174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4362 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4362  hypothetical protein  100 
 
 
209 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0629  cytoplasmic chaperone TorD family protein  39.59 
 
 
221 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2226  cytoplasmic chaperone TorD family protein  37.93 
 
 
221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.176608  normal  0.083238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1431  hypothetical protein  38.58 
 
 
221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0264  cytoplasmic chaperone TorD family protein  34.98 
 
 
221 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0348  cytoplasmic chaperone TorD family protein  37.93 
 
 
219 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.424165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3679  cytoplasmic chaperone TorD family protein  35.44 
 
 
237 aa  135  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3126  cytoplasmic chaperone TorD family protein  39.41 
 
 
219 aa  135  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0231  cytoplasmic chaperone TorD family protein  36.95 
 
 
219 aa  135  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0235  cytoplasmic chaperone TorD family protein  35.47 
 
 
219 aa  132  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3682  cytoplasmic chaperone TorD family protein  35.33 
 
 
219 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.966559  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2921  cytoplasmic chaperone TorD family protein  36.65 
 
 
218 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2816  cytoplasmic chaperone TorD family protein  33.16 
 
 
241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.623005  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2252  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.25 
 
 
204 aa  91.7  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.720627  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3864  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.37 
 
 
206 aa  90.1  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0799961  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0356  cytoplasmic chaperone TorD family protein  30.05 
 
 
206 aa  86.3  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0328008  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3258  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.81 
 
 
226 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3391  twin-argninine leader-binding protein DmsD  31.12 
 
 
236 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01560  twin-argninine leader-binding protein for DmsA and TorA  30.53 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2052  cytoplasmic chaperone TorD family protein  30.53 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2300  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.53 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0130846 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01550  hypothetical protein  30.53 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1664  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.53 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1798  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.53 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2039  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.53 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1390  cytoplasmic chaperone TorD  28.65 
 
 
236 aa  82.8  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0425  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.81 
 
 
217 aa  82  0.000000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000134042 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1690  twin-argninine leader-binding protein DmsD  28.95 
 
 
205 aa  81.6  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0704301 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1609  twin-argninine leader-binding protein DmsD  31.05 
 
 
204 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1777  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.53 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1925  twin-argninine leader-binding protein DmsD  31.05 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1406  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.75 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0126  cytoplasmic chaperone TorD family protein  32.59 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0919  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.61 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.507185  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1677  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.73 
 
 
204 aa  78.2  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0685964  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1597  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.73 
 
 
204 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.41105  normal  0.929764 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1606  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.73 
 
 
204 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1665  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.73 
 
 
204 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1844  twin-argninine leader-binding protein DmsD  30.73 
 
 
204 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.487956  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2352  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.12 
 
 
204 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1379  cytoplasmic chaperone TorD  27.15 
 
 
226 aa  73.9  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378753  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1309  cytoplasmic chaperone TorD family protein  30.53 
 
 
204 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0465  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.5 
 
 
219 aa  71.2  0.000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.860853  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0419  cytoplasmic chaperone TorD family protein  23.44 
 
 
211 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.701349  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2926  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.4 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000291548  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0387  cytoplasmic chaperone TorD family protein  22.45 
 
 
211 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199289  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0472  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.47 
 
 
213 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01582  chaperone protein TorD  29.77 
 
 
215 aa  63.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1341  TorD family cytoplasmic chaperone  29.58 
 
 
221 aa  62.8  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3085  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.22 
 
 
201 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4691  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.71 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000065315  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003940  chaperone protein TorD  29.01 
 
 
215 aa  62.8  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.282339  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04330  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  25.95 
 
 
211 aa  62.4  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0098703 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1453  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.29 
 
 
198 aa  62.4  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0455  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.43 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5276  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.93 
 
 
219 aa  62  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0205291  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2340  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.63 
 
 
229 aa  62  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.79743  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1635  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.03 
 
 
231 aa  61.6  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2719  TorD family cytoplasmic chaperone  29.29 
 
 
224 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3661  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.29 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0284  cytoplasmic chaperone TorD family protein  29.79 
 
 
210 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0502  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.61 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4654  oxidoreductase component  28.95 
 
 
197 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1226  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.39 
 
 
195 aa  58.9  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02504  hypothetical protein  25.37 
 
 
203 aa  58.9  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3201  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.14 
 
 
200 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.634799  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0768  putative anaerobic dehydrogenase component  26.28 
 
 
186 aa  58.2  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.723309 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1147  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.68 
 
 
212 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30901  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0722  putative component of anaerobic dehydrogenase  26.28 
 
 
186 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1984  chaperone protein TorD  30.43 
 
 
215 aa  58.2  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0649  putative component of anaerobic dehydrogenase  26.28 
 
 
186 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0645  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.62 
 
 
214 aa  57.8  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0707  putative anaerobic dehydrogenase subunit  26.28 
 
 
186 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.979623  normal  0.231425 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18510  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  24.44 
 
 
230 aa  57.4  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1230  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.84 
 
 
196 aa  56.6  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.136646  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1413  chaperone, TorD family  25.13 
 
 
184 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0753019 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2104  cytoplasmic chaperone  32.77 
 
 
216 aa  56.2  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0546  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.82 
 
 
219 aa  55.8  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0663  putative component of anaerobic dehydrogenase  25.55 
 
 
186 aa  55.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003496  putative formate dehydrogenase-specific chaperone  24.28 
 
 
208 aa  55.5  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01032  hypothetical protein  24.6 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.77975  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2294  chaperone, TorD family  24.6 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.250336  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01039  hypothetical protein  24.6 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0482  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.9 
 
 
238 aa  54.3  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0240  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.58 
 
 
204 aa  54.7  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0613  cytoplasmic chaperone TorD family protein  30.61 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000298051  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1153  chaperone TorD  24.6 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.120482  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1154  chaperone TorD  24.6 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00520  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  23.73 
 
 
212 aa  54.3  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0291  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.43 
 
 
211 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000755078  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2610  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.6 
 
 
184 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000111004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2564  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.6 
 
 
184 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.241969 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2098  chaperone TorD  24.6 
 
 
184 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1935  cytoplasmic chaperone TorD family protein  24.6 
 
 
195 aa  53.1  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161527  hitchhiker  0.00430197 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0399  cytoplasmic chaperone TorD  24.2 
 
 
208 aa  52.8  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.372302  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06160  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  28.38 
 
 
250 aa  52.8  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1632  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.2 
 
 
229 aa  52.4  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1609  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.46 
 
 
284 aa  52  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2279  cytoplasmic chaperone TorD family protein  22.8 
 
 
200 aa  52  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4213  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25 
 
 
195 aa  51.6  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>