More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4676 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4676  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
363 aa  707    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00322368  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0804  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  60.34 
 
 
389 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0378  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  57.98 
 
 
371 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12350  L-lactate dehydrogenase/FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  58.5 
 
 
371 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0839  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  56.15 
 
 
361 aa  349  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.766107  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2560  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.49 
 
 
396 aa  349  5e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0702  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  54.82 
 
 
369 aa  342  7e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1817  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  50.43 
 
 
349 aa  328  7e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.466899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3049  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.74 
 
 
379 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3083  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  52.38 
 
 
395 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.796124  normal  0.594065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4620  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  54.78 
 
 
393 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.609739  hitchhiker  0.00139206 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2274  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  48.04 
 
 
369 aa  301  9e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0513  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  51.96 
 
 
365 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78227  normal  0.0367469 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.61 
 
 
359 aa  282  7.000000000000001e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0529  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  52.23 
 
 
375 aa  275  6e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0229  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.89 
 
 
364 aa  270  2.9999999999999997e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2463  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.7 
 
 
348 aa  269  5e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal  0.44924 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1462  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.06 
 
 
352 aa  266  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0238326  normal  0.034718 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.18 
 
 
366 aa  266  5e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.94 
 
 
366 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0089  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  46.44 
 
 
391 aa  256  4e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.442133  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  43.9 
 
 
358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3265  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45 
 
 
678 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  39.52 
 
 
384 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  35.87 
 
 
386 aa  226  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  36.14 
 
 
386 aa  225  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  36.41 
 
 
379 aa  225  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.08 
 
 
381 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  36 
 
 
381 aa  222  6e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  36 
 
 
381 aa  222  6e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  36.07 
 
 
392 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2401  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.87 
 
 
391 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893947  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0496  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.02 
 
 
382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.150259  normal  0.194541 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0905  Lactate 2-monooxygenase  40.78 
 
 
388 aa  220  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.7 
 
 
397 aa  219  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.38 
 
 
376 aa  219  7.999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3635  L-lactate dehydrogenase  37.97 
 
 
379 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2130  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  50.36 
 
 
343 aa  217  2e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.559248 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2057  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.37 
 
 
370 aa  217  2e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  35.05 
 
 
379 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.92 
 
 
381 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  37.78 
 
 
378 aa  216  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.4 
 
 
379 aa  216  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  35.5 
 
 
381 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  35.5 
 
 
381 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  35.5 
 
 
381 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02080  hypothetical protein  37.36 
 
 
370 aa  215  9.999999999999999e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.24 
 
 
406 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2905  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.07 
 
 
431 aa  214  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  37.94 
 
 
381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2810  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.38 
 
 
382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.954761  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.27 
 
 
383 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.66 
 
 
390 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  37.67 
 
 
381 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  37.67 
 
 
381 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1466  Lactate 2-monooxygenase  42.93 
 
 
396 aa  212  7e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3487  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.95 
 
 
383 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.323095  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.66 
 
 
383 aa  212  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2407  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.92 
 
 
406 aa  211  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.463668  normal  0.0231198 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  32.72 
 
 
380 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  37.06 
 
 
394 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  32.46 
 
 
380 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  37.23 
 
 
381 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1050  L-lactate dehydrogenase  35.31 
 
 
381 aa  210  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  36.14 
 
 
381 aa  210  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  34.86 
 
 
396 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  35.5 
 
 
380 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  34.58 
 
 
396 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.63 
 
 
440 aa  209  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2344  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37 
 
 
395 aa  208  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1969  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.55 
 
 
386 aa  208  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.417398 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03463  L-lactate dehydrogenase  36.41 
 
 
388 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1989  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.55 
 
 
386 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  36.14 
 
 
381 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2035  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.55 
 
 
386 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162743  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3188  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.77 
 
 
347 aa  207  3e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.054684  hitchhiker  0.0000508135 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  34.97 
 
 
378 aa  207  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.17 
 
 
390 aa  206  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1734  L-lactate oxidase  35.73 
 
 
400 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613324  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.92 
 
 
386 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1798  L-lactate oxidase  35.73 
 
 
400 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4251  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.24 
 
 
348 aa  206  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.731612  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.57 
 
 
385 aa  205  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  35.9 
 
 
390 aa  205  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.64 
 
 
391 aa  205  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1737  L-lactate oxidase  36.07 
 
 
400 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.81 
 
 
381 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_22568  glycolate oxidase  39.33 
 
 
381 aa  204  3e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.708918  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  34.78 
 
 
396 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.94 
 
 
401 aa  203  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.19 
 
 
388 aa  202  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  34.51 
 
 
396 aa  202  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  34.51 
 
 
396 aa  202  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>