More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0702 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0702  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
369 aa  727    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  65.68 
 
 
371 aa  465  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  66.58 
 
 
389 aa  463  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  59 
 
 
371 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  53.55 
 
 
379 aa  354  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3083  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.97 
 
 
395 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.796124  normal  0.594065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.49 
 
 
396 aa  350  2e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0839  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  54.49 
 
 
361 aa  328  8e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.766107  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4676  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  54.82 
 
 
363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00322368  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.27 
 
 
349 aa  319  5e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2274  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  48.6 
 
 
369 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4620  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  51.97 
 
 
393 aa  308  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.609739  hitchhiker  0.00139206 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  50.57 
 
 
348 aa  301  9e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.48 
 
 
359 aa  300  3e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1462  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.13 
 
 
352 aa  295  1e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0238326  normal  0.034718 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.22 
 
 
366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  48.31 
 
 
391 aa  283  4.0000000000000003e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45.87 
 
 
358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.19 
 
 
366 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45.69 
 
 
382 aa  262  8.999999999999999e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_006686  CND02080  hypothetical protein  39.33 
 
 
370 aa  257  2e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.35 
 
 
397 aa  249  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0905  Lactate 2-monooxygenase  42.74 
 
 
388 aa  248  1e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.63 
 
 
391 aa  247  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0513  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  44.38 
 
 
365 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78227  normal  0.0367469 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0229  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.27 
 
 
364 aa  246  4e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.9 
 
 
405 aa  246  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3265  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45.14 
 
 
678 aa  245  6.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.57 
 
 
440 aa  243  5e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.16 
 
 
406 aa  242  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  39.9 
 
 
384 aa  242  7e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2905  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.35 
 
 
431 aa  241  2e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.31 
 
 
383 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.68 
 
 
380 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03901  mitochondrial cytochrome b2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03120)  36.22 
 
 
500 aa  239  5e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.232953 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
386 aa  239  5e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  37.2 
 
 
386 aa  239  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0529  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  44.66 
 
 
375 aa  237  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  35.73 
 
 
381 aa  237  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.37 
 
 
381 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  35.73 
 
 
381 aa  237  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4107  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.1 
 
 
385 aa  236  4e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  0.256454 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  37.7 
 
 
378 aa  236  6e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  36.36 
 
 
379 aa  236  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1466  Lactate 2-monooxygenase  43.38 
 
 
396 aa  236  7e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17191  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent)-like alpha-hydroxy acid dehydrogenases  35.31 
 
 
390 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  38.46 
 
 
394 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2057  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.9 
 
 
370 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.16 
 
 
378 aa  233  6e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.2 
 
 
400 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.93 
 
 
379 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  36.46 
 
 
392 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1052  lactate 2-monooxygenase  40.31 
 
 
431 aa  230  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.162523  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.35 
 
 
401 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.8 
 
 
379 aa  229  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2130  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.91 
 
 
343 aa  229  4e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.559248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.64 
 
 
376 aa  229  4e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_22568  glycolate oxidase  40.9 
 
 
381 aa  229  4e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.708918  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.5 
 
 
388 aa  229  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  36.24 
 
 
381 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  36.24 
 
 
381 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  36.24 
 
 
381 aa  229  7e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  33.15 
 
 
381 aa  229  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  37 
 
 
383 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.32 
 
 
380 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.48 
 
 
385 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.61 
 
 
381 aa  228  1e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 
383 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.96 
 
 
386 aa  228  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.57 
 
 
383 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  36.86 
 
 
379 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2374  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.54 
 
 
421 aa  227  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0273182  hitchhiker  0.00857562 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  35.66 
 
 
379 aa  227  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.67 
 
 
379 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1734  L-lactate oxidase  37.18 
 
 
400 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613324  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1798  L-lactate oxidase  37.07 
 
 
400 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.32 
 
 
379 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1969  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.2 
 
 
386 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.6 
 
 
387 aa  226  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.19 
 
 
415 aa  226  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1737  L-lactate oxidase  36.89 
 
 
400 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1989  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.93 
 
 
386 aa  225  8e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2035  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.93 
 
 
386 aa  225  8e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162743  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4034  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.88 
 
 
373 aa  225  9e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  35.19 
 
 
378 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.67 
 
 
379 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  38.11 
 
 
388 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.97 
 
 
390 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  36.77 
 
 
381 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
396 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.43 
 
 
357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.96 
 
 
390 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>