More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2560 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
396 aa  783    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  75.13 
 
 
379 aa  545  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3083  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  74.18 
 
 
395 aa  509  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.796124  normal  0.594065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4620  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  72.21 
 
 
393 aa  463  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.609739  hitchhiker  0.00139206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  59.89 
 
 
371 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  58.58 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  57.92 
 
 
371 aa  396  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0702  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.49 
 
 
369 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4676  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.49 
 
 
363 aa  320  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00322368  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2274  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  47.4 
 
 
369 aa  318  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  49.86 
 
 
391 aa  311  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0839  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  51.27 
 
 
361 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.766107  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.22 
 
 
359 aa  298  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.84 
 
 
349 aa  285  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  47.38 
 
 
366 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0513  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  48.48 
 
 
365 aa  281  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78227  normal  0.0367469 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  46.44 
 
 
358 aa  275  7e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0529  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  47.95 
 
 
375 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.43 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.66 
 
 
348 aa  265  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  46.11 
 
 
382 aa  261  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2057  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45.4 
 
 
370 aa  258  1e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0229  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.47 
 
 
364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1462  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.55 
 
 
352 aa  251  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0238326  normal  0.034718 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1466  Lactate 2-monooxygenase  46.69 
 
 
396 aa  250  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4107  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.14 
 
 
385 aa  246  6e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  0.256454 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4408  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.05 
 
 
387 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0905  Lactate 2-monooxygenase  41.34 
 
 
388 aa  236  7e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2905  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.22 
 
 
431 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4034  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.3 
 
 
373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1989  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.97 
 
 
386 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2035  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.97 
 
 
386 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162743  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.05 
 
 
376 aa  232  8.000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1969  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.7 
 
 
386 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2130  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.95 
 
 
343 aa  231  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.559248 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1737  L-lactate oxidase  36.64 
 
 
400 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4136  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40 
 
 
386 aa  229  6e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.71733  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1798  L-lactate oxidase  36.36 
 
 
400 aa  229  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02080  hypothetical protein  37.57 
 
 
370 aa  228  1e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1734  L-lactate oxidase  36.64 
 
 
400 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613324  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03901  mitochondrial cytochrome b2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03120)  33.69 
 
 
500 aa  224  3e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.232953 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  38.69 
 
 
392 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  36.8 
 
 
386 aa  223  6e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  38.06 
 
 
378 aa  222  8e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  36.27 
 
 
386 aa  222  9e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.51 
 
 
379 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  36.05 
 
 
379 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 
396 aa  219  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
381 aa  219  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
381 aa  219  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 
381 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.7 
 
 
380 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 
381 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 
381 aa  218  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2206  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.21 
 
 
386 aa  218  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.192739  normal  0.271973 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.9 
 
 
381 aa  217  4e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  38.56 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  38.13 
 
 
379 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  37.67 
 
 
384 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  35.73 
 
 
379 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3514  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.77 
 
 
381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0130  L-lactate dehydrogenase  38.03 
 
 
395 aa  213  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17191  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent)-like alpha-hydroxy acid dehydrogenases  34.67 
 
 
390 aa  212  7e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2478  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.38 
 
 
368 aa  212  1e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01230  cytochrome b2, mitochondrial precursor, putative  35.26 
 
 
593 aa  212  1e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  37.93 
 
 
396 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  38.46 
 
 
396 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  37.93 
 
 
396 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.6 
 
 
378 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.8 
 
 
401 aa  212  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  34.06 
 
 
381 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  37.93 
 
 
396 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.99 
 
 
385 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  37.67 
 
 
396 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2545  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.02 
 
 
381 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0085  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.95 
 
 
382 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0068  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.48 
 
 
382 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.368436  normal  0.0189918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  34.99 
 
 
383 aa  209  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.7 
 
 
440 aa  209  9e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.47 
 
 
381 aa  209  9e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  37.33 
 
 
381 aa  209  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04570  conserved hypothetical protein  35.14 
 
 
514 aa  208  1e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_22568  glycolate oxidase  37.19 
 
 
381 aa  209  1e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.708918  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  37.07 
 
 
381 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.48 
 
 
380 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.94 
 
 
383 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1052  lactate 2-monooxygenase  38.46 
 
 
431 aa  208  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.162523  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  34.73 
 
 
383 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.43 
 
 
406 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1722  L-lactate oxidase  34.77 
 
 
378 aa  206  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.111357 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.45 
 
 
388 aa  206  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>