More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4598 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
376 aa  716    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2478  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  64.43 
 
 
368 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2661  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  64.81 
 
 
368 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179953 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.86 
 
 
359 aa  315  9e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  47.34 
 
 
366 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  47.23 
 
 
358 aa  297  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  51.02 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3265  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  51.48 
 
 
678 aa  283  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  48.97 
 
 
348 aa  282  8.000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  49.43 
 
 
366 aa  278  1e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.5 
 
 
391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.43 
 
 
379 aa  266  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.05 
 
 
379 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0229  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.02 
 
 
364 aa  263  4.999999999999999e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.8 
 
 
380 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  43.49 
 
 
378 aa  260  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.5 
 
 
406 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.24 
 
 
379 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.29 
 
 
381 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  42.38 
 
 
379 aa  259  6e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.55 
 
 
378 aa  258  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.18 
 
 
388 aa  258  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.69 
 
 
349 aa  256  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  39.29 
 
 
381 aa  256  6e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  39.29 
 
 
381 aa  256  6e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  47.13 
 
 
371 aa  254  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.15 
 
 
381 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.18 
 
 
380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1112  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.18 
 
 
381 aa  253  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.99 
 
 
397 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.63 
 
 
385 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.05 
 
 
386 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.69 
 
 
383 aa  251  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.81 
 
 
379 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2274  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.73 
 
 
369 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.77 
 
 
378 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.62 
 
 
391 aa  250  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2810  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.69 
 
 
382 aa  250  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.84 
 
 
405 aa  250  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  41.44 
 
 
381 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  41.44 
 
 
381 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  41.44 
 
 
381 aa  249  5e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  41.9 
 
 
396 aa  249  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.7 
 
 
379 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0219  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.02 
 
 
387 aa  249  6e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  40.73 
 
 
386 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  43.9 
 
 
384 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.46 
 
 
383 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  42.74 
 
 
379 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.44 
 
 
396 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3083  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.5 
 
 
395 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.796124  normal  0.594065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.19 
 
 
387 aa  247  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  39.67 
 
 
383 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.49 
 
 
402 aa  246  4e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  39.39 
 
 
383 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2990  putative L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181146  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2872  putative L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.279679  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.49 
 
 
379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.86 
 
 
389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.31 
 
 
383 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0374  L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0688982  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0415  L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.596015  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1229  L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0499523  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1563  L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1750  L-lactate dehydrogenase  42.54 
 
 
380 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  41.29 
 
 
379 aa  245  6.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.03 
 
 
402 aa  245  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4034  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.47 
 
 
373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  42.39 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  39.83 
 
 
380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  42.39 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  42.39 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  42.39 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.51 
 
 
395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.46 
 
 
390 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  39.01 
 
 
390 aa  243  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2130  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  50.47 
 
 
343 aa  244  3e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.559248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.7 
 
 
385 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  42.39 
 
 
396 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
386 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  37.1 
 
 
390 aa  243  5e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.01 
 
 
390 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  39.94 
 
 
386 aa  242  6e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02080  hypothetical protein  38.55 
 
 
370 aa  242  7e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.56 
 
 
388 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.94 
 
 
381 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2057  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45.19 
 
 
370 aa  240  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  41.32 
 
 
392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  42.94 
 
 
395 aa  239  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40 
 
 
370 aa  240  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.16 
 
 
391 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  42.7 
 
 
388 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>