
 
 
379 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  36.7 
 
 
381 aa  205  8e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.47 
 
 
406 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  36.68 
 
 
383 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.6 
 
 
390 aa  205  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.73 
 
 
383 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  36.41 
 
 
383 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.56 
 
 
387 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.47 
 
 
371 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.83 
 
 
395 aa  203  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  38.36 
 
 
388 aa  203  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.87 
 
 
405 aa  203  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.34 
 
 
388 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  37.27 
 
 
396 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  37.27 
 
 
396 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  37.27 
 
 
396 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  37.27 
 
 
396 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  37.27 
 
 
396 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.93 
 
 
390 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  37.35 
 
 
380 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0905  Lactate 2-monooxygenase  35.88 
 
 
388 aa  199  7.999999999999999e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.93 
 
 
390 aa  198  9e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.56 
 
 
385 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.39 
 
 
383 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.54 
 
 
381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.17 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3855  L-lactate dehydrogenase  38.44 
 
 
380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.011848  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.6 
 
 
391 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  36.93 
 
 
381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.18 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1466  Lactate 2-monooxygenase  39.44 
 
 
396 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4676  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.24 
 
 
363 aa  197  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00322368  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08744  FMN dependent dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02720)  38.53 
 
 
403 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  36.93 
 
 
381 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2905  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.54 
 
 
431 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.83 
 
 
391 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3608  L-lactate dehydrogenase  38.2 
 
 
380 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
395 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>