More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1176 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1176  homoserine kinase  100 
 
 		 312 aa  639    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1271  homoserine kinase  79.74 
 
 		 311 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0252184 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1080  homoserine kinase  78.46 
 
 		 316 aa  490  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.708816  normal  0.284936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1305  homoserine kinase  75.62 
 
 		 320 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1228  homoserine kinase  76.25 
 
 		 320 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0499672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2734  homoserine kinase  75.62 
 
 		 320 aa  481  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0906  homoserine kinase  76.95 
 
 		 314 aa  482  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1272  homoserine kinase  75.31 
 
 		 320 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.140701  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3085  homoserine kinase  74.77 
 
 		 321 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.479885  hitchhiker  0.00212807 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1139  homoserine kinase  75.64 
 
 		 312 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1140  homoserine kinase  75.64 
 
 		 312 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0308198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3414  homoserine kinase  75.32 
 
 		 312 aa  474  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1210  homoserine kinase  75.32 
 
 		 312 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2905  homoserine kinase  76.22 
 
 		 319 aa  474  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1067  homoserine kinase  74.92 
 
 		 311 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2739  homoserine kinase  70.44 
 
 		 328 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11354  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0004  homoserine kinase  54.19 
 
 		 310 aa  368  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.528078  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00003  homoserine kinase  53.87 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.646398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3593  homoserine kinase  53.55 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00003  hypothetical protein  53.87 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716854  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0004  homoserine kinase  53.87 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3652  homoserine kinase  53.87 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0002  homoserine kinase  53.55 
 
 		 310 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0003  homoserine kinase  53.87 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0002  homoserine kinase  53.87 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0003  homoserine kinase  54.58 
 
 		 309 aa  362  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0003  homoserine kinase  54.58 
 
 		 309 aa  362  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0003  homoserine kinase  54.58 
 
 		 309 aa  362  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.119068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0003  homoserine kinase  54.58 
 
 		 309 aa  362  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1942  homoserine kinase  55.1 
 
 		 318 aa  362  6e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.17619  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0003  homoserine kinase  54.25 
 
 		 309 aa  360  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004456  homoserine kinase  53.5 
 
 		 323 aa  358  6e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0684  homoserine kinase  54.25 
 
 		 309 aa  358  7e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0440126  normal  0.0506936 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0565  homoserine kinase  54.25 
 
 		 309 aa  357  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00940  homoserine kinase  53.18 
 
 		 323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0573  homoserine kinase  53.25 
 
 		 309 aa  353  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3667  homoserine kinase  53.59 
 
 		 309 aa  353  2e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.478541  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3862  homoserine kinase  53.59 
 
 		 309 aa  352  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0723691  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0534  homoserine kinase  52.61 
 
 		 309 aa  349  3e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.883707  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2555  homoserine kinase  52.87 
 
 		 318 aa  349  3e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0807  homoserine kinase  52.29 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.522624 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3475  homoserine kinase  52.29 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3603  homoserine kinase  52.29 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1213  homoserine kinase  51.77 
 
 		 314 aa  346  3e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.241016  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3579  homoserine kinase  50.63 
 
 		 331 aa  330  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1276  homoserine kinase  55.13 
 
 		 318 aa  329  4e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03327  homoserine kinase  52.55 
 
 		 315 aa  313  1.9999999999999998e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4290  homoserine kinase  49.52 
 
 		 328 aa  313  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0074  homoserine kinase  31.43 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.281834 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6218  homoserine kinase  30.25 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.559552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3803  homoserine kinase  33.23 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1018  homoserine kinase  33.33 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1986  homoserine kinase  33.86 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1166  homoserine kinase  34.43 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000188911  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1440  homoserine kinase  33.57 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231357  normal  0.456587 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2115  homoserine kinase  34.3 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.185248 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2880  homoserine kinase  33.97 
 
 		 303 aa  124  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0703126  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1871  homoserine kinase  31.64 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2545  homoserine kinase  31.85 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0629954  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5245  homoserine kinase  31.76 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1897  homoserine kinase  31.64 
 
 		 305 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.359865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0296  homoserine kinase  32.54 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193938 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0261  homoserine kinase  34.01 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.836867  normal  0.0420212 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2478  homoserine kinase  30.55 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.979123  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3151  homoserine kinase  30.1 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1357  homoserine kinase  33.71 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1424  homoserine kinase  33.71 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0910  homoserine kinase  30.31 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000332858 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2333  homoserine kinase  33.45 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2706  homoserine kinase  33.96 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.690361  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1262  homoserine kinase  31.61 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.467921  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07415  homoserine kinase  29.62 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0139  homoserine kinase  32.48 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1305  homoserine kinase  33.21 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0041  homoserine kinase  28.97 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2794  homoserine kinase  29.96 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0354264  normal  0.703686 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1318  homoserine kinase  31.65 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.607391  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1581  homoserine kinase  28.76 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2698  homoserine kinase  30.4 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0218075  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0058  homoserine kinase  32.51 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.188045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5430  homoserine kinase  30.35 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.525083 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1750  homoserine kinase  35.06 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1731 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2253  homoserine kinase  28.48 
 
 		 317 aa  104  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.227732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1251  homoserine kinase  32.22 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.823907  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1080  homoserine kinase  28.79 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129806 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08010  homoserine kinase  26.35 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0100938  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1306  homoserine kinase  31.83 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.460055  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1031  homoserine kinase  30.36 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06211  homoserine kinase  29.12 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1378  homoserine kinase  30.63 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1644  homoserine kinase  30.6 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0658  homoserine kinase  31.14 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.411206  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18581  homoserine kinase  31.16 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.566516 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0595  homoserine kinase  29.93 
 
 		 315 aa  99.4  8e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2302  homoserine kinase  31.11 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.591143  normal  0.310319 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0932  homoserine kinase  30.58 
 
 		 315 aa  98.2  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.732555  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1298  homoserine kinase  30.15 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.801618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1097  homoserine kinase  31.46 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06511  homoserine kinase  27.78 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06601  homoserine kinase  28.98 
 
 		 315 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>