86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0356 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0356  cytoplasmic chaperone TorD family protein  100 
 
 		 206 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0328008  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3864  cytoplasmic chaperone TorD family protein  81.07 
 
 		 206 aa  357  8e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0799961  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0348  cytoplasmic chaperone TorD family protein  36.32 
 
 		 219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.424165 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3126  cytoplasmic chaperone TorD family protein  35.18 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0231  cytoplasmic chaperone TorD family protein  36.18 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0235  cytoplasmic chaperone TorD family protein  34.81 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3682  cytoplasmic chaperone TorD family protein  32.65 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.966559  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2921  cytoplasmic chaperone TorD family protein  36.92 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1431  hypothetical protein  32.98 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3679  cytoplasmic chaperone TorD family protein  32.21 
 
 		 237 aa  101  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0264  cytoplasmic chaperone TorD family protein  32.21 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0629  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.94 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1406  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.69 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2816  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.7 
 
 		 241 aa  89.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.623005  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2226  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.96 
 
 		 221 aa  88.6  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.176608  normal  0.083238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4362  hypothetical protein  30.05 
 
 		 209 aa  86.3  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1690  twin-argninine leader-binding protein DmsD  34.35 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0704301 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1665  twin-argninine leader-binding protein DmsD  27.93 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1597  twin-argninine leader-binding protein DmsD  27.93 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.41105  normal  0.929764 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1606  twin-argninine leader-binding protein DmsD  27.93 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1844  twin-argninine leader-binding protein DmsD  27.93 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.487956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1677  twin-argninine leader-binding protein DmsD  27.93 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0685964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1925  twin-argninine leader-binding protein DmsD  25.76 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4654  oxidoreductase component  33.33 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3391  twin-argninine leader-binding protein DmsD  33.33 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3258  twin-argninine leader-binding protein DmsD  33.33 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1609  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0722  putative component of anaerobic dehydrogenase  35.85 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0649  putative component of anaerobic dehydrogenase  35.85 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2039  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01550  hypothetical protein  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2052  cytoplasmic chaperone TorD family protein  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2300  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0130846 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1664  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01560  twin-argninine leader-binding protein for DmsA and TorA  30.7 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1798  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.7 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0707  putative anaerobic dehydrogenase subunit  35.85 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.979623  normal  0.231425 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0663  putative component of anaerobic dehydrogenase  35.85 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2352  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.27 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2252  cytoplasmic chaperone TorD family protein  34.26 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.720627  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0465  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.06 
 
 		 219 aa  62  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.860853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0919  twin-argninine leader-binding protein DmsD  32.41 
 
 		 236 aa  62  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.507185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0768  putative anaerobic dehydrogenase component  34.91 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.723309 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1777  twin-argninine leader-binding protein DmsD  29.82 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0425  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.55 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000134042 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0291  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000755078  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1309  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.97 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4571  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.01 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1390  cytoplasmic chaperone TorD  22.5 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04330  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  32.08 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0098703 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1632  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.66 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1379  cytoplasmic chaperone TorD  26.92 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1453  cytoplasmic chaperone TorD family protein  33.04 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00520  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  26.72 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2719  TorD family cytoplasmic chaperone  33.04 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02504  hypothetical protein  26.23 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1341  TorD family cytoplasmic chaperone  33.04 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0126  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.9 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2375  hypothetical protein  26.36 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953085 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0482  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.66 
 
 		 238 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2926  cytoplasmic chaperone TorD family protein  21.88 
 
 		 234 aa  48.9  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000291548  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06850  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  27.82 
 
 		 235 aa  48.9  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.224601 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2765  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.75 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.751178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5276  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.21 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0205291  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2402  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.32 
 
 		 180 aa  46.6  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1230  cytoplasmic chaperone TorD family protein  32.32 
 
 		 196 aa  45.8  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.136646  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3085  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.84 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1226  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.03 
 
 		 195 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2588  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.53 
 
 		 223 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.138506 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2184  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.53 
 
 		 223 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.451099  normal  0.0871667 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5493  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25 
 
 		 235 aa  45.1  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1984  chaperone protein TorD  22.22 
 
 		 215 aa  45.1  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1147  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.98 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4064  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.58 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0472  cytoplasmic chaperone TorD family protein  23.18 
 
 		 213 aa  43.9  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3201  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.85 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.634799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2340  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.43 
 
 		 229 aa  42.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.79743  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0935  cytoplasmic chaperone TorD  25.76 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2104  cytoplasmic chaperone  26.83 
 
 		 216 aa  42.7  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0215  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.04 
 
 		 221 aa  42.4  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3261  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.92 
 
 		 190 aa  42.4  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0306986 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1573  hypothetical protein  22.99 
 
 		 185 aa  42.4  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0493  anaerobic dehydrogenase-like protein  27.49 
 
 		 236 aa  42.4  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.481139 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3263  cytoplasmic chaperone TorD  27.27 
 
 		 207 aa  42  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.852314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1167  hypothetical protein  24.81 
 
 		 208 aa  41.6  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27400  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  24.47 
 
 		 244 aa  41.6  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>